慈禧和慈安都是咸豐的妃子，而慈安是皇后，慈禧是太子的母親。咸豐死後，她們倆都被尊爲皇太后。慈禧爲西太后，慈安 爲東太后，她們倆是咸豐的正室與側室的關係。
一段清末史，留下了“兩宮太后”之間諸多的疑案。由於最終清末政壇“女主”慈禧當權，西太后慈禧和正宮太后慈安的關係，便被前者搗成了一潭渾水，使後人難於從中看出真相。在這段其實清晰而被搗成的“渾水”中，後人至少可以得出兩個結論：一，忘記這段兩宮太后關係史，不論過程是非，只論結果成敗，是搗成“渾水”者慈禧的主旨;二，是慈禧，纔在這段歷史的渾水中摸到了魚。尤其是，在時人筆記對慈安“長厚”、“溫和”的讚美詞中，另一撥人透過這種讚美看到了人性的劣根，便是對“摸魚”者的妒忌。這更使得這段“水”愈發渾濁而“深如海”了。
史筆關於慈禧與正宮慈安的第一次矛盾衝突記載，是“蘭貴人”(後來慈禧)入宮得寵之際。有一段時間，咸豐皇帝表現得像《長恨歌》所謂那樣：春宵苦短日高起，從此君王不早朝。皇宮“祖宗之法”規定，但凡皇帝每夜“臨幸”某妃，都由太監將名冊一式二份，一式由內監“敬事房”收錄，一式交於正宮皇后。皇帝也難。皇帝不上朝的消息經由太監傳到了正宮慈安耳中，慈安便手持“祖訓”前往干預。待咸豐皇帝前腳走，慈安便把“蘭貴人”喚至皇后行使權力的坤寧宮，命令哭哭啼啼的“蘭貴人”下跪，宣示她不守“婦道”。正欲家法從事，人走心在的咸豐皇帝匆匆走了進來，大呼“請皇后免責，蘭兒已有娠矣”。慈安聽到此言，連忙下座說：“帝胡不早言，吾之杖伊，遵祖制也，受杖墮娠，失祖訓矣。皇上春秋雖盛，儲宮未備，吾安可守一訓，而失列祖列宗之遺意哉?”(引自許指嚴《十葉野聞》)皇上造人計劃，關乎國運千秋大業，朝政此時彼時，何足道哉?
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史筆明確記載的“兩宮”第二次衝突，發生在光緒六年(1880年)的咸豐皇帝東陵祭祀儀式上。中國人都知道，祭祀儀式都有一定的規矩。在那個時代，尤其對於皇家來說，它幾乎超越了“國法”。咸豐皇帝死前，西宮太后慈禧不過是“懿貴妃”，咸豐死後才升爲“西太后”。就是說，如果此時咸豐皇帝九泉下有知，他還不認識這個“西太后”呢。祭祀開始，慈安堅持按咸豐帝生前規矩，慈安居前，旁邊空位留給先於咸豐帝死去的那位“正後”，而慈禧稍居下位。對此，慈禧據理力爭，兩宮太后並坐“垂簾”已久，還提這種陳芝麻爛穀子的所謂規矩，是對現實西太后的侮辱，叫她何能“母儀天下”?最終儀式依就了慈禧意願。史筆記載，這次在皇家祭祀公開場合中的爭執，使得西后對正宮東太后尤爲“銜恨”。
兩宮的第三次爭執，要算因剛得寵的李蓮英而引起。史述清末李蓮英小心謹慎、低調做人、左右逢源，但早期的他並非如此。某日慈安坐轎經過宮中某殿，李蓮英正與某小太監玩摜跤比賽。深知“兩宮”權力高低的李蓮英對東宮慈安的轎子視而不見，仍然擋於道中玩興正濃。在慈安的呼斥下，李蓮英才退於路邊跪下，一臉滿不在乎的樣子。史筆說，慈安欲對李蓮英行使“杖責”，竟有後宮中人爲其“緩頰”說情。看來，西宮慈禧能力和權力大於正宮慈安，已是後宮之中爲人所共知的事實，不是慈安遺留的正宮地位所能決定的。史筆甚至評論，就連恭親王，也由於知道慈禧與慈安有矛盾，不敢效忠於慈安，而是恭順於慈禧。可見慈禧當時的霸權人氣。氣呼呼的慈安改道去見慈禧，說：儘管李蓮英有一點才能，也不過是一太監，應受祖訓限制，對兩宮太后一律敬畏，你怎麼可以放任他，讓他只知有西宮、不知有東宮?慈禧反詰說：李蓮英不過是一個奴才罷了，太后要杖他殺他，就像對待一隻豬一隻羊，我怎麼可以庇護?對他要怎麼樣就怎麼樣，何必來責備我?慈禧很會說理。
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史筆所載的兩宮太后第四次衝突，更具詭祕性，與它連在一起的，是慈安“暴卒”。由於它涉及數千年中國主流文化發展成爲的“道德”大是大非問題，歷來道仕們寧願披之以“衣冠”而成爲道貌岸然，而掩之以道祖所言“食色性也”，它掩蓋了真本人性而成爲“僞道”。處於主流道德說教下的慈禧，也不能不對她27歲開始寡居的人性慾望諱莫如深。這種諱莫如深，只在語言上而非在具體行動上——這是分裂式的行爲按本性而語言按“道德”的歷史現象。
史冊記載清楚，慈安暴死那年1881年，慈禧正生了一場持續很長一段時日的大病。當“暴死”這個消息剛傳出，清廷軍機處和總理衙門的那些官宦們還以爲慈禧死了呢。原來，慈禧在生病之際，“垂簾聽政”便由慈安一人獨當。慈安見識自在慈禧之下，凡對主政的恭親王有不放心的疑難問題，慈安便“就商”於病榻之上的慈禧。某日清早，慈安又帶着這種疑難問題去請教慈禧。由於時間尚早，外間太監未及通報，慈安進入，搖手示意宮女不要聲張。及至慈安踏入正殿，便聞到一股血腥味，步入寢室，只見慈禧橫臥榻上，邊上有一男子正爲她撫背捶腰。
關於這次慈禧生病，由於“正史”無確切記載，史述有很多爭議，有說正常生病，有說小產。至於“小產”的作俑者，史述也有爭議，有說戲子伶人，有說清末重臣榮祿。這些各自言之鑿鑿的“公婆說理”，使這種本來符合真性情、薄如窗紙的史實，成爲了“渾水”，成爲了“深如海”。不過，那位八國聯軍後進入皇宮、受過西式教育而思想比較開明、深得慈禧太后寵愛的“德齡公主”，從晚年慈禧對榮祿的情感不經意表露中，得出了一個結論：她比較傾信於那個男子是榮祿(有近代史學者從榮祿的升遷中尋找蛛絲馬跡)。當然，有感情和實際行爲可能不在同一人，也難說。
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史傳就在這次慈安發現之際，慈禧向正宮娘娘大談數十年姊妹情，大談兩人做女人難、做寡居女人更難、做寡居皇太后難上加難的苦難歷程，說得慈安眼淚稀里嘩啦，把咸豐帝臨終那份處置“懿貴妃”的手書出示給了“知錯能改”的慈禧。
慈禧一生善於製造懸念與懸案，她自己病重而別人“暴卒”的相似一幕還出現在她臨終。1908年11月，清廷官宦只知太后患重病，忽然傳出光緒帝死亡，使人疑竇叢生。“先傳太后危篤，初未聞帝病加劇，乃帝先崩，疑傳紛起”(金樑《光宣小傳》)。現代科技手段揭示，光緒死於砒霜中毒。
