耿仲明(?—1649年)，字雲臺，時人又呼爲“耿二”，清初三藩之一，生於遼東蓋州衛，崇禎初爲登州參將，毛文龍舊部。
袁崇煥督師薊遼，殺毛文龍，耿仲明被調隸山東巡撫孫元化麾下。崇禎五年(1632年)爲孔有德內應，攻陷登州，自稱總兵官。天聰七年(1633年)春，和孔有德一起渡海降後金。
崇德元年(1636年)被清朝封爲懷順王，隸漢軍正黃旗;順治元年(1644年)隨清兵入關後，鎮壓農民起義軍;順治六年(1649年)改封靖南王，與吳三桂、尚可喜合稱清初三藩，不久因爲私藏逃人，畏罪自縊於進軍廣東途中的江西吉安。
早年從軍
耿仲明是清初的三藩之一，出生年不詳。早年就投降了後金，擔任千總。後率遼民投奔皮島，追隨明朝總兵毛文龍。耿仲明深得毛文龍重用，被倚爲心腹，收爲養孫，賜名有傑，累至參將，並掌管軍中財務。耿仲明身材高大，面色黝黑，手掌卻潔白如玉，他不僅驍勇善戰，在毛文龍軍中還以狡猾多智聞名。
崇禎二年(1629年)毛文龍死於袁崇煥之手後，耿仲明不服陳繼盛管轄，投奔孫元化，隨他去了山東登州，耿仲明都與孔有德在一起做事，孫元化以耿仲明爲中軍參將。
當時明朝總兵黃龍鎮守皮島，他有一個部將李梅，是耿仲明的黨羽，私自通洋。事情被揭發，黃龍將他打入大牢。耿仲明的弟弟都司耿仲裕在黃龍的軍隊裏，於崇禎四年(1631年)十月底率領所部軍隊以索要軍餉爲名，包圍了黃龍的衙門，把黃龍押到演武場，將其腿打斷並且割去耳鼻，並要殺掉他，因諸將勸阻而未遂。不久後，黃龍在尚可喜的幫助下恢復權力，捉到並殺了耿仲裕，並上疏請加罪於耿仲明;孫元化則彈劾黃龍貪污軍餉導致發生兵變。崇禎帝派人查覈耿仲明主使之狀。楊嗣昌後來表示此事實爲撫(孫元化)、鎮(黃龍)之間的利益衝突。
作亂登州
崇禎四年(1631年)閏十一月，孔有德等出兵抵禦後金，途中發動吳橋兵變，率領軍隊回到山東攻打登州。孔有德初欲求撫，孫元化主撫，命耿仲明去城外教場負責安撫，他們打算將城外教場居住的遼兵家眷移入城內，以便步兵居住，但登州士紳出於對遼人的歧視，拒絕遼人入城，據說還搜戮城中遼兵。於是耿仲明就糾集了很多遼東的同鄉作爲孔有德的內應，於翌年正月初三獻城。孔有德攻陷了登州之後，推舉孔有德爲元帥，孔有德接受了耿仲明等人的部署設置，稱總兵官。 同時耿仲明還殺死了登州城中的黃龍家眷。
此後孔有德等率軍攻打萊州，留耿仲明守護登州，耿仲明多次挫敗官軍進攻。天津的裨將孫應龍向別人自誇與耿仲明關係友善如同兄弟，能夠讓他捉拿孔有德來投降，天津巡撫鄭宗周信以爲真，於崇禎五年(1632年)四月派遣他率領二千人從海上前往離間耿、孔。耿仲明將計就計，假裝有了孔有德的首級，等到水城的城門開了之後，孫應龍進入城裏，耿仲明率軍殺出斬殺了孫應龍，圍殲了他的部衆，得到了明軍的大型戰船，並且組成了水師。
降金封王
明朝的官軍越發急迫的攻打登州，叛軍不支，崇禎六年(1633年)二月，孔有德、耿仲明等棄城逃海上，黃龍、周文鬱等率各路官軍窮追不捨。耿仲明因爲是後金逃將，起初不欲降金，而是“請修築南關、復金州自贖”，但因爲他和黃龍結怨太深，所以求撫失敗，唯有投奔後金一途。四月，孔有德和耿仲明等渡海來到遼東，歸降後金，後金大汗皇太極親率諸貝勒出盛京10裏迎接，並給予女真人最隆重的“抱見禮”，對待他們非常優厚，授予耿仲明總兵官的職務，並且稱呼他們帶來的軍隊爲“天佑兵”。
投降後金之後，耿仲明侵奪孔有德的部衆，於是他的部衆向孔有德訴說。於是孔有德彈劾耿仲明，耿仲明於是引咎，上書請求將自己侵奪孔有德的那些部衆歸還孔有德。皇太極下詔嘉獎孔有德，並且下令孔有德好好安撫耿仲明;也下令耿仲明善待安撫自己的部下，不要貪念以前的惡習。當日皇太極就召他們入宮並賜宴。
過了不久，皇太極又派人賜羊酒，並且下詔說：“我聽說諸位漢官和你們一起在教場競技射擊，所以今天設宴款待你們，是想讓你們爲國家效力。你們距離自己的家鄉遠，可以借這次賜宴作爲教場競技射擊的答謝。”不久皇太極就讓耿仲明和孔有德一起駐守遼陽。
崇德元年(1636年)四月，皇太極稱帝，改國號爲大清，封耿仲明爲懷順王，與另外兩名降將恭順王孔有德、智順王尚可喜合稱三順王。皇太極屢次出兵討伐明朝，以及攻打朝鮮的時候，耿仲明都跟隨着他。
崇德七年(1642年)八月，皇太極將漢軍(烏真超哈)分爲八旗，耿仲明隸屬於正黃旗。九月，耿仲明所部的甲喇額真石明雄彈劾耿仲明私自藏匿松山、杏山的人戶;有逃人被依法處決，耿仲明爲其收屍並且設置祭祀;接着他的部衆又出現妄殺無辜的現象，情況被查實之後，耿仲明被罰白金千兩。
崇德八年(1643年)十一月，甲喇額真宋國輔、潘孝和明雄等人設計謀殺耿仲明，耿仲明聽說了這件事，查實之後，斬殺了宋國輔等人。
征戰南方
順治元年(1644年)，耿仲明跟從睿親王多爾袞率軍入關，追擊李自成至望都而還;後來又跟從從豫親王多鐸向西進入陝西征討李自成的殘部，不久率軍南下平定江南，凱旋後受到豐厚賞賜，還鎮遼陽。
順治三年(1646年)，孔有德爲平南大將軍，率領大軍南征南明永曆政權，耿仲明、尚可喜率領部衆跟從孔有德南下。順治四年(1647年)，耿仲明與明將楊國棟在牛皮灘大戰，耿仲明大破楊國棟的軍隊;接連攻克衡州、祁陽、武岡等郡縣;擒獲了明將郭肇基。耿仲明等佔領湖南後，乘勝進攻廣西，卻在全州遭到南明何騰蛟、瞿式耜等人的迎頭痛擊，耿仲明退守永州。順治五年(1648年)，因全州守將唐文曜、王有成投降耿仲明，清軍進佔全州，與孔有德、尚可喜合軍直撲桂林，又被南明擊退。不久後，清廷命孔有德、耿仲明和尚可喜班師回京。
順治六年(1649年)，耿仲明改封爲靖南王，並賜給他金冊金印。
自縊身死
耿仲明自從歸降了清朝之後，多次跟從外出征戰，這些出征都和孔有德在一起，從未獨自出徵的時候。順治六年(1649年)開始耿仲明與孔有德分道出兵。孔有德南下攻打廣西，耿仲明與尚可喜征討廣東。耿仲明率領原有的兵馬二千五百人、新增兵七千五百人，合爲一萬人，以徐得功爲左翼總兵，連得成爲右翼總兵。就在耿仲明打算大顯身手、整軍出發的時候，刑部上奏耿仲明的部下梅勒章京陳紹宗等放縱自己的部下私自藏匿逃人，觸犯了逃人法，論罪應該被殺。
攝政王多爾袞於是詢問耿仲明，稽查私自藏匿逃人的隨徵將士。耿仲明查到了三百餘人，所以上書請罪，大臣們商議耿仲明應該被削去爵位，清廷說應該寬大處理，紹宗等人也免於死罪。然而，在順治六年(1649年)十一月，來不及知道清廷寬大之命的耿仲明走到江西吉安的時候自縊而死。另有說法是總督張存仁受清廷密令，設計逼耿仲明自殺。
耿仲明死後，多爾袞說他不是令終，不予賜祭，亦不允襲爵，到順治帝親政後才讓其子耿繼茂承襲爵位。
