一、長相之謎：身形猥瑣還是高大英武
在《秦始皇本紀》中尉繚說：“秦王爲人，峯準，長目，摯鳥膺，摯，豺聲。”郭沫若據此分析，秦始皇有生理缺陷：“峯準”就是馬鞍鼻，“摯鳥膺”就是現代醫學的“雞胸”，“豺聲”表明氣管炎;其胸形、鼻形變異與氣管炎常發，顯示他是個軟骨病患者。
而史學界大部分專家認爲，秦始皇是一個英武瀟灑、相貌堂堂的人。翦伯贊先生曾推斷，秦始皇的相貌應是相當漂亮的。
《緯書》中的《易緯》、《春秋緯》和《禮緯》中都有關於秦始皇的記載。從這些書中，我們基本可以推斷出秦始皇長相的全貌。他“虎口”、“日角”、“隆準”、“長目”、“鷙鳥膺”。虎口，就是說他的嘴巴張得像老虎的嘴巴;日角，就是說在他的兩眉之間有一塊鼓起來的骨頭，史書上的漢光武也是這樣;隆準，就是鼻子很高;長目，就是說他的眼睛細而長，很像我們現在西北一帶的人;鷙鳥膺，是指胸骨突了出來，應該是我們今天所說的雞胸。
特別應當指出的是，根據《禮緯》的記載，秦始皇的個頭特別高，有八尺六寸，相當於今天的一米九八。他的腰圍是七圍。關於圍，現在有幾種解釋，有人認爲合抱爲圍，有人則認爲一尺爲圍，也有人說五寸爲圍。當時的一尺相當於我們今天的七寸。
如果是五寸爲圍，那麼秦始皇的腰爲三尺五寸，那麼就太細了。劉華祝認爲，根據上下文來判斷，一尺爲圍則較爲可信。根據現在的尺寸，秦始皇的腰圍應相當於今天的四尺七八。劉華祝說，秦始皇這樣的一個形象，在今天看來，毫無疑問是非常的高大威武。
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二、身世之謎：是不是私生子
衆所周知，秦始皇姓趙，史學界有關專家認爲，秦始皇生於正月，故起名爲正，古代通政，因此寫作政。至於爲什麼姓趙，有人指出秦始皇出生在趙國，古代有以出生地爲姓的習俗。也有專家認爲，秦始皇爲什麼會姓趙，是因爲趙姓與嬴姓是同一宗，趙姓是嬴姓的一個分支。
秦始皇不僅有趙姓之說，還有人認爲他姓呂，是呂不韋的私生子。
他姓趙是因爲他的父親子楚當時在趙國作質子，他是在趙國生的，又生於正月，所以叫趙政。子楚回到秦國後，秦始皇自然就姓秦國的國姓嬴。
身世之謎：是不是私生子
關於秦始皇是不是私生子，劉華祝認爲，說秦始皇是私生子這顯然是一種污衊之詞。據《史記》記載，秦始皇的母親是趙國大將的女兒,送給子楚之前是呂不韋的小老婆。說她懷孕後送給子楚，幾乎不可能。
而且史書上說她是十二月懷胎，從現在的醫學知識來判斷，胎兒不可能在母親肚子裏呆十二個月。所以，從呂不韋送趙姬給子楚的時間和秦始皇出生的時間來推斷，秦始皇不可能是私生子。
三、性格之謎：兇狠殘暴還是雄才大略
歷代一直都對秦始皇持否定態度，認爲他是一個暴君。“弒父驅母”、“焚書坑儒”都是揭露秦始皇“兇狠殘暴”的有力證據。但也有專家認爲，秦始皇並不是想像中的那麼殘暴。
有些事情的確另有隱情。“弒父驅母”，並非出自他的本意，顧惜骨肉親情，就只能使他的王位受到威脅。在這件事情上恰恰表現了秦始皇的雄才大略。
“弒父驅母”，贏政做了秦王之後，呂不韋的權勢非常大。而他的母親趙姬又有一個情人。這樣，秦始皇的身邊有了兩個對他政權構成威脅的人。他不除掉這兩個人，那時顯然也不行。驅逐趙太后也顯然是因爲和他情人的叛亂有關，和趙太后本身的污點有關。
性格之謎：兇狠殘暴還是雄才大略
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再比如說“焚書坑儒”，秦國是一個法制國家，秦統一之後，必然要以秦的文化統一全國文化，這統一的過程中必然會產生一系列的矛盾。這其中一些儒生咒罵他，而方士們則欺騙他。所以纔有了後來的“焚書坑儒”，當然這種行爲在我們現在看來是過激了一些。
秦始皇所處的那個時代(包括秦和西漢)大氣開放。人們追求的是一種個性的張揚和自由。秦始皇讓人欽佩的地方在於，他13歲作王，22歲就清除了呂不韋這些人，23歲就開始着手統一全國，用了十四五年時間就統一了中國。他能把那麼大的一個國家統一，並且制定一系列統一的措施，這都說明了他的雄才大略。
四、求仙之謎
中國考古學家在世界八大奇蹟之一的秦始皇兵馬俑附近發現了13只2200年前的青銅鶴，其中兩隻已證明爲仙鶴。他們說，這可能是反映秦始皇有“昇天夢想”的實物證據。
秦始皇陵兵馬俑博物館專家劉佔成指出：“仙鶴腳下雲狀青銅踏板，與古代仙人伴鶴乘祥雲昇天的傳說有關，它應該是體現秦始皇有死後昇天思想的證據。”
鶴是中國人傳統的吉祥鳥，象徵着長壽，跟鶴有關的禮物至今仍受中國老人歡迎。史籍記載，首次統一中國的秦始皇癡迷長生，曾爲尋找不死藥，派遣大批方士出海苦覓。這是中國首次出土單獨青銅動物雕塑，出土如此大批量的青銅禽類十分罕見。
五、皇后之迷
被譽爲“世界八大奇觀”之一的秦始皇兵馬俑是秦始皇陵墓的一部分。其宏大的規模令人歎爲觀止。秦始皇的陵墓除此之外還有城牆、寢殿、官署等地下建築。因此，秦陵是一個規模空前的地下建築體系，裏面埋藏着我國古代勞動人民的智慧結晶。
2200年前，秦始皇統一中國以後，命令數十萬人在今天陝西臨潼驪山爲自己修築了一座龐大的陵墓，陵墓周圍埋藏着許多用陶土燒製的“兵馬俑”，但是卻始終找不到皇后陵。古代文獻上也找不到相關資料，秦始皇皇后究竟是誰，至今還是不解之謎。
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六、墓葬之迷
千百年來圍繞着秦陵地宮引發了許多神奇的傳說故事。《三輔故事》記載，楚霸王項羽入關，曾以30萬人盜掘秦陵。在挖掘過程中，突然一隻金雁從墓中飛出，這隻神奇的飛雁一直朝南飛去。斗轉星移過了幾百年，三國時期，寶鼎元年，有人送只金雁給名曰張善的官吏，他立即從金雁上的文字判斷此物出自始皇陵……這類神奇的傳說更是給秦始皇陵蒙上了一層神祕的色彩。
幾千年過去了，秦陵那座高大如山的封冢仍然屹立於驪山腳下，當年那長達10千米的內外夯土城垣早已殘缺不全。現在能看到的只有內城西牆殘存的一段城牆。那一座座宏偉的地面建築早在兩千多年前就遭到項羽的焚燒，在殘存的廢墟上，考古工作者發現了陵寢建築羣遺址，規模宏大，集中分佈於封土北側、內城西半部。
在封土西北的內外城垣之間還發現一處地面建築羣。據清理的三組房屋建築基址來看似爲飼官建築。飼官建築遺址的南北兩側還有幾組尚未發掘的地面建築，其規模也相當可觀。規模究竟多大，尤其是如何設計，至今未解。
