馬燧生逢亂世，歷經安史之亂和唐朝中後期的藩鎮割據。在平定軍閥叛亂戰中立下了不世功勳，成爲唐德宗時和李晟、渾瑊齊名的三大名將。
馬燧是河南省郟縣人，祖父、父親都是唐朝官員。他儀表不凡，身高1.9米，沉着勇敢多智謀，博覽各種書籍，尤其擅長兵法。年輕時和哥哥一起讀書時，有一天扔下書本嘆息說:"國家將有難了，英雄應立功於世，平定天下，怎能辛辛苦苦當儒生呢!"。就開始改學兵法謀略。
安史之亂爆發後，馬燧追隨澤潞節度使李抱玉從縣尉做起，因功一再升遷。776年五月，汴州大將李靈耀反叛，佔據州城，切斷漕運，馬燧和李忠臣一起打敗李靈耀，收復汴州。779年，在馬燧53歲時，升任河東節度使，成爲一方諸侯。
781年，割據河北的魏博節度使田悅造反，率兵三萬包圍了邢州，自己到臨洺，築兩重城牆，隔絕內外，阻擋救兵。邢州守將李洪、臨洺守將張伾固守城池。唐代宗下詔命馬燧率步、騎兵兩萬和昭義節度使李抱真、神策行營兵馬使李晟會合援救臨洺。
同年十一月，馬燧的軍隊到達邯鄲，田悅派使者來到馬燧的軍營，希望議和，馬燧就殺了試着示衆，並派兵擊潰了田悅的一支部隊，射死了將領成炫之。隨後，馬燧又殺死了田悅的大將楊朝光和盧子昌，斬首五千餘級，活捉八百多人。田悅親率全軍來會戰。馬燧率接戰，田悅軍大敗，斬首一萬餘級，活捉九百人，田悅連夜逃走，邢州之圍解除。
782年正月，田悅向淄青、恆冀節度使求救，淄青節度使李納派大將衛俊率軍一萬名救援田悅，恆冀節度使李惟嶽也派兵三千名來救援。田悅召集被打散的士兵兩萬多人，在洹水築堡壘，淄青軍隊駐紮在他的東邊，恆冀軍隊駐紮在他的西邊，互相呼應。馬燧率各軍進軍駐紮在鄴縣，和增援的河陽節度使李秡兵匯合。
唐軍駐紮在漳河邊。田悅派將領王光進率兵守長橋，築城牆固守，唐軍不能過河。馬燧就在下游將幾百輛軍車，用鐵鎖相連，橫斷河水，填上裝土的口袋擋住水，水略微變淺了，各軍都過了河。這時唐軍糧少，田悅堅守不出戰，想等唐軍糧盡。馬燧命各軍帶十天糧食，進駐倉口，和田悅隔洹水對峙。
李抱真和李秡問道:"糧食少卻深入敵區，是爲什麼?"馬燧說:"糧食少利於速戰，兵法說要善於調動敵人，不受敵人擺佈。現田悅和淄青、恆州三支軍隊互相呼應，用意是不出戰，待我軍糧盡，如分兵攻他們左、右軍，軍隊少不一定能攻破，田悅還會來救援，這樣前後都受敵。兵法說進攻敵人必救處，敵人一定會出戰。我要讓各軍打敗會合的敵軍。"
馬燧於是造三座橋過洹水，每天挑戰，田悅不敢出戰。恆州軍因兵少，怕被馬燧殲滅，移軍與田悅會合。田悅認爲馬燧明天還會挑戰，就埋伏一萬軍隊，想伏擊馬燧。馬燧就命各軍都半夜吃飯，雞叫前擊鼓吹號，悄悄出兵沿洹水直奔魏州，發令說:"聽到敵軍追來，就停下來列陣。"又命一百名騎兵擊鼓吹號，都留在後邊，又準備柴草火種，等軍隊都走了，停止擊鼓吹號躲在一邊，看到田悅軍都過了河，就把橋燒掉。唐軍走了十幾里路，田悅就帶領淄青、恆州步、騎兵四萬多人過橋跟隨追來，順風放火，擊鼓吶喊前進。馬燧就坐下，命令軍隊不動，派人除掉百步見方地上的草和荊棘列陣。
馬燧走出陣前，召募有勇力的五千多人，分別排在前邊，等待敵軍來。等田悅兵到，火熄了人也直喘氣，體力下降，馬燧就出兵進攻他們，田悅軍大敗。當時神策、昭義、河陽軍都略退卻，河東軍戰勝後，各軍回軍戰鬥，合擊又大敗敵軍，追到洹水邊，田悅軍逃到橋頭，橋已燒掉。田悅軍亂了，有的跳到水裏，被殺頭兩萬多顆，殺死了他的大將孫晉卿、安墨啜，活捉了三千多人，淹死的不計其數。淄青兵幾乎死光了，死人相疊三十多裏地。
田悅部下紛紛投降馬燧。但是田悅又得到了軍閥朱滔、王武俊軍的救援，後又勾結李納、李希烈，想顛覆唐朝，黃河南北混亂，盜賊橫行，馬燧等雖然效忠唐朝，最終沒能平定叛亂。
後來馬燧又平定河中軍閥李懷光的叛亂。渾瑊從此佩服馬燧，私下對部將說:"我曾認爲馬燧用兵和我差不多，但奇怪他能多次地打敗田悅;現看他用兵判斷，我比他差得遠!"
貞元五年(789年)九月，馬燧和太尉李晟在延英殿被接見，唐代宗嘉獎他們的大功，都在凌煙閣上畫了像，列在開國元勳之後。
貞元十一年(795年)八月，馬燧去世，享年七十歲。其墓今在郟縣城南關，據說上世紀已被盜。
