西晉時已出現土斷概念。晉初司空衛瓘主張恢復漢代鄉舉裏選法。戶籍都按住地編定，取消客籍戶，選舉由鄉里評定。這是針對九品中正制的弊病提出的。東晉、南朝的土斷則是針對當時僑人和僑州郡而實行的政策。
西晉末，北方人民大量南流，東晉建立後，政府設立了許多僑州、僑郡、僑縣予以安置。他們只在這種僑立的地方機構登記，稱爲僑人。僑人的戶籍稱爲白籍，不算正式戶籍，入白籍者不負擔國家調役。僑人有的相對集中，有的居住分散，“十家五落，各自星處，一縣之民，散在州境，西至淮畔，東屆海隅”。他們雖在僑縣登記戶籍，卻不住在僑縣寄治的地方。僑州和它所屬的郡縣也不是都在一處，有的相距很遠，管理極爲不便。
僑州、郡、縣開始也只是辦事機構，並無實土，所以僅在晉陵(今江蘇常州一帶)一郡就有僑立的徐、兗、幽、冀、青、並六州的十多個郡級和六十多個縣級機構。各州僑人既和原來的江南土著百姓雜處，又彼此相互混居，卻分屬於不同的州、郡、縣管理。流民南下之初，多數還想重返故里，所以莫不各樹邦邑，思復舊井。而且流人初到，並無產業，爲了安撫他們，憑藉他們的武力爲北伐資本，也不能不給以優復特權。但北伐多次失敗，重返絕望，居處既久，人安其業。僑人中的上層已多佔有田園別墅;下層的除了淪爲部曲、佃客、奴婢者外，也通過開荒或其他手段取得少量土地，成爲自耕農民。他們與土著百姓生活無異而負擔不同，容易引起僑舊矛盾。而且許多江南農民也逃亡而變成豪強私附。這些都不利於東晉政府的統治，因此東晉政權在江南站穩腳跟之後，便要實行土斷政策。
東晉的第一次土斷是在成帝的咸和年間(326—334)。以後東晉及宋、齊、樑、陳歷代都進行過土斷，見於記載者共有十次。其中最著名的哀帝興寧二年(364)由桓溫主持的“庚戌土斷”(以三月初一庚戌下詔。故名)和安帝義熙八年至九年(412—413)由劉裕(即宋武帝劉裕)主持的“義熙土斷”，都以嚴格執行見稱。庚戌土斷時，晉宗室彭城王司馬玄因藏匿五戶被下獄治罪;義熙土斷時，會稽大族虞亮因藏匿亡命千餘人被處死。
