司馬遷的史記中認爲秦始皇並不是秦莊襄王的親生兒子，而是呂不韋的。後來的史家也都沿用這個說法(例如司馬光《資治通鑑》)。到明朝時，有幾位學者對此表示懷疑，認爲這或者是呂不韋編造出來保護自己的，或者是秦始皇的仇家捏造出來泄憤的。現代的史學家有的認爲這個說法不可信，有的認爲司馬遷的記述不可能空穴來風，於是秦始皇生父是誰，就成了一個謎。
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據《史記·呂不韋列傳》記載，秦始皇的母親趙姬原是呂不韋的姬妾，呂不韋出於政治目的將已懷孕的趙姬獻給異人(即秦莊襄王)，後來趙姬至大期生子名政。
《史記·秦始皇本紀》記載，“秦始皇帝者，秦莊襄王子也。莊襄王爲秦質子於趙，見呂不韋姬，悅而取之，生始皇。”作爲一個並不受寵愛的質子的兒子，趙政少年時期是在趙國都城邯鄲度過的，此時異人經呂不韋從中斡旋已然回到秦國，並認華陽夫人爲母，經過多次政治鬥爭終於獲得了華陽信任，呂不韋又花費大量精力與金錢將趙姬母子接回秦國，從此趙政開始了他在秦王宮裏的政治生涯。
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對於秦始皇來說，最熟悉的女性莫過於母親了。在秦始皇4歲的時候，父親異人將他們母子作爲人質留在了趙國。母親趙姬曾是呂不韋的姬妾，所以“兩個父親”的傳言一直伴隨趙政的成長，再加上趙國人的唾棄、鄙視都讓年幼的秦始皇對母親—這個唯一可以依靠的人充滿了愛與恨的複雜感受。
秦蠃政當政做了始皇，理當是趙姬輝煌之時，可是嬴政正式行了冠禮後，他的母親帝太后趙姬卻被驅逐出咸陽，遷居到雍城軟禁至死。
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秦始皇殺死的趙姬與嫪毐生的那倆孩子具體年齡正史沒有記載，野史傳言小的還未滿歲，大的可能才5到8歲的樣子。
嫪毐本是受相邦呂不韋之託爲僞宦官入宮，與秦始皇之母太后趙姬私通，因而倍受寵信，被封爲長信侯，並自稱是秦王的“繼父”。後來因事情敗露，發動叛亂失敗而被秦始皇處以極刑，車裂而死。
