監獄生涯
1945年10月8日，赫斯與其他戰犯一起被五花大綁，押到紐倫堡進行審判。1946年10月1日，赫斯被紐倫堡國際軍事法庭判處終身監禁。1947年7月，赫斯被轉移到西柏林的施潘道盟國軍事監獄，編爲第7號囚犯。隨着1966年10月施佩爾等人的釋放，作爲施潘道監獄僅存囚犯的赫斯成爲"世界上最孤獨的人"。施潘道監獄由蘇聯、美國、英國和法國各指派1名監獄長共同管理，各組織30名衛兵輪流看守。有關的經費全部由德意志聯邦共和國政府承擔。
從1960年10月到1984年，納稅人爲此共付出2650餘萬德國馬克。赫斯的監獄生活是有規律的：早晨7點醒來，起牀，洗漱，早餐，閱讀;散步，晚餐;大約在晚上22點，眼鏡被摘掉，同時熄燈。根據通信與探視條例，赫斯獲准閱讀指定的3份德文報紙，每月可由家人提供4本書籍作爲讀物，1978年起室內備有1臺電視機。不過，赫斯對外部世界的瞭解仍然是有限的。因爲赫斯不得收聽新聞廣播或收看有關當代歷史的節目，有關第三帝國、紐倫堡和施潘道的報刊與文章事先被刪剪。赫斯獲准每個星期與家人來往信件各一。篇幅均不得超過1300字，且來往信件均需經過監獄長檢查;每個月接受家人1名探視一次(12月份有兩次)，時間不得超過1個小時，且每次探視必須提前2個星期向獄方提出申請，由監獄長審覈批准或予以拒絕。沃爾夫·赫斯一家長期爲爭取釋放赫斯而努力，赫斯則聲稱自己不會請求寬恕，因爲“對我來說我的名譽比自由更爲重要”。
遇害身亡
爲了讓赫斯能夠在獄中“安享晚年”，各國政府還特別爲他在施潘道軍事監獄的花園裏蓋了一間小的避暑別墅。屋子裏的陳設很簡單：幾把椅子，一張桌子，一張用來睡覺的木質長凳還有一盞可供赫斯讀報紙的油燈。
每天都有專門的醫生和護士來給他做身體檢查。由於那時的赫斯已經是高齡了，醫生們還爲他制定了一個代碼爲“自相矛盾”的應急方案。也就是在赫斯病危或遇到不測之時，就會啓動這套方案，對他進行特別護理。
赫斯所在的施潘道監獄由二次世界大戰的戰勝國美、蘇、英、法四國士兵輪流看守。1987年8月是美國士兵的執勤月，這裏所有的一切都平靜如往昔。8月17日這一天，赫斯吃飯午飯之後，要求看守他的獄卒讓他到別墅外面呼吸呼吸新鮮空氣，但沒過一會兒便獨自進了他的小屋。然而大概在下午3點的時候，監獄警報突然拉響，“自相矛盾”應急方案也真的派上了用場。
在1997年底之時，施潘道監獄的前獄長尤金·伯德同俄羅斯新聞報記者和當年執行“自相矛盾”應急方案主要的護士阿卜杜拉赫進行了一次會面。
阿卜杜拉赫回憶說：“那天，我接到了提前安置好的應急電話，我的第一反應就是赫斯出事了。然後，我急忙奔向了施潘道監獄，那時的施潘道監獄門口已亂作一團。開始的時候，儘管看守的士兵都認識我，也知道我是經過授權可以自由進入那裏，但他們卻不讓我進去。經過一番爭執，他們終於把我放進去了，那時的我已經來不及同他們生氣，飛一般的向赫斯的別墅跑去。當我推開門時，發現看守赫斯的士兵約旦在赫斯身上按來按去，動作非常的奇怪，明顯那不是在爲赫斯做心臟按摩。於是，我急忙把約旦推開，但那時的赫斯已經停止了呼吸，只見一根繩子像一條蛇一樣緊緊地纏繞在他的脖子上面。作爲一名醫務工作者，只要病人有一線生機，我都不會放棄。所以，我把繩子從赫斯脖子上解開之後，一邊按照‘自相矛盾’應急方案對他進行搶救，一邊喊身旁的約旦來幫我。但是他站在那裏一動也不動，只是向我喊道：‘沒有用了，這個老鬼已經完了’。結果，‘自相矛盾’應急方案以失敗而告終。沒過一會兒，赫斯的屍體便被人擡到了英國軍事醫院。”
1987年8月17日晚間，一份官方聲明震驚了整個世界：魯道夫·沃爾特·理查德·赫斯用一根電纜線在獄中自縊身死，終年93歲。 消息傳出之後，赫斯的兒子立即打來電話詢問內情。施潘道監獄的前獄長尤金-伯德便把他請到了施潘道監獄的辦公室，告訴他到底這裏發生了什麼事。調查人員稱，當赫斯散完步之後，便獨自進了他的小別墅。進屋之前，他告訴士兵約旦不要跟着進來，他要小睡一會兒。守衛他的約旦在外面呆了大概有半個小時，突然覺得事情不妙，於是急忙推開房門。沒想到映入他眼簾的竟然是這番景象：只見一根電纜繩掛在一個窗子上，赫斯把頭伸到裏面上吊自殺了。
死亡真相
官方宣稱：1987年8月17日，赫斯在於柏林施潘道軍事監獄內的小別墅上吊自殺身亡，享年93歲。不過當時赫斯的脖子上有繩索多次纏繞過的跡象，勒痕呈平行狀，因此有不少人認爲赫斯的死並不單純。
赫斯死後，他的家人便要求律師讓施潘道監獄將所有赫斯的私人物品交出來，其中包括赫斯的筆記本。然而，施潘道監獄和赫斯呆過的小別墅早已被夷爲平地，赫斯所有的私人物品也跟着消失的無影無蹤。據當時掌權的部門稱，他們是爲了防止納粹勢力餘孽藉機興風作浪才把它們拆除的，赫斯的家人可以帶走赫斯的屍體。
在對赫斯進行公開驗屍時，英國法醫詹姆士·卡梅隆證實了赫斯用電纜上吊自殺的說法。阿卜杜拉赫說：“這是絕對是一個謊言，因爲我看見電纜繩當時仍然連在插座上面，赫斯脖子上的那根繩子絕對是別人從外面帶來的。”而赫斯的家人怎麼也不能接受這個現實。當赫斯的兒子強烈要求要對赫斯進行第二次驗屍的時候，於是赫斯的屍體被運到了慕尼黑。慕尼黑法醫學院在1987年8月21日對赫斯進行了第二次驗屍。專家發現：死者脖子上有繩索多次纏繞過的跡象，勒痕呈平行狀，沒有任何自殺痕跡，實屬謀殺。而赫斯的兒子沃爾夫-赫斯也說：“我對第二次的驗屍結果深信不疑。因爲這年，父親可能被特赦出獄。在1987年春天的時候，父親曾告訴我：“蘇聯人準備放我出去，但英國人卻準備殺死我。”的確，多年來，國際社會一直呼籲四國政府以人道主義精神將赫斯釋放，但都遭到了蘇聯的反對。但是，1985年蘇聯新領導人戈爾巴喬夫上臺之後，莫斯科放出消息稱他們可能會將赫斯釋放。接着在1987年4月，德國的各大報紙紛紛報道稱，戈爾巴喬夫已經正式承認，赫斯即將迎來自由的人生。
在赫斯死亡之謎的調查上絕對有很多的顧忌。赫斯，作爲一個納粹的創始人，在德國右翼分子當中的影響力非比尋常。1946年9月下旬，法庭繼續對赫斯進行審訊。當赫斯否認自己有罪時，一位美國律師站起來，展示了一張納粹組織的系統表，這張表表明：希特勒的指定接班人首先是赫斯，然後纔是戈林。
報道稱，即使赫斯當時真的萬念俱灰，根本不可能將自己吊死。因爲當時的他已患有軟骨病，根本就是一個手無縛雞之力的人，甚至連扣衣釦、繫鞋帶都要別人幫忙。所以，這樣的人怎樣怎麼可能拉斷一根粗長的電纜，再把它打結，把它套到自己的脖子裏去呢?慕尼黑法醫學院的病理學教授沃爾夫岡·史潘曾說：“如果死者是上吊死亡的，那麼繩子在拉緊之後，脖子上的勒痕的方向一定是朝上的，但我們發現死者脖子上的勒痕卻呈平行狀。我敢打賭，死者決不是因自殺而死亡。”
赫斯被關押了長達42年之久(1945年5月—1987年8月17日)，他是關押時間最長，也是級別最高的發動第二次世界大戰的納粹戰犯。
飛英之謎
赫斯單獨駕機飛英之謎的真相究竟如何，人們很可能要到英國檔案公佈於世之後才能知曉。然而，英國封存的審訊赫斯的有關檔案，至今未對外開放。
相關書籍
有關赫斯的主要英文出版物有：里斯編《魯道夫·赫斯事件》，詹姆斯·利瑟著《魯道夫·赫斯：未被邀請的使者》，約瑟夫·赫頓著《赫斯其人及其使命》，道格拉斯·漢密爾頓著《使命的動機：赫斯飛英的內幕故事》，尤金·伯德著《世界上最孤獨的人》和沃爾夫·赫斯著《我的父親魯道夫·赫斯》等。
