建文帝登上皇帝之後，朝廷因爲朱元璋早已經爲他考慮過，朝廷穩定，大權在握。而建文皇帝登上皇位之後，發現，自己的叔叔堂兄堂弟們都有一個小小的王國，擔心他們勢力變大，反對自己。於是，建文皇帝開始削藩了。而因削藩而失去帝位，這是建文帝事前沒有想到的。
當燕王朱棣攻下南京後，建文帝的下落成爲人們關注的焦點。燕王是以"清君側"爲名起兵的，誰都看得出他是要奪江山的，那麼會出現什麼樣的結果呢?人們都在心中暗自猜測。當李景隆和谷王打開金川門，朱棣卻發現找不到建文帝的影子。
難覓遺蹤，建文帝的結局到底怎樣，衆說紛紜，莫衷一是，成爲明史第一謎案。因爲建文帝在太祖嚴苛統治之後，力行寬政，所以他的遭遇引起了無數人的同情，他的下落就格外引人好奇，在各種野史、戲劇裏可以看到人們無盡的猜測和演繹。於是，產生了很多種說法。
說法1：自焚說。
《太宗實錄》中記載，燕王進入金川門後，建文帝也想出來迎接燕王，然而又自嘆道："我何面目相見耶!"於是與皇后一起閉宮自焚。朱棣看到宮中火起，急忙命人前來搶救，可惜沒有來得及。從灰燼中找到建文帝燒焦的屍體，燕王朱棣不勝悲慼，撫屍痛哭，說他只是前來幫助皇帝學善，你又何必自尋死路呢?事後，朱棣備禮以葬建文帝，遣官致祭，輟朝三日。近人孟森等學者持建文帝自焚說。
說法2：出亡說。
《太宗實錄》的可靠性爲人們所質疑，因爲朱棣就曾經三次修改《太祖實錄》，目的就是要美化自己，爲自己奪取皇位尋找冠冕堂皇的理由。《太宗實錄》所記的建文帝自焚事，就有很多人持懷疑的態度。由於永樂朝的政治高壓、文網嚴密，對建文帝出亡之事沒有留下記載。天順、正德朝之後，嚴峻的政治環境有所好轉，關於建文帝出亡說的史料開始多起來。我"天子"璽(白石)們發現，越是早的史料越是含糊，越是晚的史料越是具體。
萬曆二年十月，12歲的神宗曾向張居正問及建文帝下落一事，張居正回答："國史不載此事，但先朝故者相傳，言建文皇帝當靖難師入城，即削髮披緇，從間道走出，後雲遊四方，人無知者。"可見首輔張居正也傾向於建文帝出亡之說。值得注意的是，民間傳聞已經入天子耳中，而且這時談論建文帝出亡已經不再是禁忌話題。關於建文帝出亡一事，谷應泰《明史紀事本末》中的記載最具有代表性。他認爲建文帝併爲自焚，而是在大臣的保護下由密道逃出南京。
建文四年夏六月乙丑，帝知金川門失守，長吁，東西走，欲自殺。翰林院編修程濟曰："不如出亡。"少監王鉞跪進曰："昔高帝升遐時，有遺篋(qiè)，曰："臨大難，當發。"謹收藏奉先殿之左。"羣臣齊言："急出之!"俄而舁(yú)一紅篋至，四圍俱固以鐵，二鎖亦灌鐵。帝見而大慟，急命舉火焚大內，皇后馬氏赴火死。程濟碎篋，得度牒三張，一名應文，一名應能，一名應賢。袈裟、帽、鞋、剃刀俱備，白金十錠。朱書篋內："應文從鬼門出，餘從水關御溝而行，薄暮，會於神樂觀之西房。"帝曰："數也!"程濟爲帝祝髮。吳王教授楊應能願祝髮隨亡，監察御史葉希賢毅然曰："臣名賢，應賢無疑。"亦祝髮。各易衣披牒。在殿凡五六十人，痛哭仆地，俱矢隨亡，帝曰："多人不能無生得失，有等任事著名，勢必窮詰;有等妻子在任，心必縈繫，宜各從便。"御史曾鳳韶曰："願即以死報陛下!"帝麾諸臣，大慟，引去若干人。九人從帝至鬼門，而一舟艤(yǐ)岸，爲神樂觀道士王升，見帝，叩頭稱萬歲，曰："臣固知陛下之來也。疇昔高皇帝見夢，令臣至此耳!"乃乘舟至太平門，升導至觀，已薄暮矣。俄而楊應能、葉希賢等十三人同至。
上面這段文字的真實性的確讓人有所懷疑，可谷應泰偏偏講得栩栩如生，真是令人真假難辨。建文帝到底是自焚而死呢，還是由密道逃離南京?史學家對此各持一說，尚無定論。當年清朝編修《明史》之時，明史館中諸史臣即對此意見不一。撰寫《明史·恭閔帝本紀》的徐嘉炎認爲建文帝未死於火，而是遜國外逃。而同在明史館的著名學者朱彝尊則相信《明實錄》的記載，認爲建文帝已死於火。於是，正如我們所見，《明史·恭閔帝本紀》便有如下的表述："宮中火起，帝不知所終。"看來當時誰也拿不出證據證明自己的觀點，只好選擇這種折中的意見。
現在，隨着對建文帝出亡問題研究的不斷深入，對史料掌握的不斷增多，相信建文帝未自焚而是出亡的人漸多。那麼，明成祖朱棣禮葬的是建文帝嗎?有人認爲當時下葬的並不是建文帝而很可能是馬皇后。朱棣在廢墟中找到的屍身面目全非，難以分辨真僞。而且，史料沒有發現安葬馬皇后的記載。還有一點值得注意的是，在明朝中後期竟然沒有人知道建文帝葬於何處，可見當時的人也都不認爲真的安葬過建文帝，因此不用祭奠掃墓，時間久遠就變得無人知曉了。其實，朱棣本人也可能知道禮葬的並不是建文帝本人，但這並不影響舉行禮葬儀式，因爲只有這樣纔可以遮蔽天下人耳目，纔可以名正言順地坐上皇帝的寶座。
另外的一個疑點就是城破時沒有發現建文帝的長子。當時建文帝有兩個皇子：長子朱文奎，7歲，次子朱文圭，2歲。朱文圭，史稱建庶人，被成祖幽禁在廣安宮，直到英宗天順年間才被放出來，當時已經57歲了。由於一直被關在宮內，出來時連牛馬都分辨不清。然而作爲建文帝長子的朱文奎卻一直下落不明，《明史》中說"燕師入，七歲矣，莫知所終"。既然朱文奎可以逃脫，沒有理由相信建文帝不能出亡。而且，所謂的"靖難之役"長達4年，並非朝夕之間，建文帝有充分的時間準備。朱棣進入南京時，江南、西北、西南、東南等大部分還都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力組織有效的反攻。
所以，建文帝朱允炆的下落究竟如何呢？
