赤嵌的荷蘭軍在水源被切斷，外援無望的情況下，向鄭成功投降。盤踞臺灣城的侵略軍企圖負隅頑抗，鄭成功在該城周圍修築土臺，圍困敵軍8個月之後，下令向臺灣城發起強攻。
迫降赤嵌城
赤嵌城軍隊勝登陸，包圍了赤嵌城荷軍，並割斷了赤嵌城與臺灣城之間的聯繫。當時，坐鎮赤嵌城的荷軍司令官描難實叮屬下兵力約400人，龜縮在臺灣城中的荷蘭侵略軍長官揆一屬下兵力約有1100人，戰艦和小船各兩隻。荷軍兵力雖弱，但氣焰囂張侵略者狂妄叫囂“二十五個中國人合在一起還比不上一個荷蘭兵”，“只要放一陣排槍，打中其中幾個人，他們便會嚇得四散逃跑，全部瓦解”。
揆一妄圖憑藉其船堅炮利和城堡堅固，分三路向鄭軍實施反撲：一路分戰艦向停泊在臺江的中國船隻進攻，一路由貝德爾上尉(又名拔鬼子)率兵240人抵抗從北線尾登陸的鄭軍，一路由阿爾多普上尉率兵力200名乘船增援赤嵌城。
鄭軍從禾寮港登陸紮營後，即遭到赤嵌城荷軍的炮擊。同時，荷軍又放火焚燒馬廄、粟倉。鄭成功“恐被焚燒糧粟”，派楊英等率軍前往看守堵御。接着，鄭成功調整了部署：命令左虎衛王大雄、右虎衛陳蟒率領統船控制鹿耳門海口，以便接應第二梯隊登陸;令宣教前鎮陳澤率兵防守北線尾一帶，以保障主力側後安全，並置臺灣城荷軍於腹背受敵的境地，另派兵一部監視臺江江面，切斷赤嵌城與臺灣城的聯繫，爲從海、陸兩面打敗荷蘭侵略軍的反撲作好了準備。
四月初三，在北路發生了北線尾陸戰。北線尾是一個不到一平方公里的沙洲，南端與臺灣城相對，北端臨鹿耳門航道。荷軍貝德爾上尉趁鄭軍剛剛登陸，率領240名士兵，乘船沿臺江岸邊急駛北線尾，上岸後即分兩路向鄭軍反撲。
貝德爾指揮荷軍以12人爲一排，疏開戰鬥隊形放排槍，逼近鄭軍。陳澤率大部兵力從正面迎擊，另派一部分兵力迂迴到敵軍側後，夾擊荷軍。荷蘭文獻記載：鄭軍“箭如驟雨，連天空似乎都昏黑起來”。
貝德爾發現自己腹背受敵，手足無措。他所指揮的荷軍士兵的勇氣，這時則完全爲恐懼所代替，許多人甚至還沒有開火便把槍丟掉了。他們抱頭鼠竄，落荒而逃。鄭軍乘勝猛攻，將荷軍“一鼓而殲”，“夷將拔鬼子戰死陣中，餘夷被殺殆盡”。
南路增援赤嵌城的荷軍，也被鄭軍戰敗。這支200人組成的援軍由阿爾多普上尉率領，乘船沿臺江南岸駛往赤嵌城，企圖爲描難實叮解圍。鄭成功發現後，立即出動“鐵人”軍還擊。他們雙手揮舞大刀(荷蘭人稱爲“豆腐刀”)，奮勇向荷軍砍去。200名荷軍士兵只有60名爬上岸，當即被“鐵人”軍消滅。阿爾多普率殘部逃回臺灣城。
阿爾多普出援失敗，赤嵌城守敵越發着急。描難實叮派人前往臺灣城，要求揆一再派百餘人救援赤嵌城。評議會研究，臺灣城的處境危險，兵力不足，“如果再派出一支援軍，則用以保衛熱蘭遮城堡及其周圍地區的全部後備軍將不足500名。而這支隊伍又是戰鬥力最弱、最缺乏作戰經驗的士兵所組成的，所以決定拒絕普羅文查要塞司令的請求”。
荷蘭海軍以僅有的兩艘戰艦和兩艘小艇阻擊鄭軍。荷軍戰艦船體很大，設備先進。鄭成功以60艘大型帆船包圍荷蘭戰艦，荷艦“赫克託”號首先開炮，其他戰艦也跟着開火，鄭軍水師在鎮將陳廣和陳沖的指揮下，個個奮勇爭先。經過激烈戰鬥，“赫克託”號被擊沉。其他戰艦企圖逃跑，又被鄭軍艦船緊緊包圍。鄭軍用五六隻大帆船尾追“格拉弗蘭”號和“白鷺”號，展開接舷戰、肉搏戰。英勇的鄭軍士兵冒着敵人的炮火爬上“格拉弗蘭”號，砍斷船靠，又用鐵鏈扣住敵艦船頭斜桅，放火焚燒。“格拉弗蘭”號和“白鷺”號受重創掙脫逃跑，通信船“伯瑪麗亞”號戰敗後逃往巴達維亞。
荷蘭海、陸作戰均告失敗，赤嵌城和臺灣城已成爲兩座孤立的城堡，相互間的聯繫完全割斷。荷方承認，當時赤嵌城守軍“力量單薄，處境危急”，“熱蘭遮城堡也由於地勢關係，難以堅守，熱蘭遮市區更是完全處於敵軍的包圍和控制之下”。
鄭成功隨即加緊對赤嵌城的包圍。該城周圍45丈，高3丈6尺，城牆上有4座炮樓。四月三日，鄭軍的士兵在赤嵌城外抓到了描難實叮的弟弟和弟媳。鄭成功對他們講明利害，令其回城，勸說描難實叮投降。接着，又派部將楊朝棟和翻譯吳邁、李仲前往勸降，表示絕對不會加害他們，並允許荷蘭人帶走自己的財產。四月四日，赤嵌城的水源被臺灣人民切斷。描難實叮見援兵無望，孤城難守，不得不掛白旗投降。這樣，鄭成功在登陸後第四天，就收復了赤嵌城。
描難實叮投降後，奉鄭成功之命前往臺灣城勸揆一無條件投降，遭到揆一拒絕。鄭成功與諸將分析形勢，認爲不給侵略者以迎頭痛擊，敵人是不肯投降的，於是命令軍隊從鯤(魚+身)南端登陸，“移扎鯤(魚+身)山即一鯤(魚+身)，候令進攻臺灣城”。
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