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南方民族地區施行的土司制度始於元朝，這種制度對南方民族地區的穩定與發展起過重要作用。
忽必烈攻滅大理國後，在雲南及附近地區設置“五城”和19個萬戶府。《元史·世祖三》說：至元四年(1338)，世祖遣雲南王忽哥赤鎮大理、鄯闡、茶罕章、赤禿哥兒、金齒等處，設19個萬戶府，分別在大理、威楚、善闡、陽城堡等處。“五城”和19個萬戶府由駐大理的雲南王所統轄。至元八年(1271)，元朝又分大理國三十七部舊地爲南北中三路，設達魯花赤總管。
至元五年(1268)，元朝“敕給黎、雅、嘉定新附民田”.至元十九年(1282)，元朝籍雲南新附戶，《元史》說自兀良合臺出鎮雲南，
“凡八籍民戶，四籍民田，民以爲病。至是朝廷令已籍者勿動，新附者籍之”。
忽必烈在雲南建立行省，把重任交給政治經驗十分豐富的大臣賽典赤·贍思丁。賽典赤進入雲南後，瞭解到雲南政出多門，於是上奏忽必烈：“雲南諸夷未附者尚多，今擬宣慰司兼行元帥府事，並聽行省節制”。於是將宣慰司、元帥府置於行省的統領之下，又設置路府州縣，廢除以萬戶制度管理民政的做法。至元十三年，正式建立雲南行省。
雲南土官儂士貴率大小首領2000餘人投降元朝，“降者八十餘州，籍四十萬戶”，元朝 “不勞一矢而安定”。 賽典赤瞭解到宋朝在廣西實行的羈縻府州制度，制定了土官制度，試行以後頗見在南方民族地區推行。
土官制度的基本內容，是朝廷任命土官爲正式官吏，允許世襲。土官有正式品秩，在待遇、權利與義務方面均有規定。在邊疆的行省下設軍事機構性質的宣慰司，同時廣泛任用土官爲宣慰司各級官吏。組成由地方民族爲成員的土軍，平時由土官管轄，必要時朝廷可徵調參戰。土官及所管轄的土軍，還在各地參加軍民屯田。元朝廣泛任用邊疆民族首領爲各級土官，對土官給予充分的信任。凡民族首領來降，朝廷根據勢力大小授予以不同官職。以後若反叛，歸降後仍可官復原職。
元朝建立後，將經營重點從北方逐漸轉移到南方，爲此積極經營雲南、廣西等南部邊疆地區。蒙元統治者與南方少數民族同是漢人眼中的“蠻夷”，有明顯的親近感。蒙元在南方民族地區推行土官制度，授南方民族以協助統治的權力，同時給予較高的待遇和信任，縮小與南方少數民族的距離感，並增強改造和任用南方民族的信心，這些對後世都產生了極大的影響。
通過實行行省制度和土官制度，元朝對南部民族地區的統治明顯深入，一方面使南部民族地區的農業、交通業、礦冶業、商業也有很大的發展，爲明清兩朝進一步經營這一地區，奠定了十分有利的基礎。蒙元創造並廣泛推行土官制度，還標誌着中原王朝對邊疆民族地區的統治，開始了因地制宜和具體化統治的時期。王朝統治者開始注意到接受統治的邊疆民族，在歷史發展傳統、經濟文化、習俗等方面的特點，重視分類施治，強調統治的有效性和持續性，對於蒙元有效統治南方少數民族地區具有重要意義。
蒙元對南方民族地區的統治也存在明顯的不足與時代的侷限：
首先，元朝統治中後期出現嚴重的腐敗，直接影響到統治的持續有效性。這在西南民族地區造成的消極影響是顯而易見的。通過統治從當地獲取人力以補充軍力，是蒙元統治者最關心的，至於全面進行統治並維持其穩定，則是較次要的問題。這些都反映出蒙元統治南部民族地區，在深度和可持續的程度方面，都存在較爲明顯的問題。
其次，蒙元在西南民族地區設立的機構不夠穩定，經常變動。至元二十二年，元朝以荊湖行省所隸八番、羅甸隸西川行省。至元二十六年，以八番羅甸宣慰使司隸四川行省，以八番、羅甸隸湖廣行省。以後又改思州安撫司爲軍民宣慰司，隸湖廣行省。元貞元年又以亦奚不薜復隸雲南行省。大德七年(1303)，仍以順元改隸湖廣行省。
蒙元施行的土官制度在施行中的隨意性也較明顯。除任用當地民族首領外，還任用一些蒙古人、色目人擔任地方官員，許可世襲。 “元立行省設官，蒙古、漢人、土人錯雜。”同時，一些本地的土官則被調換任職，事實上已成爲流官。一些土官坐大甚至割據一方，朝廷對此也束手無策。比如大理國王后裔段氏降元后，被授宣慰司元帥之職。從元代中期起，段氏與鎮守雲南的蒙古樑王相對抗，雙方屢動刀兵。最後蒙元只得被迫任命段寶爲雲南行省右丞兼任大理總管之職，承認了段氏在雲南西部地區的割據。
元朝滅亡後，明代沿其舊制而行之，於西南邊疆設置衛所，在衛所駐紮地區之外的區域普遍推行土司制度，但實行土司制度的地區基本上是邊疆和僻地。明朝的目的是維持西南邊疆的穩定，並沒有對西南地區系統經營與全面開發的打算。所以在西南邊疆推行由前代土官制度發展而來的土司制度，將其作爲羈縻和維繫本地“蠻夷”的政策，便成爲朝廷必然的選擇。
與元朝不同的是，明朝的各項制度不僅縝密細緻，還體現出相互制衡的特點，土司制度也是如此。明朝在南方少數民族地區立宣慰、宣撫、安撫、長官諸司，其府州縣的土官，與府州縣的流官職掌皆同，凡司府州的縣土官，准予世襲，
“有長有屬，自食其土，不給以祿，歲各量出差發銀，多寡有額。”
明朝在西南邊疆的衛所，主要安置在農業地區及形勝險要之處，衛所屯田自給。明代後期，西南邊疆地區獲得迅速發展，以衛所將士及其後裔形成的市民、士紳階層，是西南邊疆維持穩定的重要社會基礎，漢族移民融合本地居民的衛所，形成新的羣體，也有助於衛所地區的管理。
不管是元朝還是明朝，都沒有很好的解決土司割據的問題。這與土司制度自身侷限性有關。就連土司辦理承襲手續，官府都經常拖沓推諉，使不少應該承襲的土司勢力反叛。元代民謠唱道：
“官府只愛一張紙(指土司委任狀)，打失地方兩千裏。”
元、明兩朝在西南邊疆實行的土司統治，使得土司管理的地區長期滯留在封閉、落後的社會階段，與其他地區差距不斷擴大，直到雍正施行“改土歸流”，才解決了這一長期存在的問題。
