第一種說法，大多見於清朝史籍中。對於這位清太祖之死，衆多史籍無一例外皆是說他身患重病，最後不治身亡。努爾哈赤在與袁崇煥戰鬥的寧遠之戰中，敗給了袁崇煥，心裏鬱郁不憤。又因爲常年征戰，年邁體衰，鞍馬勞頓，積勞成疾。那年7月，努爾哈赤身患毒疽，前往清河湯泉療養。8月病情突然加重。與前來迎接的大妃阿巴亥相見後，行至離瀋陽40裏的地方死去。
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第二種說法，就大多是明史和其他國家的歷史資料上的記載了。明人張岱的《石匱書後集·袁崇煥列傳》中記載，紅衣大炮打死敵人不計其數，還擊中了“黃龍幕”，傷一“裨王”。敵軍認爲出師不利，用皮革裹着屍體，一路號哭着撤退了。一些學者分析，這個“黃龍幕”和“裨王”很有可能就是努爾哈赤。
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再加上金兵哭號，若只是一小首領，也不至於全軍氣勢下降，立即撤退。至於爲什麼清朝記載的死亡時間和明朝記載的死亡時間不一樣，很有可能是爲了軍心不散。這是古代皇帝和大將常用的手段，若是龍頭死亡，會對全軍有很大的影響。因此努爾哈赤的兒子和部下們，決定對努爾哈赤的死祕而不發，只對外稱得了重病，力保軍心不散。
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至於其他死因還有很多，一說努爾哈赤中了明軍大炮後，在那個時候沒有抗生素，最後因爲感染病菌，最後病死了。還有說是被袁崇煥氣死的，說努爾哈赤兵敗後，袁崇煥曾派使者給努爾哈赤送信。
信中所寫，大意就是你一個征戰四方的老將，最後卻敗於我這個小子之手，盡顯嘲諷之意。努爾哈赤看後，極爲憤怒，最後鬱郁而亡。不管努爾哈赤是怎麼死的，總之他還沒有滅掉明朝，完成自己的大願，就在自己68歲的時候死了。想來他死的時候，怎麼也會有那麼一點不甘心吧!
