兵馬俑詛咒之謎，據野史記載，曾經擊垮了秦帝國的楚霸王項羽，最後卻死於“兵馬俑”之手。最後在烏江邊斬殺項羽的5位騎兵將士，都是關中地區出身的秦人，也都是舊秦軍將士，都是秦兵馬俑的原型。垓下之戰，漢軍60萬，楊喜、楊武、呂勝、王翳、呂馬童這5名騎士能夠留下名字，已經是奇蹟了。在十二萬分之一的機率中脫穎而出的5人，卻是百分之百的舊秦軍的將士，而且官職都合於秦京師軍，更是決非偶然了。
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地宮埋“水銀”之謎，始皇陵以水銀爲江河大海的記載見於《史記》，《漢書》中也有類似的文字。然而，陵墓中究竟有沒有水銀始終是一個謎。現代科技的發展爲驗證秦陵地宮埋水銀這一千古懸案提供了必要的前題條件。地質學專家常勇、李同先生先後兩次來始皇陵採樣。經過反覆測試，發現始皇陵封土土壤樣品中果然出現“汞異常”。相反其它地方的土壤樣品幾乎沒有汞含量。
秦始皇遺體完好嗎?20世紀70年代中期長沙馬王堆漢墓“女屍”的發現震驚中外。其屍骨保存之完好舉世罕見。由此，有人推測秦始皇的遺體也會完好地保存下來。雖然客觀上具備保護遺體條件，但秦始皇遺體是否完好地保存下來呢?如果單從遺體保護技術而言，相距秦代不足百年的西漢女屍能很好地保護下來，秦代也應具備保護遺體的防腐技術。秦始皇遺體途中就開始腐敗，屍體運回咸陽等不到處理恐怕早已面目全非了。
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幽幽地宮深幾許?考古勘探資料表明：秦陵地宮東西實際長260米，南北實際長160米，總面積41，600平方米。秦陵地宮是秦漢時期規模最大的地宮，其規模相當於5個國際足球場。根據最新鑽探資料，秦陵地宮並沒有人們想像的那麼深。實際深度應與芷陽一號秦公陵園墓室深度接近。這樣推算下來，地宮坑口至底部實際深度約爲26米，至秦代地表最深約爲37米。
兵馬俑伉被焚之謎，考古人員在清理兵馬俑坑時發現，一、二號坑中有很多火燒的痕跡，陵區有大面積的火燒土分佈，同樣考古人員在對秦陵陪葬坑的挖掘中也發現了大量火燒土和殘餘焦木，坑中的棚木基本上都被化爲灰燼。究竟是誰對兵馬俑坑進行了如此巨大的破壞?從文獻資料推測，破壞兵馬俑的人應當是項羽。由於項羽的祖父項燕在秦滅楚時被秦將王翦所殺，叔父項梁亦死於秦將手下，因此與秦始皇結下深仇大恨。
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項羽火燒咸陽城和阿房宮，仍不足以泄憤，於是再破壞秦始皇陵，燒燬了秦始皇陵園中的宮殿建築。至今陵園的建築遺址上還有大火焚燒過的紅色土塊和灰燼。但如果是項羽火燒了秦陵，陪葬坑裏完好保存着精美的銅鶴、銅鵝、銅鴨子等珍寶一件都沒有被運走卻讓人覺得不可思議。
