唐僖宗躲進四川之後，黃巢的軍隊就開進了長安，並且建立了新的政權，國號大齊，年號金統。在農民軍沉醉在勝利中時，唐僖宗才得以組織力量進行反撲。巴蜀之地向來富庶，再加上義武鎮節度使王處存、河中節度使王重榮等積極組織，各地藩鎮爲了藉機向朝廷表明忠心，以贏得平反後的封賜，也很賣力地出兵。在各種勢力的聯合絞殺下，黃巢起義軍內部也開始分化。當時黃巢派駐同州重鎮的防禦使朱溫在中和二年(882)九月投降，僖宗大喜過望，認爲是“天賜我也”，就大大嘉獎了朱溫，甚至賜名“朱全忠”。但唐僖宗沒有想到的是，唐朝的江山社稷最終就是被這個朱全忠奪了去。
在官兵的威逼利誘下，農民軍漸漸失利，不得不退出長安。起義軍首領黃巢也不得不含恨自殺。轟轟烈烈的黃巢起義就此畫上了一個句號，但是它帶給唐王朝的震盪卻是驚人的。鎮壓起義之後，那些擁兵自重的藩鎮節度使勢力進一步膨脹，唐王朝的統治更加無力。
光啓元年(885)正月，唐僖宗終於得以返回魂牽夢繞的長安。但是，還沒等他喘口氣，宮中又發生了新的政變。這次動亂是拜“阿父”所賜。因爲田令孜企圖從河中節度使王重榮手中奪得池鹽之利，王重榮自然不願意，田令孜一氣之下便聯合邠寧節度使朱玫和鳳翔節度使李昌符向王重榮開戰。但是沒想到，王重榮也請來了援兵李克用，一起打敗了朱玫和李昌符，並且兵逼長安，形勢緊張。這時候田令孜手下的神策軍根本無力抵抗，不得已之下，他只有再度攜唐僖宗出逃，這次是逃往鳳翔(陝西寶雞)。
本來想挾天子以令天下的朱玫雖然沒有抓住唐僖宗，卻抓住了因病沒有跑掉的襄王李，於是就將他立爲傀儡皇帝，並改元“建貞”。所以年紀輕輕的唐僖宗就被尊爲了“太上元皇聖帝”。
這一鬧劇當然沒有上演太久，唐僖宗以正統爲口號，利用藩鎮之間利益不均引起的矛盾，重新利用王重榮和李克用打敗了朱玫，奪得了長安。不過這一戰下來，長安城裏橫屍遍野，官兵所到之處大肆搶掠，民生更加凋敝。
光啓四年(888)二月，疲病不堪的唐僖宗終於回到了長安。他的一生從十二歲登基以來，一直在驚魂不安中度過，幾次被逼得離宮逃難，顛沛流離，最終在同年三月三日暴病而死，年僅二十七歲。
