《元史》的版本很多，最早的是洪武刻本，洪武三年(1370)秋七月《元史》修成，十月便已“鏤版訖功”。嘉靖初年，南京國子監編刊二十一史，其中《元史》用的是洪武舊版，損壞的版面加以補刊，一般版心有嘉靖八、九、十年補刊字樣，是爲南監本。萬曆二十四年(1596)至三十四年(1606)，北京國子監重刻二十一史，《元史》也在其中，是爲北監本。
清朝乾隆四年(1739)武英殿又仿北監本重刻《元史》，是爲殿本。乾隆四十六年(1781)，對遼、金、元三史的譯名進行了謬誤百出的妄改，挖改了殿本的木版，重新印刷，通稱乾隆四十六年本，這個版本是《元史》最差版本之一。道光四年(1824)，又對《元史》作了進一步的改動，重新刊刻，是爲道光本。以後還有各種翻刻重印的版本，通常爲治元史者所不取。
1935年，商務印書館以99卷洪武本和南監本合配在一起影印出版，是爲百衲本，此在通行各本中最接近於洪武本的原貌，爲治元史的中外學者沿用了四十餘年，但其中有描修的錯誤。1976年4月，中華書局出版點校本，以百衲本爲底本，校對了北京圖書館藏原書、北京大學圖書館藏一百四十四卷殘洪武本及其他版本，還吸收了前人對《元史》校勘的成果，並利用了大量的原始資料，校正了有關史文，這是目前最好的版本。
