施琅是清朝初年的重要將領，字尊侯，號琢公，上疏籲請清廷在臺灣屯兵鎮守、設府管理，力主保留臺灣、守衛臺灣。因功授靖海將軍，封靖海侯。
施琅在回到廈門後，便日以繼夜，廢寐忘食，一面整船，一面練兵，兼工製造器械，親自挑選工匠和船，歷時數月，使原來全無頭緒的水師船堅兵練，事事全備。
1683年(康熙二十二年)六月十四日，施琅督率水軍由銅山出發。在進攻路線的選擇上，施琅根據風向和敵方防禦情況的情報，決定清軍船隊從銅山(今福建東山島)啓航，乘六月的西南季風向東穿越臺灣海峽，首先奪取地處澎湖主島以南、鄭軍防守薄弱的八罩島。
這樣就可獲得船隊的錨泊地和進攻出發地，佔據上風上流的有利位置向澎湖發起攻擊。攻下澎湖，扼敵咽喉，然後兵鋒直指臺灣，可順利實施“因剿寓撫”的戰略方針。
六月十六日，清軍艦隊向澎湖鄭軍發動第一次進攻，初戰失利。施琅很快吸取教訓，對下一步作戰行動進行了周密籌劃和部署。施琅將清軍分爲四部分：施琅親率56只大型戰船組成的主攻部隊，正面進攻鄭軍主陣地娘媽宮;
總兵陳蟒等率領由50只戰船組成的東線攻擊部隊，從澎湖港口東側突入雞籠嶼，作爲奇兵，配合主攻部隊夾擊娘媽宮;總兵董義等統率另50只戰船組成的西線攻擊部隊，從港口西側進入牛心灣，進行佯動登陸，牽制西面的鄭軍;其餘80只戰船作爲預備隊，隨主攻部隊跟進。
十八日，施琅先派戰船攻取澎湖港外的虎井、桶盤二島，掃清了外圍。二十二日早七時，經過充分休整和準備的清軍向澎湖鄭軍發起總攻。
經過9小時激戰，清軍取得全面勝利，共斃傷鄭軍官兵1.2萬人，俘獲5000餘人。擊毀、繳獲鄭軍戰船190餘艘。鄭軍主將劉國軒乘小船從北面的吼門逃往臺灣。此役清軍陣亡329人，負傷1800餘人。
此後，施琅又一面加緊軍事行動，一面對佔據臺灣的鄭氏集團施以招撫。在施琅大軍壓境之下，鄭克塽茫然地說：“現在臺灣人心風聲鶴唳，繼續守衛臺灣恐怕右邊啊;士卒滿目瘡痍，再戰下去恐怕難以取勝。還是應當請降，以免今後追悔莫及。”鄭克塽聽從了劉國軒的勸告。
八月十三日，施琅率領舟師到達臺灣，劉國軒等帶領文武官員軍前往迎接。施琅入臺之後，主動前去祭鄭成功之廟，對鄭氏父子經營臺灣的功績作了高度的評價，並稱鄭氏收復臺灣是爲國爲民盡職的舉動，對鄭成功毫無怨仇。祭祀完成之後，施琅哽不成聲，熱淚縱橫。
鄭氏官兵和臺灣百姓深受感動。讚揚施琅胸襟寬廣，能以大局爲重。冷靜處理公義私怨的關係，遠非春秋時期的伍子胥所能比擬。
當時，清廷內部對臺灣地位的重要性認識不足，對是否留臺存在爭議。施琅上疏力主留臺衛臺。在分管兵部的清朝東閣大學士(宰相)潘湖叟黃錫袞的支持下，施琅(乃分管兵部的內閣大臣潘湖叟黃錫袞的妹夫)的意見打動了康熙帝和朝中大臣，清廷終於決定在臺灣設府縣管理，屯兵戍守。
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