袁恕己在長安年間官至司刑寺少卿，兼相王府司馬。
拜相封王
705年(神龍元年)，武則天病重。袁恕己與張柬之、崔玄暐、桓彥範、敬暉等人趁機發動兵變，誅殺張易之兄弟，擁立唐中宗復位。他隨相王李旦統率南衙禁軍，以防止不測，捕獲韋承慶、崔神慶等張氏黨羽，因功升任中書侍郎、同中書門下三品，並封銀青光祿大夫、南陽郡公，不久又升任中書令，加特進。當時，武三思仍在朝中爲相。他與韋皇后私通，在中宗面前不斷進讒，稱袁恕己等人恃功專權，並提出明升暗降的計策。五月，桓彥範、敬暉、張柬之、崔玄暐、袁恕己五人被罷去宰相之職，加封郡王，只能在每月初一十五上朝面君。其中，袁恕己被封爲南陽郡王。
貶官遇害
706年(神龍二年)，袁恕己被貶出朝廷，擔任豫州刺史，不久又貶爲郢州刺史。不久，駙馬都尉王同皎謀誅武三思，事泄被殺。武三思趁機誣陷袁恕己等人與王同皎同謀，暗中指使許州司功參軍鄭愔向朝廷告發。唐中宗於是將袁恕己貶爲竇州司馬，並剝奪封爵。同年七月，武三思暗中命人將韋皇后淫亂後宮之事大肆宣揚，並嫁禍給袁恕己等人。唐中宗大怒，將袁恕己流放環州。不久，武三思命周利貞暗殺袁恕己。周利貞知道袁恕己平時喜歡吞食黃金，便逼他喝下野葛汁。袁恕己體內毒發，疼痛難忍，以手抓地，指甲全被磨盡，但仍不能死，最終被周利貞擊殺。
平反昭雪
710年(景雲元年)，袁恕己被追復官爵，賜諡貞烈。718年(開元六年)，唐玄宗將袁恕己的靈位放入唐中宗的宗廟中。782年(建中三年)，唐德宗又追贈袁恕己爲太子太傅。
軼事趣聞
將作少匠楊務廉因精通營建宮殿樓臺而被提升。袁恕己恐中宗沉溺於奢侈遊樂而不思國事，數次彈劾道：“楊務廉位居九卿，不以進治國安邦之策，反而專事營造宮殿宛囿以取媚陛下，不予貶謫，何以昭示德行。”中宗遂貶楊務廉爲陵州刺史。
