西太后立既是侄兒又是外甥的德宗爲皇帝，讓他承繼成豐帝爲子，故稱自己爲“皇爸爸”，確立了母子關係。德宗大婚時，西太后把自己的內侄女指配給他做皇后。在光緒朝黨爭中，皇后自然站在“後黨”一邊。光緒帝對西太后硬塞給他的隆裕皇后從無好感，與寵妃珍妃卻恩愛甚篤。由於西太后專橫跋扈，隆裕後徒有中宮虛名，對西太后雖心懷不滿，卻無能爲力。作爲中宮皇后，她一方面不願意“帝黨”、徹底敗北，內心仍有同情光緒帝的一面(儘管得不到理解與認同)，另一方面，她在感情上不能接受德宗寵愛珍妃冷落自己的局面，這又導致她在政治上無法傾向“帝黨”，在感情上與德宗的裂痕日益擴大。政治因素與感情矛盾讓隆裕處在無力自拔的困境中，做了近二十年的空名皇后，卻沒能體驗到夫婦生活的甜蜜溫馨，最終成爲后妃制度與專制政治的犧牲品。
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清德宗與珍妃倒是摯愛真誠的。從即位到駕崩，光緒帝始終處於西太后的淫威之下，處境壓抑，心情憂鬱。珍妃美麗活潑，擅書畫，善弈棋，能拉會唱，在感情上給他以最大的慰藉。她會別出心裁地女扮男裝，以英俊的身姿等候光緒帝的召見，帶給他出其不意的愉快。光緒帝也經常打破一人獨食的清制慣例，與她在養心殿共餐。
對德宗與珍妃的恩愛勁兒，西太后在感情上與政治上都看不入眼。她認爲，皇帝之所以與皇后不和好，根源就在珍妃。如同對待阿魯特氏一樣，西太后對珍妃恨之入骨，千方百計找藉口治她。甲午戰爭爆發後，帝黨主戰，後黨主和。曾經珍妃推薦的文廷式與珍妃之兄志銳彈劾李鴻章等後黨主和大臣，西太后爲了打擊帝黨，親自追究珍妃與文廷式是否有師生之誼，並以珍妃串通奏事房太監賣官鬻爵的罪名懲治她。
西太后命太監用竹鞭貴打珍妃，又讓光緒帝當場下旨將她降黜爲貴人。在清宮中，除非做出下賤事兒，即便責罰宮女，也不能打臉，而西太后卻讓隆裕皇后掌珍妃的嘴巴，來侮辱打擊她。隨後，她下令將珍妃羈禁別室，禁室外還掛上一塊禁牌，上寫：“光緒二十年十一月初一日，奉皇太后懿旨，皇后有統轄六宮之責，俟有妃嬪等如不遵家法，在皇帝前干預國政，顛倒是非，着皇后嚴加訪查，據實陳奏，從重懲辦，決不寬貸，欽此。”其後，西太后又濫施淫威，杖死珍妃位下太監六十餘人。
次年，珍妃恢復原來的名位。戊戌變法時，她積極支持光緒帝變法，百日政變後再次囚禁在紫禁城北三所，與光緒帝隔離開來。她穿着戴罪妃嬪的服飾，囚拘的屋子只有一扇窗戶，吃飯、洗臉都由太監傳遞進去。據一個晚清宮女回憶：
最苦的是遇到節日、忌日、初一、十五，老太監還要奉旨申斥，就是由老太監代表老太后，列數珍妃的罪過，指着鼻子、臉中斥，讓珍妃跪在地下敬聽。指定申斥是在吃午飯的時間舉行，申斥完了以後，珍妃必須向上叩首謝恩。這是最嚴厲的宗法了
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珍妃度過了兩年囚禁生活，其時八國聯軍進逼北京，西太后唯恐光緒帝在列強支持下取代自己的統治，決定挾持其西逃。臨行前，後宮妃嬪都來請安，珍妃也從囚所帶到了現場低頭跪着聽訓。西太后冷冷說：“洋人快進城了，兵荒馬亂，在這裏萬一受到污辱，丟了皇帝的體面，可就對不住祖宗了。我們要避一避，你年輕，帶你一塊兒走不方便。”這純粹是託詞，珍妃姐姐瑾妃只比妹妹年長二歲，也隨同西逃。
珍妃說：“老祖宗可以離京暫避。皇上應該坐鎮京師，力挽危局!”
西太后臉一沉，冷笑着搶白道：“你死在眼前還胡主張什麼?”說着，指指院中那口井說：“賜你一死，下去吧!”
珍妃說：“我沒有應死之罪!”
西太后說：“不管你有罪沒罪，都得死!”
珍妃說：“我要見皇上，皇上沒讓我死。”光緒帝也在一旁戰粟地跪下哀求。
西太后大怒道：“起來，這不是講情的時候。讓她就死罪。也好懲戒不孝的孩子們。還讓那鴟梟看看，他到羽毛豐滿時，就啄他母親的眼睛。”
這時，珍妃知道，即便鍾愛她的皇上也救不了她的命，就跪在西太后面前不斷哀告：“皇爸爸，皇爸爸，饒恕奴才吧……”
西太后氣狠狠地呼喝道：“你死去吧!”大太監崔玉貴挪開井蓋，幸災樂禍地對珍妃說：“請主兒遵旨吧!”
珍妃又轉向西太后最寵幸的李蓮英連聲呼喚：“李安達!李安達!”安達是對太監的尊稱。她還指望李蓮英能在西太后面前說一句話，留下她的性命。李蓮英卻冷冷地向那口井一揚臉，意思說：你就快點死吧，不能爲你一人，誤了大家逃命。
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這時，西太后禁不住了，疾呼道：“把她扔下去吧!”於是，崔玉貴連挾帶推，把珍妃拉向井邊。在掙扎着被扔下井中的最後瞬間，珍妃哭喊道：“皇上，來世再報恩啦!”
一年多後，西太后與光緒帝回京，珍妃的屍體才被打撈上來。爲了洗刷自己沾上珍妃之死的血污，西太后一方面假惺惺發佈懿旨，聲稱“倉猝之中，珍妃扈從不及，即於宮內殉難”;另一方面指責崔玉貴逞能，把她一時的氣話當做懿旨去執行了，聲稱一見到他就生氣傷心，故作姿態地將其貶責。
在中國古代家族關係中，惡姑孽婦的故事傳說並不少見，然而，多虐待而罕虐殺。在兩宮關係中，像賈皇后與西太后，或是以媳殺姑，或是以姑殺媳，堪稱喪心病狂，這與她們自身人性滅絕固然有關，但她們何以敢於如此有恃無恐呢?歸根結底，還是君主后妃製造成了家庭婚姻與國家政制的一體化，兩宮中任何一方，誰控制了皇帝，誰就可以攫取國家最高權力——君權，可以爲所欲爲，而她們中的某些人一旦天良喪盡，人性泯滅，便會倚恃這種權力，向對方施行最極端的報復，家庭姑婦的人倫矛盾不僅會引起君主統治的政局動盪，甚至通過國家政權的暴力手段來做出最終的解決。
