這個問題要分時間段，在二十歲之前，趙構肯定是生理正常的，一共生了五個女兒和一個兒子。不過在靖康之變中，五個女兒都被金兵擄掠到北方，其中三個女兒在途中夭折，另外兩個女兒到了北方後都進了浣衣院供金人蹂躪。
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趙構唯一的兒子趙旉出生在1127年。後來南宋爆發了苗劉兵變，剛剛三歲的小皇子趙旉被推舉當了一個月的皇帝，隨後再度“讓位”給他老爹趙構。但是趙旉在這次兵變中受的驚嚇不淺，不久就生病了。當年七月，趙旉隨趙構來到建康(南京)，一天，伺候的宮女不小心踢倒了宮裏的爐子，發出巨大的響聲，小孩聽到後嚎哭不止，病情加重，當月就死了。
從此以後，趙構儘管也非常勤奮的在後宮耕耘，但是後宮衆多佳麗再也沒有爲他生過孩子。正史上沒有記載趙構無後的具體原因，但是民間野史就開始到處風傳趙構是因爲被金兵追擊受到驚嚇，以致患上不可言說的疾病造成無後。
流傳最廣的是《朝野遺記》，上面記載“外傳北風極勁，而汪、黃傲然謂無事，故上每不知虞。比江都宮中方有所御宰，而張浚告變者遽至，矍然驚惕，遂病董腐。故明受殂後，後宮皆不孕。”意思是金兵來勢洶洶，可是大臣們都報喜不報憂，以至於有一天，趙構正在跟嬪妃卿卿我我的時候，張浚突然跑來報告金兵殺到的消息，趙構當場嚇得癱軟，從此就落下了病根。
當然野史可信度比較低，但是正史不會明說這種事，但是還是可以從正史中做個推測。
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就在趙旉死後不久，趙構就在宗室裏挑了兩個孩子趙伯琮和趙伯玖作爲自己的養子，這在歷史上是罕見的，要知道趙構在收養趙伯琮時剛剛26歲，身體正是強健的時候，這麼年輕就急着過繼養子，很可能是他自己已經意識到真的那個方面不行了，因此要早作打算。
另外，趙構的生理毛病很可能朝中大臣也是知道的。紹興七年，岳飛就曾經向趙構進言，請求他立趙伯琮爲太子。當然岳飛說的理由是冠冕堂皇的，他說北方的金國正準備迎立宋欽宗的太子，希望皇帝早立太子，避免引起混亂。
不僅是岳飛，宰相趙鼎、大將張浚也分別向皇帝提出過及早立儲的建議。但是趙構不爲所動，兩個孩子只是養在宮裏，並沒有給予太子的名分。可能他覺得自己才三十出頭，有的是時間，假如病能治好呢。
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當然趙構對自己的毛病還是採取了積極治療的態度，《建炎以來系年要錄》記載，他找了個醫生叫王繼先，據說這個人醫術高明，趙構一度看到希望，甚至因此爲他升官。他親口說：“朕頃冒海氣，繼先診視有奇效。可特書讀。”有人推測，冒海氣是趙構隱晦的說法，將自己的疾病說成在海上受了溼氣。
但是不管趙構如何努力診治，他最終還是沒有再擁有親生子女。1162年，56歲的趙構徹底死心，他立趙伯琮爲太子，改名趙昚，並且將皇位禪讓給他，自己做了太上皇。
