據戰後日本軍部將校及重臣們的片段式回憶，日本高層真正討論結束戰爭是在1945年5月，也就是納粹德國投降後的一週內。當時的日本《最高戰爭指導會議》，現在知道參加人員的名單：鈴木首相，東鄉外相，阿南陸相，寺內海相，梅津參謀總長，豐田聯合艦隊司令官。
這個決定日本未來命運的會議，日本軍方的最高領導人，日本首相、外相都沒有向天皇報告真實的情況，使日本最高層不能作出正確的判斷，使日本陷入更加深的國家危機中。
隨着戰爭狀況向越來越不利於日本的方向發展， 6月22日，天皇裕仁親自參加了《最高戰爭指導會議》，與重臣們一起討論結束戰爭的可能性。此會議上，天皇震怒，當場怒斥了所謂本土決戰，對美一擊的計劃。但是就算遭到天皇怒斥，阿南陸相還是沒有在會上談到有關蘇聯要出兵的情報，反而是在這個場合提出了要委託蘇聯向盟國斡旋的令後世震驚的方針。
即使日本方面失去了5、6月份提前結束戰爭的機會，但還是能避免遭受來自美軍原子彈打擊的劫難。到目前爲止，日本教科書或者日本歷史學者都這樣認爲，美軍向廣島、長崎投下原子彈日本方面事先是沒有想到，是被美軍打了一個措手不及。但是最新資料發現事情並不是這樣，日本陸軍一直就對美國的原子彈開發密切關注。
在日本陸軍參謀本部中有一個祕密部門叫特殊情報部。當太平洋戰爭爆發後，特殊情報部就關注在關島、天寧島(美軍轟炸廣島飛機的起飛地點)以及塞班島等羣島的美軍動向。在解讀美軍發出的密碼中，特殊情報部發現了這支美軍的特殊轟炸部隊，也就是之後在廣島、長崎投下原子彈的美國轟炸部隊。
換句話說，日本陸軍對美軍的原子彈開發動向非常清楚，但是事實就是沒有告訴日本國民。因爲如果讓國民知道了對日本方面的士氣將有巨大的打擊。
資料發現，當時特殊情報部特別關注天寧島特殊部隊的動靜，確信這個部隊肯定是有特殊任務。因爲一般的美軍有幾百架轟炸機，每天都有轟炸日本各個城市的任務，而這個部隊只有十幾架飛機，作爲特殊情報部覺得非常可疑。
1945年8月6日清晨，這支特殊部隊向廣島飛去，日本特殊情報部已經在投下原子彈前1個小時獲知這個情報，並且用最快的速度向參謀本部報告。接到報告後如果參謀本部馬上通知廣島防空司令部，如果當時拉響了空襲警報的話，或者原子彈帶來的災害可以減輕。但參謀本部什麼也沒有做，廣島就像一個不設防的城市，任憑美軍投下原子彈。
時間又到了8月9日，日本特殊情報部又一次在原子彈投下5個小時前，掌握到了美軍特殊部隊的動向。馬上又向參謀本部報告了這個情報，這次日本參謀本部還是什麼都沒有做，不幸的長崎市又在毫無防備情況下被原子彈炸中。一位倖存者這樣說：如果當時拉了防空警報，讓大家避難會挽救更多人的生命。
日本無條件接受同盟國提出的投降條件後，特殊情報部是銷燬內部檔案與資料最嚴重的部門。日本陸軍領導人爲了逃避戰後的責任，下令銷燬的祕密檔案。現在幾乎沒有人知道日本歷史上存在過這個部門。日本戰後，陸相阿南、前首相近衛都畏罪自殺了，這也是爲了逃避戰後的審判，他們一死很多事情都死無對證。歷史終將會對某些人的做法作出公正審判。
