軍機大臣，俗稱“大軍機”，又稱“樞臣”，是軍機處的長官。正式名稱，初期有“辦理軍機事務”、“軍機處行走”，後來有“軍機大臣上行走”，光緒年間始用“軍機大臣”之名，凡有上述名稱的，都是軍機大臣。
軍機大臣均爲兼職，自滿漢大學士、尚書，侍郎、京堂等官選用，或由軍機章京升任。初爲三人，後增至四、五人或八、九人，最多十一人。其數無定額，任期無限止。其具體職責爲每日晉見皇帝，協助處理摺奏，參議大政，並承皇帝旨意撰擬諭旨(乾隆中期以後實際由軍機章京代擬); 還負責審擬交辦的重大案件，稽察各部院衙門匯奏事件，以及奏補重要官缺等事。例兼方略館總裁和內翻書房管理大臣。
歷史沿革
始置軍機
雍正元年(1723) ，和碩特蒙古部落首領羅卜藏丹津在青海發動叛亂，自稱達賴琿臺吉，其叛亂雖然很快被年羹堯所率領的清軍平息，但是隨後又爆發了蒙古準噶爾部首領策妄阿拉布坦領導的叛亂。因對西北用兵，與準噶爾部作戰，爲辦理機密事務，雍正七年(公元1729年)，雍正帝“以內閣在太和門外，儤(bao)直者多慮漏泄事機，始設軍機房於隆宗門內”(樑章鉅：《樞垣紀略》卷二七)，挑選內閣中謹密可靠的中書辦理機務。雍正七年六月，正式任命怡親王允祥、大學士蔣廷錫、張廷玉辦理軍機。他們三人也成爲最早的軍機大臣。
雍正八年(1730)添設軍機章京。雍正十年(1732年)移軍機房於乾清宮門外，正式更名爲軍機處，頒定軍機處印信。辦公處所，稱值廬。軍機處是有官無吏的特殊衙門，在軍機處任職的，無定員，最多時六七人。由皇帝從親王、內閣大學士、六部尚書、侍郎或京堂(院、寺等衙門長官)中特簡選拔人員入值，稱爲軍機大臣，通稱大軍機，以滿洲貴族居多。
發展演變
稱呼演變
“軍機大臣”的正式名稱，初爲“辦理軍機事務”，以後分爲“軍機處行走”和“軍機處學習行走”二等。嘉慶(1796—1820)中期以後，又分別稱“軍機大臣上行走”和“軍機大臣上學習行走”。一般初入值資歷較淺者爲“學習行走”，資歷稍深後則去掉“學習”二字。光緒(1875—1908)末亦有直以“軍機大臣”任命者。
滿漢消長
早年，滿蒙大學士在入值軍機時間和常年供職人數等方面均處於絕對優勢，且以領班大學士兼任首席軍機大臣，始終位居權力結構的最頂端。至嘉道時期，伴隨漢大學士在國家中樞地位的上升,滿蒙大學士在軍機處行走人數、入值時間等方面的優勢均不再現，且較之以往首揆兼領首樞的現象大幅度減少，進而在朝局中的政治影響力明顯降低。這固然與軍機處的規範化和皇帝用人傾向等因素密切相關，但滿蒙貴族整體素質與治國能力的下降實爲其主要原因。
親王入值
軍機處設立早期，爲避親貴之嫌，親王一般不入軍機。如嘉慶四年(1799年)正月，清仁宗顒琰命成親王入軍機辦事，至十月，因與定製不符，又命出直。咸豐年初，清文宗奕詝命恭親王奕訢入直，但也鑑於嘉慶朝事，旋亦出直。但辛酉政變後，慈禧太后垂簾聽政，因擔心不孚人望，便籠絡親王以鞏固自己的統治地位，廷議恭親王爲議政王，總理軍機大臣。後雖奕訢去位，但親貴執政已爲定例。清末，親王擔任領班軍機大臣，成爲常事。
兼職總署
軍機大臣亦兼充方略館總裁、內翻書房管理大臣。咸豐以後設立總理各國事務衙門(“總署”)，亦由軍機大臣兼充總理各國事務大臣。
有觀點認爲，總理衙門設置後，總理大臣權位日重，加之地方督撫亦多兼軍機大臣，故軍機大臣權勢日減。這種說法並不完全符合史實。一方面，咸豐帝去世後，在奕訢和文祥等人的主持下，軍機處和總理衙門人員幾乎是重合的;甲申易樞之後，慈禧太后力圖使兩機構分離，但終究未能完全廢止軍機大臣兼領總理衙門大臣的成法。這種以軍機大臣兼任總理衙門大臣的做法，協調了二者關係，提高了辦事效率。
另一方面，晚清的在任督撫一般也並不兼任軍機大臣，例如李鴻章、曾國藩終身未曾擔任軍機大臣，而左宗棠、張之洞都是在離開督撫之任併入京後才擔任軍機大臣的。不過，晚清軍機大臣與督撫之間確實形成了錯綜複雜的關係。例如，兩江總督曾國藩、直隸總督李鴻章、山西巡撫曾國荃等人對閻敬銘出任軍機大臣產生了重大的影響。
職務撤銷
宣統三年(1911)，清朝責任內閣成立(習稱皇族內閣，一說應稱“暫行內閣”)，前後存在約190年的軍機處走向終結，末代軍機大臣中，慶親慶親王奕劻改授內閣總理大臣，貝勒毓朗改授軍諮大臣，那桐和徐世昌均改授內閣協理大臣。
