明朝在平定雲南之後就根據雲南少數民族的特點，在廣大少數民族地區實行土司制度，並不斷的使之完善。可是隨着社會的不斷髮展和進步，土司制度的弊端越來越明顯，已經不再適合邊疆少數民族地區的發展和中央的統治了。它雖然在歷史上起過有益的作用，但是本身這一制度就有不少的弊端。
土司統治下，土司世官其土，世有其民，對所屬人民有生殺予奪的權力，“主僕之分，百世不移”。土司統治下，人民生活艱難，同時也嚴重的阻礙了社會經濟的發展。土司之間，土司內部也時常鬥爭，相互搶劫村寨，濫殺無辜，使人民遭殃，影響了邊疆的穩定。土司擁有自己的武裝，他們利用自己的兵丁鎮壓當地人民，抗命朝廷，叛亂不絕。土司制度的長期存在，不利於國家的統一。隨着歷史的發展，土司制度的落後性與弊端日益突出。廢除土司制度已成爲歷史發展的必然。
於是，在明朝末年的時候，在一些條件比較成熟的地方首先就廢除了土司，改以流官取代土官，實行改土歸流。
但是，有目的、有計劃的大規模的改土歸流主要是發生在清代雍正年間，主持西南改土歸流的是雲貴總督鄂爾泰。鄂爾泰認爲土司制度是西南邊疆的最大隱患，必須儘早儘快解決。只有將橫暴桀驁的土司逐漸擒拿，在其統治地區逐漸改設流官，纔是治本的方法。否則是不能解決西南邊疆的穩定和安寧的。鄂爾泰的改土歸流主要以政治手段即招撫爲主，在一些地區也通過武力強制實行改土貴流。
經過雍正年間的改土歸流後，雲南境內的土司所剩已不多，剩餘土司中的大部分一直延續到20世紀50年代。改土歸流後，清政府在原土司領地分別設置府、州、廳、縣，委派有任期、非世襲的流官進行直接統治，實行和內地一樣的各項制度，如設立保甲、編制戶口、丈量土地、釐定租稅、清查錢糧、建立學校、推廣儒學等。這不但促進了西南地區社會經濟的發展和文化教育的進步，也大大加強了清王朝在雲南的統治，使雲南邊疆與內地在政體上統一，進一步鞏固了多民族國家的統一。
