關於孔子與孔子的父親，歷史上有着許多的謎題，其一，孔子的母親爲何到死都不告訴孔子其父親姓甚名誰。其二，孔子的父親明明叫叔梁紇，爲什麼孔子卻行孔呢?父子二人的名號顯然有着結構性的差異。這中間是否有什麼關聯嗎?
從文獻記載可知，孔子的列祖列宗中，沒有以孔爲姓的，孔姓是從孔子開始的。孔子的祖先不姓孔，姓什麼?姓子。孔子自稱是殷人，其祖先屬於殷遺民。在先秦，商、周兩代，商是子姓，周是姬姓。但在當時，女子稱姓，男子不稱姓。所以，孔子的祖先姓子，但他們的名號中都不冠以子姓。
孔子祖先姓子，孔子本人自然也姓子，這確定無疑。孔子怎麼又姓孔呢?
爲什麼孔子的父親叫叔梁紇孔子卻姓孔
原來，準確地說，孔並不是孔子本人的姓，而是他的氏。古人的姓與氏是分開的，男子不稱姓，稱氏。孔子的孔，最初是氏，後來才變成了姓。孔子的孔，作爲氏號，也就是孔氏，又是從哪兒來的呢?古文獻中已有明確答案。
《孔子家語·本姓解》指出：孔子先祖本是宋國公室成員，傳到孔父嘉時， 五世親盡，別爲公族，故後以孔爲氏焉 。《闕里文獻考》卷一也說：孔子先祖從弗父何到孔父嘉， 五世親盡，當別爲公族，乃以字爲孔氏 。
這是說，孔子先祖弗父何讓國後，其子孫仍然屬於宋國公室成員，傳了五世，到了孔父嘉的時候，按照宗法制的規定，五世親盡，不能再繼續列入公室，而是應該別立一族。別立一族，必須有個族的名號，於是就取孔父嘉的字作爲族的名號。孔氏的孔，是從孔父嘉那兒來的，孔是孔父嘉的字。
孔氏雖然從孔父嘉開始別立一族，但那時男子的名號，稱氏，稱名，稱字，似乎並無一定之規，所以，孔父嘉以後，孔子的先祖如木金父、祈父、防叔、伯夏、叔梁紇，都不稱氏，其名號中都無孔字。孔氏一系，名號中稱氏的，是從孔子開始，其後固定下來，如孔子的兒子叫孔鯉，孫子叫孔伋，曾孫叫孔白，玄孫叫孔求，等等。後來，氏變成了姓，孔也就由氏變成了姓。
由於孔子是聖人，也由於孔氏是從孔子開始固定下來，所以戰國中後期孔子的直系子孫皆奉孔子爲始祖。據《孔叢子·獨治》篇記載，孔氏後人爲祭祀先祖，立有兩座祖廟，一是弗父何之廟，一是孔子之廟。孔子九世孫孔鮒說：他們 哭孔氏之別姓於弗父之廟，哭孔氏於夫子之廟 。孔鮒所說的 孔氏之別姓 ，是指孔氏別立一族以來的其他分支，這些分支並不以孔爲氏，所以稱 別姓 ;所有孔氏和孔氏之別姓，都奉弗父何爲始祖。孔鮒所說的 孔氏 ，則是指孔子的直系後裔，都以孔爲氏，都奉孔子爲始祖。
