1367年，明太祖朱元璋統一江南後，決定北定中原、南略沿海，全面驅逐蒙元。
洪武元年(1368年)，明軍出師汴梁，收復河南山東地區，隨後進軍大都。元順帝攜太子、后妃出健德門，由居庸關逃往上都開平(今內蒙古多倫西北)。洪武十四年(1381年)，傅友德、藍玉、沐英出師徵雲南，翌年二月，大軍攻下大理，蒙古樑王自縊，雲南全境悉平。洪武二十年(1387年)，馮勝、藍玉、傅友德舉征討東北，元丞相納哈不敵降明，東北的割據勢力被消滅。洪武二十一年，藍玉在捕魚兒海(今貝兒湖)，殺元太尉蠻子，元主脫古思帖木兒在逃亡途中爲部將所殺。
經過20年，明朝於1388年實現統一大業。
捕魚兒海一戰後，元朝殘餘北逃，1402年鬼力赤篡奪政權建立韃靼，再也沒有元這個朝代了。元朝滅亡後，蒙古分裂爲漠南蒙古，漠北蒙古，漠西蒙古。
明成祖朱棣發動了五次親征，把蒙古勢力趕到了大漠以北，鞏固了對中原的統治。明代疆域囊括漢地，東北抵日本海、外興安嶺，北達戈壁沙漠一帶，西北至新疆哈密，西南臨孟加拉灣，並在青藏地區設有羈縻衛所，征服安南，明代極盛國土面積約達997萬平方公里。
元朝的疆域，包括吐蕃、中書省、遼陽行省、甘肅行省、陝西行省、河南江北行省、湖廣行省、四川行省、雲南行省、江浙行省、江西行省都被明朝收復。
然而，明朝卻沒能收復元朝的嶺北行省，這個行省位於蒙古大漠以北，首府是和林。
1235年，蒙古窩闊臺汗建都和林，即今蒙古國中部鄂爾渾河上游，這裏是蒙古高原的中心地帶。1260年，留守首都和林的阿里不哥即大汗位，據有漠北。忽必烈在開平城也自立爲大汗，據有漠南。經過4年的爭位戰爭，忽必烈獲勝，遷都於燕京，建立元朝。
元朝建立以後，蒙哥的後裔、阿里不哥以及窩闊臺孫子海都等所統率蒙古部都位於漠北，忽必烈時期，這些藩王時常叛亂。1268年，海都發動叛亂，建窩闊臺汗國。1289年，海都攻和林，忽必烈親統大軍北上征討，海都勢力被驅出阿爾泰山以外。元成宗時期，海都戰敗死於退軍途中，1306年，其子察八兒率部歸順元朝。
元武宗時期，1307年設立和林行省，後改名爲嶺北行省，主要管轄漠北蒙古諸王及各萬戶﹑千戶。行省東至哈剌溫山(今大興安嶺)，接遼陽行省;西至也兒的石河，接欽察汗國和察合臺汗國;南隔大漠與中書省和甘肅行省轄境接界;北至北海(今西伯利亞北部)，凡服屬元朝的林木中百姓均歸統轄。
明太祖明成祖時期壓着蒙古打，卻沒能收復漠北行省。明朝中期以後，蒙古各部逐漸南下成爲大患。
明朝後期，滿清於1624年征服蒙古科爾沁部，1636年征服察哈爾部並，此後又陸續降服了蒙古各部落，平定了準噶爾部叛亂。
1733年，清朝設置漠北蒙古，由烏里雅蘇臺將軍管轄，爲省級行政區。1761年，置庫倫辦事大臣，土謝圖汗部與車臣汗部民政事務改由庫倫辦事大臣管理;同年，置科布多參贊大臣管理科布多地方。
清朝滅亡後，1911年12月28日，外蒙古宣佈“獨立”。1919年夏，西北守邊使徐樹錚率軍進入外蒙古，恢復了領土主權。直皖戰爭發生後，徐軍主力從蒙古調回關內參加軍閥混戰。
1921年2月3日，蒙古溫甘倫的部隊擊潰了中國駐軍，佔領了庫倫。7月10日，蒙古君主立憲政府正式成立。從此後，漠北蒙古不再是中國一部分，到現在還是中國的痛。
