清朝入主中原後，順治二年(1645年)四月癸亥(十一日)，御史趙繼鼎奏請纂修《明史》(注：趙繼鼎奏請纂修《明史》的記載，見於《清世祖實錄》卷15，何冠彪《順治朝〈明史〉編纂考》一文首揭此事。但清廷何時決議纂修，尚無確切史料證實。
清代官書中亦不見有關纂修《明史》的詔令，《清世祖實錄》中僅見幾位總裁於順治二年五月癸未的上奏，其中言，“臣等欽奉聖諭，總裁《明史》”，並提出副總裁及纂修人員名單。這種“欽奉聖諭”，很可能僅是早朝時的口頭指示而已。以往論著稱順治二年五月“詔修《明史》”，表述確實有所不當，準確言之爲：順治二年五月，清廷組成《明史》的纂修人員。)，得到了清廷認可。
其後，大學士馮銓、李建泰、范文程、剛林、祁充格爲總裁，操辦此事。是年五月，由總裁提名副總裁和纂修官，並設收掌官七員，滿字謄錄十員，漢字謄錄三十六員， 揭開了清朝官方纂修《明史》的序幕。康熙四年(公元1665年)，重開明史館，因纂修《清世祖實錄》而停止。康熙十八年(公元1679年)，以徐元文爲監修，開始纂修明史。
於乾隆四年(公元1739年)最後定稿，進呈刊刻。《明史》是我國歷史上官修史書中纂修時間最長的一部。如果從清順治二年(1645年)開設明史館起，到乾隆四年(1739年)正式由史官向皇帝進呈，前後歷時九十四年。假如從康熙十八年(1679年)正式組織班子編寫起至呈稿止，爲時也有整整六十年之久。
