本紀共二十四卷，就卷數而論，《明史》本紀所佔不足全書十分之一，若以字數而論，則所佔不及全書二十五分之一。由此可知本紀在《明史》中所佔比例甚小，這是《明史》編纂體例中的一個特點。本紀在紀傳體史書中，是以編年形式敘史的部分，《明史》顯然是將本紀作爲全史之綱，以簡明扼要的方式，首列於全書之前，使人在讀閱這部史書之時，首先了解到有明一代歷史之概況，而不是使人在讀閱本紀時便事無鉅細盡覽盡知。這應該算是《明史》修纂整體設計上的獨到之處。
《明史》本紀的另一個特點，是尊重史實，不以明代官定史論爲據。如建文帝年號於成祖奪位後革除，其四年實錄僅以元、二、三及洪武三十五年，附於《明太祖實錄》之後。《明史》中則專立《恭閔帝紀》一卷，甚爲得體。再如英宗削景泰帝號，情形與建文事相似，《明史》中亦處理得當。清代史家錢大昕曾論稱：“其例有創前史所未有者。如《英宗實錄》附景泰七年事，稱郕戾王，而削其廟號，此當時史臣曲筆。今分英宗爲前後兩紀，而列景帝紀於中，斟酌最爲盡善。”(錢大昕：《十駕齋養新錄》卷九)明洪武中懿文太子朱標，因早逝而未及繼位，建文元年(1399)追尊爲孝康皇帝，廟號興宗。成祖奪位後，廢其帝號廟號，複稱懿文太子。是雖曾有帝號，而未改元登極，故不入本紀，而入列傳，但其曾有帝號，亦爲史實，又與諸傳不同，特於后妃傳後，諸王傳前立傳。與之同列者，又有嘉靖皇帝之父，興獻王朱祐杬。嘉靖中興大禮議，特尊其父爲睿宗興獻皇帝，也屬僅有帝號而已。《明史》本紀不列興宗、睿宗，正與其以本紀爲敘述有明一代歷史之大綱有關。光宗即位於萬曆四十八年(1620)八月初一，死於同年九月初一，在位僅一月，未及改元，遂定以是年八月後爲泰昌元年。《光宗本紀》於是附於《神宗本紀》之後，未單立一卷，僅以數百字述過，不失爲大綱之作。
《明史》本紀雖以時間長短爲本，分卷記史，然而又不盡拘泥於此。太祖在位三十一年，本紀則佔三卷，因其爲開國之君。成祖在位二十二年，本紀則佔三卷，雖可稱因其奪位登極，事屬特殊，則已有輕重之分。英宗二卷，尚可因前後各有年號爲由，憲宗二十二年，亦佔二卷，世宗四十五年，神宗四十八年，同樣各佔二卷，莊烈帝十七年，亦佔二卷。可見諸人修史，頗以史事輕重敘述，此又符合其立綱之體。總的來看，《明史》本紀，分帝而述，編年記事，又不失爲一個整體，筆墨雖少，卻完整明瞭，輕重適宜。《明史》本紀中一大令人遺憾之處是未能給南明諸帝立紀，這是清初政治形勢所決定的。清朝官修史書，不僅不可能給南明諸帝立紀，甚至於列傳中亦不立傳。清初私家修史，妄談及此，則也難免於“文字獄”之禍。
