成吉思汗給後世留下的諸多謎團，吊足了無數人的胃口。其中，最具魅力的歷史懸念都是與死有關：一是怎麼死的?二是死了葬哪?
依明太祖朱元璋稱帝當年(公元1368年)年底即下詔篡修的《元史》記載，成吉思汗之死很明瞭，病重不治：“(公元1227年)秋七月壬午，不豫。己丑，崩於薩里川啥老徒之行宮。”《元史》總編輯、一代大文臣宋濂，僅僅用了20個字，就交代清了一代天驕“崩”的過程。但，文字看似言簡意賅，實則語焉不詳，因此後世一直弄個明白，成吉思汗到底怎麼死的;蒙古民間傳說，成吉思汗被西夏王妃咬掉生殖器而死是怎麼一回事。
墜馬說
蒙古人撰編的《元朝祕史》(卷十四)記載，“成吉思既住過冬，欲徵唐兀。從新整點軍馬，至狗兒年秋，去徵唐兀，以夫人也遂從行。冬間，於阿兒不合地面圍獵，成吉思騎一匹紅沙馬，爲野馬所驚，成吉思墜馬跌傷，就於搠斡兒合惕地面下營。次日，也遂夫人對大王並衆官人說：‘皇帝今夜好生髮熱，您可商量’。”
“唐兀”，是當年蒙古人對西夏人的叫法;“狗兒年”，是宋理宗寶慶二年(公元1226年)。這裏交代一個史實，成吉思汗於1226年秋天，帶着夫人也遂去征討西夏國。冬季時，在一個叫阿兒不合的地方打獵。不想他的騎的一匹紅沙馬，卻讓一匹野馬驚了，導致沒有防備的成吉思汗墜落馬下受傷，當夜就發起了高燒。1227七月“不豫”，病根即在此。爲什麼一次墜馬傷重成這樣?據說是流血太多。
當時，也遂請隨從的將領商議這事怎麼辦，有人建議反正西夏城池都在，一時半會也逃走不了，乾脆回去養傷，等好了再來攻打。成吉思汗一生要強，心想如果這樣回去會讓西夏人笑話。也該他魂斷西夏，成吉思汗派員去西夏國探聽情況時，正好西夏一叫阿沙敢不的大臣譏笑，有本事你就來過招。成吉思汗聽說後，表示寧死不退兵，遂挺進賀蘭山，將阿沙敢不滅了。但此後，成吉思汗的傷病一直未好，反而加重，到1227年農曆七月十二(今陽曆8月25號)病死了，時虛歲67。如果當時成吉思汗回去了，這病根子就不會落下了。
雷電一直被古人視作最可怕的自然力。我國古文字中的神字便是雙手握雷電的形象。成吉思汗死後18年，一位羅馬教廷的使節來到蒙古，發現蒙古人也十分懼怕雷電。這位異鄉人還作出了一個判斷，成吉思汗是死於雷擊。
雷擊說
這種說法比較離。出使蒙古的羅馬教廷使節約翰?普蘭諾?加賓尼在其所文章透露，成吉思汗是可能是被雷電擊中身亡。約翰?普蘭諾?加賓尼當時到達蒙古國時，發現夏天的雷電傷人事故頻發，“在那裏卻有兇猛的雷擊和閃電，致使很多人死亡。”因爲這原因，蒙古人很怕雷電。南宋彭達雅所着《黑韃事略》記載，“韃人每聞雷霆，必掩耳屈身至地，若躲避狀。”約翰?普蘭諾?加賓尼爲葡萄牙人，出使中國的確實時間是公元1245-1247年，由教皇諾森四世派遣而來，回去後向教皇提交了題爲《被我們稱爲韃靼的蒙古人的歷史》出使報告。約翰?普蘭諾?加賓尼來時距成吉思汗死亡只有18年，比馬可?波羅早30年，記敘並非無稽之談。
“中毒說”
這種說法，來源於《馬可?波羅遊記》。馬可?波羅是十三世紀意大利商人，於1275年到達中國。其時正是元世祖忽必烈當政時間，有元朝有過17年的交往。其在遊記中記敘的成吉思汗的死因：在進攻西夏時圍攻太津(吉州，古要塞)時，膝部不幸中了西夏兵士射來的毒箭。結果可想而知，毒箭攻心，傷勢益重，一病不起。但民間另有傳說，成吉思汗是“中毒”而死，但卻不是中了西夏兵士的毒箭，而是讓被俘虜的西夏王妃古爾伯勒津郭斡哈屯下了毒，當時這位西夏王妃乘陪寑之機行事的。
“被刺說”
這種說法與上面說的被俘西夏王妃古爾伯勒津郭斡哈屯有關，是下毒說法的另一種版本。在蒙古民間傳，成吉思汗的軍隊進攻西夏的過程中，兵士俘虜到了很漂亮的西夏王妃古爾伯勒津郭斡哈屯，進獻給成吉思汗。就在陪寑首夜，這位西夏王妃刺了放鬆警惕性的成吉思汗。被刺一說，源於成書於清朝康熙元年(公元1662年)《蒙古源流》。
此書很珍貴，100年後，即1766年蒙古喀爾喀部親王成袞扎布作爲禮物，將此書手抄本進獻乾隆皇帝。乾隆令人將其譯爲滿、漢兩種文本，並題書名《飲定蒙古源流》，收入《四庫全書》。應該說，成吉思汗被刺一說是有很高的可信度的。
