帖木兒帝國滅亡後，巴布爾自從被驅逐河中之後，翻山越嶺進入阿富汗，奪取喀布爾，在喀布爾建立了一個小王朝，他率領伊斯邁爾借給他的軍隊匆忙趕回河中，勝利地進入了撒馬爾罕城(1511年10月)。繼撒馬爾罕之後，布哈拉又向他敞開了大門，而蒙古烏茲別克人退到塔什干。巴布爾又去佔領塔什干，成爲塔什干和中亞的統治者。以伊朗人在呼羅珊的勝利爲支柱，帖木兒王朝在河中的復辟似乎是完成了。但是，巴布爾開始碰到了意想不到的困難。他曾求助過的、並接受其宗主權的波斯人是十葉派穆斯林。
布哈拉和撒馬爾罕居民信奉的是遜尼派，他們斥責他與異端邪說者談判，並與他斷絕關係，他們的宗教熱情比他們對帖木兒朝諸王的忠誠更加強烈。由於受到這些宗教騷亂的鼓動，烏茲別克人又捲土重來。波斯將軍納吉姆·沙尼和巴布爾在布哈拉以北的加賈灣發生的一場大戰中與他們交鋒，這次被他們打敗了(1512年12月12日)，納吉姆被殺。巴布爾放棄了對河中的所有企圖，退回到他的喀布爾王國，七年以後，他從喀布爾出發，前往征服印度。於是，布哈拉、撒馬爾罕和整個河中地區又轉到蒙古烏茲別克人手中。
巴布爾曾嘗試在中亞擴展自己的疆土，受挫後就把目光投向南方人心渙散、四分五裂的德里蘇丹國。恰在這時巴布爾有了一個方便的藉口：旁遮普省總督邀請他出兵把他從其領主蘇丹的手中“解救”出來。於是，他向南方進行了“聖戰”。
印度的德里蘇丹國遭受嚴重的打擊，名存實亡，北部印度陷於分裂狀態。1510年時，蒙古貴族巴布爾就已經統治着印度北部。1525年，巴布爾南下進攻印度，次年攻佔德里，屢敗印度諸侯聯軍，征服北印度大部分地區，建立莫臥兒帝國。可見莫臥兒帝國最初是外族在印度建立的政權。從此，印度的不同教派，分散的村社走上了民族統一的道路，成爲當時世界上最富有、最強大的國家之一。巴布爾開始轉戰於整個印度次大陸，在很短的時間裏，就佔領了大半個印度半島。
他採用“以印治印”的手法，把印度半島北部尚未征服的地盤劃分給每一個印度的封建主，不管他們採用什麼方法，只要管理那就是他們的領地。不久，印度北部就基本統一了。1527年春天，巴布爾與拉那·桑伽兩軍交火。經過十分激烈的拼殺，拉那·桑伽身受重傷，身上又添13處傷，全身受傷總數突破百塊大關。儘管如此，拉其普特人最終還是被巴布爾打敗了。1528年，馬茂德召集10萬阿富汗聯軍於比哈爾，準備與巴布爾爭一雌雄。在恆河與哥橋拉河交匯處，兩軍擺開戰場。巴布爾親自指揮蒙古人在強大炮火掩護下強渡哥橋拉河，分兵夾擊敵軍。兩軍相遇勇者勝，阿富汗人全線崩潰，馬茂德逃亡孟加拉。這一仗成了巴布爾一生中征戰之絕筆。1530年12月26日，巴布爾英年早逝，年僅48歲。著有《巴布爾回憶錄》。巴布爾在一生的征戰中，佔領了東起哥橋拉河，西至阿姆河，南起瓜廖爾，北至喜馬拉雅山脈的大片領土。
