孫瑒的祖父孫文惠，曾任南齊的越騎校尉、清遠太守;父孫循道，在樑朝時任中散大夫，以德操淡泊而聞名。孫瑒少時卓異不凡，喜用謀慮智略，博覽經史典籍，尤其擅長作文書。孫瑒早年在樑朝時擔任輕車將軍、臨川嗣王的行參軍，經屢次升遷後任安西將軍、邵陵王蕭綸屬下的水曹中兵參軍事。蕭綸出鎮郢州時，孫瑒攜全家相隨，深受其賞識與恩遇。
嶄露頭角
太清二年(548年)，侯景之亂爆發，孫瑒獲授假節、宣猛將軍、軍主。王僧辯討伐侯景時，王琳作爲前軍，王琳與孫瑒爲同學，他便表薦孫瑒任戎昭將軍、宜都太守。孫瑒又隨王僧辯前往武昌援救徐文盛，適逢侯景部將宋子仙攻陷郢州，孫瑒等便留軍鎮守巴陵，修治戰守之備。四月，侯景軍抵達巴陵，日夜攻圍，孫瑒率所部全力拒戰，叛軍敗退。其後，孫瑒隨王僧辯討伐軍順流而下，及至克復姑熟時，孫瑒力戰有功，被任命爲員外散騎常侍，封爵富陽縣侯，食邑一千戶。不久後，授職假節、雄信將軍、衡陽內史，未及赴任，又晉升爲衡州平南府司馬。因擊破黃洞蠻賊有功，獲授東莞太守，兼廣州刺史。旋即任智武將軍，督管湘州事務。
承聖三年(554年)，廣州刺史、曲江侯蕭勃遷居始興，繼任廣州刺史的王琳派孫瑒先行佔據番禺。
承聖四年(555年)，孫瑒聽聞西魏已攻陷江陵，便棄廣州而投靠王琳。同年，梁敬帝蕭方智被陳霸先擁立，授孫瑒爲持節、仁威將軍、巴州刺史。
留守郢府
太平二年(557年)，陳霸先廢蕭方智，自立爲帝，建立陳朝。天啓元年(558年)，王琳在郢州擁立永嘉王蕭莊爲帝，在北齊支持下起兵對抗陳朝，徵辟孫瑒爲太府卿(一作少府卿)，加職通直散騎常侍。
天啓二年(559年)六月，陳霸先去世，其侄陳蒨(陳文帝)即位。王琳聞訊後，便任命孫瑒使持節、散騎常侍、都督郢荊巴武湘五州諸軍事、安西將軍、郢州刺史，總攬留守事宜，自己則擁奉蕭莊出兵屯駐濡須口。
死守孤城
天啓三年(560年)二月，北周聽說王琳東下進兵的消息，派荊州刺史史寧率軍四萬乘虛襲擊郢州。孫瑒的屬下助防張世貴以外城投降史寧，使孫瑒失去軍民男女三千餘口。北周軍又建起土山高梯，日夜攻逼，趁風縱火，燒燬內城南面五十多座城樓。當時郢州城中兵員不滿千人，孫瑒繞城固守，親自巡視慰問將士，依次斟酒送食，將士都樂於用命。北周軍苦攻不能下，於是假意授孫瑒爲柱國、郢州刺史，封萬戶郡公。孫瑒表面上答允，來延緩北周攻勢，卻在暗中修造戰具、城樓、城堞及各種器械，一日之間完成嚴密的設防，北周軍驚駭萬分。
舉州降陳
就在孫瑒固守郢州之時，陳朝將領侯瑱大敗王琳，乘勝而進。北周軍聞訊後，便解圍而去。孫瑒於是擁有長江中游的全部土地，他聚集將士，並對他們說：“我與王公(王琳)協力同議，同心輔助樑室，也夠得上盡心盡力了。現下時局如此，天命怎麼能違抗!”於是派使者奉表向陳蒨投降。
同年，陳蒨授孫瑒爲使持節、散騎常侍、安南將軍、湘州刺史，封爵定襄縣侯，食邑一千戶。孫瑒心中不安，堅請入朝，被徵召爲散騎常侍、中領軍。還未拜官，陳文帝陳蒨加以斡旋，對他說：“當年朱買臣願在本郡爲官，你莫非有朱買臣的意願嗎?”於是改授他爲持節、安東將軍、吳郡太守，並賜鼓吹一部。等到孫瑒將要赴任時，陳蒨親自在建康周圍爲其餞送，他的鄉人都以此爲榮。
天嘉二年(561年)，孫瑒任滿，被徵拜爲散騎常侍、中護軍，賜鼓吹如故。同年，東陽太守留異叛亂，陳蒨命孫瑒督率水師進討。
天嘉三年(562年)，留異之亂平定。天嘉四年(563年)正月，孫瑒轉任鎮右將軍，所領散騎常侍、鼓吹如故。不久後，出任使持節、安東將軍、建安太守。
光大元年(567年)，因公事被免官，不久後仍被起用爲通直散騎常侍。
宣帝倚信
光大二年(568年)，陳宣帝陳頊即位。陳頊因爲孫瑒的功勳名望一向顯著，所以對他深加信任。
太建四年(572年)三月，孫瑒擔任都督荊、信二州諸軍事、安西將軍、荊州刺史，出鎮公安。在任內，孫瑒增修城池，懷柔邊遠，使其順服，爲鄰國所畏懼。在職六年後，又因公事被免職，改任通直散騎常侍。
太建十年(578年)二月，吳明徹北伐失利，於呂梁兵敗被俘。同年三月，陳頊授孫瑒爲使持節、督緣江水陸諸軍事、鎮西將軍，賜鼓吹一部，與淳于量等防備北周進攻 。同年十一月，任散騎常侍、都督荊郢巴武湘五州諸軍事、郢州刺史，所領使持節、鎮西將軍及鼓吹均如故。
太建十二年(580年)，因與邊境勾結之罪名而受處罰。
晚年經歷
太建十四年(582年)，後主陳叔寶繼位，授孫瑒爲通直散騎常侍，兼起部尚書。六月，任中護軍， 恢復其爵位及食邑，入朝擔任度支尚書，兼步兵校尉。其後再晉升爲散騎常侍，調任侍中、祠部尚書。陳叔寶頻頻駕臨其府第，與孫瑒一同寫詩作賦，來撰述美好的功勳德行，申述君臣之胸懷。之後又任五兵尚書，領右軍將軍、侍中之職如故。孫瑒因年老多次請求致仕，陳叔寶優詔不允。
倍極哀榮
禎明元年(587年)，孫瑒在任上逝世，享年七十二歲。陳叔寶親臨哭悼，極盡哀情，追贈護軍將軍、侍中如故，賜鼓吹一部、朝服一具、衣一襲，對於喪事所須由朝廷酌量加以供給，賜諡桓子。孫瑒去世後，尚書令江總爲他作墓誌銘，後主在墓誌銘後題寫四十個字，派左民尚書蔡徵宣敕，鐫刻在墓宅上。時人都以此爲榮耀。
