北宋神宗熙寧元年(1068年)，登州有位農家少女阿雲，由於父親早逝，母親也於去年病逝，一下子便失去了生活來源。於是，在其母親去世後不久，阿雲便被許給了一戶韋姓人家，雙方已經完成了定親程序，只等着迎娶過門了。
然而，阿雲這位未婚夫長相卻奇醜無比，阿雲得知之後極爲不滿，但婚期已定，她也無可奈何。爲了擺脫這樁婚姻，阿雲便想將未婚夫殺死。一天，她趁未婚夫熟睡之際，用刀連砍十多刀，但不知是力氣太小還是太過緊張，結果造成“十餘創，不能殺”，只是“斷其一指”。眼看未婚夫疼醒，阿雲連忙逃走，而其未婚夫則報了官。
此案審理過程並不複雜，阿雲很快便被作爲懷疑對象被帶上公堂，而阿雲或許是做賊心虛，不等官府認真潘偉，便將事情的前因後果如實招供。於是，知縣便按照宋律，以“謀殺親夫”之罪判處死刑，並結案上報。
時任登州知州的許遵接到上報後，卻認爲阿雲與韋氏訂婚時，正在爲其母服喪期間，因而這樁婚姻按律是違法的，因此不能按照謀殺親夫的重罪論處，而應該以普通謀殺罪定罪，因殺人未死，故而可以免去一死。
許遵改判
案件呈送大理寺後，大理寺卻推翻了許遵的判決，而是以“違律爲婚，謀殺親夫”爲名，判處其絞刑，而審刑院也同意大理寺的判決。許遵對此不服，再次上奏認爲：阿雲在被官府傳喚時，剛開始接受詢問，便將案件經過全部交代，因此應該認定其有“自首”情節，按照‘按問欲舉’條例，應該對其減二等論罪。
宋神宗見雙方意見不統一，於是將該案移交刑部審理，刑部官員認爲許遵爲阿雲開脫的理由十分荒唐，大理寺的審判是符合律法規定的，因而再度擬定死刑，並回奏神宗。而宋神宗卻覺得阿雲怪可憐的，法理不外乎人情，因而特意下詔，允許其納財贖罪。
宋神宗
此案過後不久，許遵升任大理寺卿，然而御史臺的官員卻上書彈劾許遵，認爲許遵在阿雲案中“議法不當”，根本不應該擔任大理寺卿。許遵則反駁道，“刑部和大理寺對阿雲案的判決本就不對，阿雲之罪完全符合寬免罪行的條件，如果按照大理寺的判決，就會徹底杜絕犯人自首的渠道，也違反了‘罪疑惟輕’的古訓。”
御史臺官員得知許遵的言論後，再度指責許遵“妄法”，並請朝廷將案件發給翰林學士們討論。宋神宗於是便將此案移交給翰林學士司馬光和王安石共同討論。
王安石影視形象
然而，王安石和司馬光在瞭解了案件經過之後，卻得出了截然相反的結論，司馬光依據《宋刑統》“(殺人時)於人有損傷，不在自首之例”之條例，認爲阿雲不能算作自首，因而支持刑部的死罪判罰;王安石則依據當年七月宋神宗的詔令“謀殺已傷，按問欲舉，自首，從謀殺減二等論”，認爲阿雲完全符合自首情節，因而支持許遵的減罪判罰。
王安石和司馬光相持不下，只得各自上奏。宋神宗見雙方始終無法達成統一，於是下令朝臣公議，結果翰林學士呂公著、韓維、知制誥錢公輔等人皆支持王安石的意見，而御史臺、刑部官員則支持司馬光的意見。一時間“廷論紛然”，“反覆論難，久之不決”。
事情發展到這一步，其實已經超出了案件本身的討論範圍，變成了慎刑派和重刑派之爭。北宋初年，宋太祖趙匡胤、宋太宗趙光義均認爲應該“用重典以救時弊”，因而推崇重刑治國，各級官員在執行法律時，多以從嚴、從重、從快爲標準。因此，《宋刑統》雖基本沿用《唐律》，但在執行力度上，卻要嚴厲的多，這是符合北宋初年天下大勢的。而隨着政治社會的逐步穩定，重刑治國思想顯然不再符合社會發展，因而很多大臣便希望將“罪疑惟輕”當成斷獄和立法的普遍準則，而不再是法外施恩的臨時舉措，因而形成了慎刑派。而重刑派則認爲應該遵從祖訓和舊例，對犯罪行爲保持嚴懲態勢，從而保證威懾效果。
而“登州阿雲案”恰好發生在律法從嚴到寬的關鍵轉折階段，雙方自然據理力爭。然而，朝臣雖然爭執不下，但宋神宗卻是支持慎刑派的，畢竟“謀殺已傷，按問欲舉，自首，從謀殺減二等論”的詔書就是他自己下的，因而王安石的意見最終被採納，皇帝下敕令“以王安石意見爲準”。同時，大理寺、審刑院和刑部審理阿雲案的官員則全部因爲“檢法失當”而獲罪。
然而，即使作出“終審判決”的是皇帝本人，但仍有朝臣不服，齊恢、王師元、蔡冠卿等人繼續上奏，堅持認爲許遵等人意見不公。宋神宗於是令王安石和王師元等人反覆辯論，但雙方相持不下，“與唐介等數爭議於帝前”。因唐介已經是參知政事，由於他的加入，導致爭論的規模越來越大，直到最後呂誨上書“請中書、樞密院合議”。然而，合議的結果卻是中書宰相“陳昇之、韓絳議與安石略同”，呂公弼也表態支持王安石。但樞密院文彥博則支持司馬光，雙方寸步不讓。
熙寧二年(1069年)，宋神宗提拔王安石爲參知政事，開始準備推行變法，不願再在阿雲案上僵持下去，於是在該年二月下詔“從今以後，凡是因謀殺而致人受傷的，如果自首或者按問欲舉的，就上奏朝廷，由皇帝決斷”，打算用和稀泥的方法了結此案。
然而，面對皇帝的聖旨，刑部官員劉述、丁楓認爲詔書不夠明確，不能發表。於是神宗乾脆重新下詔“以後碰到這類案子，按去年七月的詔書意見處理”，也就是按照王安石的意見執行，並將前一封詔書收回。
然而，劉述等人依舊反對，並要求將前一封詔書交由中書省和樞密院合議。而此時，由於王安石變法已經開始，因變法觸動了很多人的利益，這些人自然而然的便站到了王安石的對立面，於是阿雲案又被捲入了新舊黨爭之中。對於守舊派來說，他們的目的就是不惜一切代價、手段，全力打壓變法派。這些人根本不去關心案件本身，只要是王安石支持的他們就反對，只要是王安石反對的他們就支持。
同年八月，由於朝臣圍繞阿雲案仍然爭論不休，甚至已經有發展爲黨爭的趨勢，爲了儘快了結此案，宋神宗再度下詔，“以後這類案子，還是按照今年二月的詔書辦理”，同時將劉述等人貶職，司馬光上奏力爭，神宗不予理會。
於是，歷時兩年之久，阿雲案至此終於迎來了一個結果，由於阿雲的婚姻不合法，因而阿雲最終被判處編管(即流放)，而編管流放的阿雲又很快遇到大赦，因而很快便恢復了自由身，得以重新嫁人生子。
那麼此案至此就徹底了結了嗎?事實上並沒有，就在此案結案十六年後，即元豐八年(1085年)，宋神宗去世，年僅九歲的宋哲宗繼位，高太后垂簾聽政，司馬光再度爲相，舊黨重新控制朝廷。於是，司馬光重提此案，同年十月，宋哲宗下詔，“強盜按問欲舉自首者，不用減等”，此案竟然再度出現反轉。
野史記載阿雲最終還是被殺
阿雲的結局到底如何，正史並無記載。但根據野史記載，在司馬光重新出任宰相後，已經嫁人生子的阿雲再度被判處死刑，最終被處死。
