大凡一個王朝的開國功臣，或韜光養晦，安享晚年，或驕橫恣肆，最終被戮。然而，像劉基這樣進退維谷、左右爲難的，卻還是少見。朱元璋曾將劉基比作張良，於是就有人也將劉基與張良比較。明人廖道南就說，漢代大封功臣，張良僅要求封爲“留侯”就滿足了，然後專心於道術，明哲保身，傳說中還變成了神仙;而劉基卻沒有急流勇退，反而猶豫在朝，最終就像野雞投於網羅、野象因其象牙而遭殺身之禍。
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其實，在洪武元年(1368年)劉基被授予御史中丞職務的時候，他還是很有點意氣風發的。中書省都事李彬犯下貪縱之罪。李彬是丞相李善長的親戚。李善長請劉基緩治李彬之獄。劉基堅決主張查辦，並派人專程向遠在汴梁的朱元璋彙報。李善長卻在朱元璋面前搶先告了一狀，說劉基“專恣”。對於專制君主來說，臣下的專恣自是不可容忍。朱元璋對劉基的寵信開始打折扣了。接下來發生的一件事，劉基的方術似乎也不靈驗了。天大旱，劉基進言道：“陣亡士兵的妻室共有數萬之衆，居於別營，陰氣鬱結：工匠死後，屍骸未收;張士誠的降卒們都編入了軍戶。這三點有幹天和，所以發生旱災。”朱元璋採納了劉基的建議，妥加處理。誰料十天過後，依舊大旱。至此，劉基只得捲鋪蓋回老家。
但劉基畢竟是開國元勳，朱元璋沒有一下子做絕。僅僅三個月之後，劉基又被召回了京城。洪武三年(1370年)，朱元璋大封功臣。劉基被封爲誠意伯。微妙的是，此時的朱元璋對劉基不再是言聽計從了。例如，朱元璋對李善長不滿，想換楊憲、汪廣洋或胡惟庸爲相，諮詢劉基的意見。劉基據實情指出了各人的缺點，認爲三人都不宜爲相。然而，朱元璋後來卻將楊憲、汪廣洋、胡惟庸先後起用爲相。劉基所說的一番話，傳到三入耳朵裏，明擺着是得罪人。可見，劉基在明朝建國之後的生活，過得非常壓抑。
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劉基年輕時所寫的詩，抑揚頓挫，豪氣非常，使人讀了熱血沸騰。但功成名就後，他反而屢屢哀嘆窮病衰老，昔日的豪氣蕩然無存。設身處地一想，也很容易瞭解他的難言之隱。想當年他同朱元璋一塊起義，老謀深算，運籌帷幄，大策方略多是他一人策劃。那時如果分道揚鑣，收納一班豪傑，自己幹去，當日的宇中，真不知是誰的天下?可恨費盡了心血，都爲他人做了嫁衣。好容易造反成功了，大明帝國成立了，自己得到的是什麼?不過是一個誠意伯的虛頭銜，一些金玉粟帛的零星賞賜罷了。比之朱元璋的富有四海、南面而王、生殺予奪集於一身，何嘗不是天壤之別。加之，朱元璋猜忌好殺，屢興大獄，少者牽連幾千人，多者累萬。眼看着身邊的故朋舊友殺的殺，族的族，流的流，說不定哪一日就會殺到自己的頭上來!自己又是功高震主的人，走了不好，不走也不好。此中難言之痛，想來很少人能知道吧!
碰上朱元璋這樣的猜忌之主，歸鄉隱居，安享晚年，對劉基來說也成了奢望。劉基意識到自己直言敢諫得罪了許多人，因此想從官場及早抽身，回鄉過安逸清閒的生活，免遭不測之禍，多次上書請求告老回鄉。洪武四年，劉基回到故里。在鄉間，他謝絕一切官府往來，每日只是飲酒弈棋、讀書吟詩，從不談論過去功績。但他終究還是逃脫不了厄運。洪武六年(1373年)，胡惟庸出任丞相。他對劉基不薦舉自己爲相懷恨在心，於是在皇上面前誣陷劉基，說他在家鄉謀佔了一塊王氣之地作自己的墓地，圖謀不軌。朱元璋最忌諱的就是有人篡位，於是革掉了劉基的俸祿，準備嚴加查辦。
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老邁的劉基嚇得從家鄉星夜兼程來到南京，再不敢回家鄉，抑鬱驚恐成疾。胡惟庸派醫生診治。服過藥後，他卻覺腹中鬱結，估計也是遭了胡惟庸的毒手。一直到他病得實在不行，朱元璋才一紙賜文，送劉基回鄉。洪武八年(1375年)四月十六日，劉基卒於家中。據說，他死前遺命銼骨揚灰，恐是無稽之談。實際上他是被葬於其鄉夏山上。
後人有謁劉基墓詩，“臥龍名大終黃土”。再英武的謀略之士，終究逃不脫黃土一抔的命運;空留下曠世奇功、詩文美名和數不盡的神話傳說，供後人品味。
