關於窩闊臺汗國，疑問非常多，至少有三大疑問：
一是窩闊臺既然是大汗，爲什麼又有個窩闊臺汗國?
二是窩闊臺汗國與金帳汗國、察合臺汗國是不是同時建立起來的?
三是蒙古分裂後形成的四大汗國中，包不包括窩闊臺汗國?
確實，窩闊臺汗國與其它幾個汗國很不一樣。它立國時間不確定，範圍不確定，最後又只是曇花一現。
成吉思汗發動第一次西征的時候，把西征所獲得的花剌子模、呼羅珊及西遼的大片土地分封給了他的長子朮赤和次子察合臺。
但是並沒有給第四子拖雷。因爲拖雷是幼子，按照蒙古幼子守竈的規矩，拖雷應該繼承成吉思汗蒙古漠北的祖業之地。
有沒有封地給窩闊臺呢?這一點，正史上並沒有明確記載，只是說，成吉思汗把也迷裏與霍博給了窩闊臺。但是有史料分析說，這兩個地方，其實是比較小的，差不多隻是拿給窩闊臺養馬的，並不算封地。
爲什麼成吉思汗並不給窩闊臺封地呢?因爲那時候，他已經把窩闊臺選爲他的接班人。從一碗水端平的角度出發，成吉思汗不給窩闊臺封地，也是可以理解的。
如果當時成吉思汗真沒有給窩闊臺封地的話，那麼，那時候就不存在窩闊臺汗國了。
成吉思汗去世，窩闊臺上臺。窩闊臺對他自己的兒子，也進行了一定的封賞。他的長子貴由被封在也迷裏，次子闊端及另一個兒子合失被封在河西(也就是原來西夏的土地)，還有個兒子合丹被封在別失八里。三子闊出被窩闊臺立爲繼承人，承襲他將來的大汗之位。
窩闊臺去世後，他的大兒子貴由奪得汗位。貴由去世後，蒙古的大汗之位轉移到拖雷的長子蒙哥身上。這引得窩闊臺後人不滿，因此造反。最後被蒙哥鎮壓下去了。蒙哥鎮壓了窩闊臺後人後，除了闊端、合丹這兩個和蒙哥關係好的宗王沒受到影響外，其餘包括貴由後人(忽察、腦忽、禾忽)、闊出後人(失烈門)、合失後人(海都)等，都被蒙哥把封地給他們奪了，並把他們圈禁起來。
這樣一來，不管之前有沒有窩闊臺汗國，這時候基本上已經不存在了。
蒙哥在南宋戰死後，蒙哥的兩個弟弟忽必烈和阿里不哥忙着爭奪大汗之位，因而就放鬆了對窩闊臺後人的監視。這時候，合失的後人海都在這時候強勢崛起。他先是聯合阿里不哥與忽必烈爲敵。後來，阿里不哥失敗後，他又和察合臺後人八剌聯合起來，對付忽必烈。並在八剌去世後，控制了察合臺汗國的政權。然後他又糾集窩闊臺、察合臺、朮赤三王的後人召開忽裏臺，想選個大汗出來與忽必烈分庭抗禮。
在海都的努力下，他建立了一個西到可失哈耳與答剌速河谷，南到天山南坡，東到哈剌火州，北到也兒的石河上游的一個龐大的區域。
這樣，如果之前窩闊臺汗國就有了的話，海都這算是一次復興。如果之前並不存在窩闊臺汗國，那麼，海都就是窩闊臺汗國的締造者。
不過，1301年，海都在與元朝作戰的時候受傷了。受傷以後撤軍，還沒有回國，就在途中去世了。
海都一去世，他的後代發生了爭奪王位的戰爭，內部打了起來。同時，被海都控制的察合臺汗國後人不服，也和海都後人打了起來。元朝趁這個機會，拉攏加打擊，各個擊破，1309年，察合臺汗國徹底滅亡，成爲一個曇花一現的汗國。
