乾隆皇帝六下江南的首站，就入住南京毗盧禪寺，對外身份龍四爺。
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乾隆選擇毗盧禪寺爲首站，是爲了會見童時伴駕四品武官護衛、後爲毗盧禪寺方丈的法空長老。法空長老時年已百歲，爲江南著名高僧。乾隆在毗盧寺西禪院處理國務，坐禪堂與法空暢談國事和佛事，入藏經樓閱永樂大典，微服私訪夫子廟，時間七日之久。離開毗盧禪寺後，才亮明帝身，接受文武官員迎駕朝拜。百餘年間，毗盧禪寺因此香火鼎盛。
太平天國時期，毗連天王府的毗盧寺，寺滅僧失。光緒十年，兩江總督曾國荃重建毗盧寺。湘軍捐巨資從恆山運來香木，建造大雄寶殿，工匠用明城磚砌廟牆。
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曾國荃邀請福建世家雕刻佛像，江南名人撰寫楹聯，禮海峯和尚爲毗盧禪寺方丈。曾國荃還敬贈荷花缸，親書銘文於缸沿，賀毗盧禪寺復建圓滿。自此，毗盧寺東起清西河，西至大悲巷，北接太平橋，南至漢府街，成爲南京第一大寺。
光緒二十九年，毗盧寺方丈印魁長老依教修證，金陵毗盧派法脈誕生，毗盧禪寺加冕祖庭稱號，大江南北法脈傳遍，現在東北營口楞嚴寺還延續這一法脈。印魁長老晚年駐錫家鄉淶水高明寺，其高徒爲一代高僧淡虛。
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淡虛與太虛大師、虛雲老和尚被稱爲“民國三虛”，爲“人間佛教”創始人，對近代佛教影響深遠。
