明代，從事海上貿易的福州人頗多，至海外的商人也很多。據明王應山《閩都記》記載：當時福州人往海外者有阮、芮、樸、郝等姓，他們住居外國多年，娶番婦生子，攜帶回國，而較輕便的番船(福州人稱外國船隻爲“番船”)，可以逕入閩江，停泊碼頭。按照當時政府規定，番船入境，須經地方官員允許，並須驗證，至於停泊何處碼頭，也要經過官府的指定才行。明代藤山有一塊地，土名“上王”，地臨江濱，居民稀少，江闊水深，宜泊船隻。弘治十一年(1498年)，太監鄧某來閩督管海上船舶，貪受外人厚賄，遂將該地租於外人開鑿新港，以供番船停泊。當時，這裏桅杆林立，外國船隻密集，人即稱之爲“番船浦”。其後，地擴成洲，可以播種農作物。至康熙年間(1662年至1722年)，官府派人來測量田畝，編入冊數。因地處江岸，水陸交通便利，商販雲集，到處建起房屋，逐漸成爲臨江之小埠，人們即以浦名呼作地名。因福州話“番”與“泛”諧音，而“番”帶有“洋”的意思，故現在改稱爲“泛船浦”。
自五口通商後，福州雖爲對外開放口岸之一，但因魁岐一帶江心沙土沖積，外輪不能駛入福州，只能停靠在馬尾港，因此番船浦早已名不副實。清政府只得在附近設立海關，驗物抽稅，於是又有海關埕之名。
番船浦舊有舍人廟，香火鼎盛，後因城建需要，遷至高蓋山北麓。
1931年，因萬壽橋(今解放大橋)橋身受損，須做部分修建，不能通行，行人過江全憑小汽輪運載。渡口北邊設在臺江汛，南邊在番船浦舍人廟，故日夜待渡之人絡繹不絕。小商小販亦趁機來此經營，一時又成鬧市。到大橋重建竣工恢復通行後，此地復歸荒涼悽清。上世紀40年代，詩人俞紹瀛有《番船浦所見》詩云：
“對面青山似畫圖，煙雲旦晚自模糊。
番船舊說曾聚浦，今只漁舟傍蘆葦。”
可算是當年番船浦之冷寂的真實寫照。
