雖然歷史書上講成吉思汗是病死的，但歷史的真實是非正常死亡。不過，關於成吉思汗的死亡原因，卻有不同的說法。其中，西夏王妃咬死說或窩闊臺毒死說可能性最大。
1、西夏王妃咬死說。《蒙古源流》記載，成吉思汗攻打西夏，西夏乞降，並根據成吉思汗的要求獻上一些美女，其中就包括西夏王妃。西夏王妃對成吉思汗深惡痛絕，在成吉思汗猥褻她時，一口將成吉思汗的下體咬掉。成吉思汗血流不止，當日殞命。
2、被雷劈死說。蒙古人迷信“上天以雷電警告不孝者”，成吉思汗因惹母親生氣導致母親去世，有不孝之嫌，所以特別害怕雷電，1227年夏，成吉思汗誤入雷區，被雷電擊中致死。
3、被馬踩死說。蒙古人撰編的《蒙古祕史》(卷十四)記載，“成吉思既住過冬，欲徵唐兀。從新整點軍馬，至狗兒年秋，去徵唐兀，以夫人也遂從行。冬間，於阿兒不合地面圍獵，成吉思騎一匹紅沙馬，爲野馬所驚，成吉思汗墜馬。”墜馬之後，被後面的馬踩中而死。
4、中箭說。1227年初成吉思汗在西夏作戰時膝部中了毒箭，最終致命。意大利着名旅行家馬可·波羅在自己的遺着中認爲：成吉思汗死於箭傷。
《聖武親征錄》說，成吉思汗受箭傷有三次：1202年闊奕壇之戰、1212年攻西京之戰、1226年攻西夏時膝部中箭。估計最後一次箭傷對其身體影響較大。《世界侵略者傳略》、《史集》、《元史譯文》、《綱目譯文》等國外、國內書籍都說“汗病八日死”。
5、中毒說。民間另有傳說，“中毒說”這種說法，來源於《馬可·波羅遊記》。馬可·波羅是十三世紀意大利商人，於1275年到達中國。其時正是元世祖忽必烈當政時間，在元朝有過17年的交往。其在遊記中記敘的成吉思汗的死因：在進攻西夏時圍攻太津(吉州，古要塞)時，膝部不幸中了西夏兵士射來的毒箭。結果可想而知，毒箭攻心，傷勢益重，一病不起。但民間另有傳說，成吉思汗是“中毒”而死。成吉思汗對窩闊臺越來越不滿意，想改立拖雷爲儲汗，窩闊臺爲維護自己的汗位，與成吉思汗喝酒時，下藥將成吉思汗毒死。
