公元645年往返印度達18年的唐朝和尚玄奘抵達長安，這一天是正月廿五日，針對這次史詩般的西行，長安的佛教徒們表現出了無比的崇敬，老百姓們更多的則是好奇和豔羨。
這一天，155米寬的朱雀大街如同歡慶盛大節日一般沸騰，幾百座寺院的僧尼們穿戴整齊地站在路邊以示虔誠，長安城裏萬人空巷，涌到朱雀門到弘福寺幾十裏的道路兩邊瞻仰這位高僧的風采，二十匹馬拉着玄奘帶回的657部經書、佛陀舍利和七尊佛像。
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然而此時的唐太宗正在洛陽全力以赴地準備東征高麗。而他本人並不看重佛教，雖然玄奘受到熱烈歡迎後，馬不停蹄地趕往洛陽拜見唐太宗，但這位具有鮮卑血統的李唐皇帝，更喜歡稱自己是道教創始人李耳的後代，所以兩人的相見開始並不熱烈。
由於玄奘西遊出行乃私自出國，對於唐太宗的疑問，玄奘巧妙的回答並把取經的順利完成歸功於太宗的聲名遠播。這讓唐太宗非常滿意，使他馬上意識到面前站着的絕非一個普通的僧人，於是勸玄奘還俗做官，玄奘婉言謝絕，太宗退讓，安排玄奘到長安皇家寺院弘福寺譯經。
其實玄奘本想到河南的少林寺譯經，但唐太宗忌憚玄奘的佛教精神領袖地位，還是有所防範。
玄奘深知“不依國主，佛法難行”的道理，屢屢向唐太宗表示請爲新譯經文作序的要求，因爲這樣的序文意味着國家對佛教在意識形態領域地位的承認，但太宗表面應允，卻遲遲不見下文。
3年之後，一個漫長的夏天，玄奘譯完100卷的《瑜伽師地論》，玉華宮清涼的空氣使唐太宗心情舒暢，向玄奘問起譯經之事，玄奘便將《瑜伽師地論》的精要講給太宗聽，那是一段分析君王在治理國家中的過失與功德的經文，與太宗的經驗如此契合，太宗開始對佛教刮目相看了，終於爲所譯經文作序，並稱佛教爲“聖教”。
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公元648年這一年，身爲太子的李治，爲了追念12年前去世的母親長孫皇后，特意下令建大慈恩寺。同年12月，寺院落成，太子禮請玄奘上座，將譯場遷到這裏。這座由皇室改建的寺院，佔地近27萬平方米，今天的恩慈寺只是原來寺院的一個院落——西塔院，佔地面積僅相當於當年整個寺院的九分之一。
歷史上的唐太宗是否信佛，我們無法確知，但史料的記載告訴我們，太宗生命中最後的日子是在玄奘的陪伴下度過的。在翠微宮，玄奘在太宗駕崩前的兩天翻譯了260個字的《心經》，希望這段曾經幫助自己從死亡沙漠奇蹟般逃生的短小經文也能幫助唐太宗度過生命中最危險的時刻。然而兩天之後，太宗沒能抵擋病魔的侵蝕，撒手人寰。
爲了保存從印度帶回的經像，公元652年玄奘向已爲皇帝的唐高宗李治請求在大慈恩寺內建塔，李治應允。整整兩年，一座四角五層的恩慈塔終於落成，這就是今天大雁塔的前身，玄奘把帶回的經典和珍寶全部藏於塔底。
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因爲塔門兩側分別鑲嵌着唐太宗親撰的《大唐三藏聖教序》碑和唐高宗親撰的《大唐三藏聖教序記》碑，公元852年儘管有唐武宗滅佛，這座塔卻因爲有他祖宗的碑文而沒有受到劫難。後來恩慈塔因磚表土心，風雨剝蝕，五十餘年後塔身逐漸塌損。武則天時代，則在原址上重新建造，新建爲七層青磚塔。唐末以後，慈恩寺寺院屢遭兵火，殿宇焚燬，只有大雁塔獨存。
1604年(明朝萬曆二十三年)在維持了唐代塔體的基本造型上，在其外表完整的砌上了60釐米厚的包層，使其造型比以前更寬大，即是現今所見的大雁塔造型。但時光荏苒，玄奘當時在塔內藏納的經書、佛舍利和珍寶究竟哪裏去了，有專家說可能在大雁塔還未挖掘的地宮裏。
