早年
玄燁是順治帝福臨的第三子，母孝康章皇后佟佳氏時爲庶妃，順治帝生前沒有冊立太子。順治十八年，順治帝接受湯若望的建議，因玄燁出過天花具有免疫力而把他選爲繼承人，以遺詔的形式冊立玄燁爲皇太子。順治十八年正月玄燁即位時只有6歲(虛歲八歲)，次年正月(1662年2月)改元康熙。遺詔同時指派索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜四大臣輔政。
玄燁8歲喪父(存疑)，10歲喪母。母親重病時，玄燁“朝夕虔侍，親嘗湯藥，目不交睫，衣不解帶”;母親病故後，玄燁晝夜守靈，水米不進，哀哭不停。康熙後來回憶說，幼年在“父母膝下，未得一日承歡”。
智擒鰲拜
康熙六年(1667年)六月，首輔索尼病故。七月初七，十四歲的康熙帝正式親政，在太和殿受賀，赦天下。但親政僅十天後，鰲拜即擅殺同爲輔政大臣的蘇克薩哈，數天後與遏必隆一起進位一等公，實際政局並不受康熙帝直接掌控。
康熙八年(1669年)，康熙帝時常召集少年侍衛在宮中作撲擊之戲，不過在五月十六日(6月14日)，突然下令這些侍衛在鰲拜進見時將其逮捕。大臣商議鰲拜大罪三十條，請求誅其族，康熙帝念鰲拜功勞，赦死罪而拘禁，但誅殺了鰲拜的很多弟侄親隨及黨羽，不久鰲拜死於禁所。僅存的另一輔政大臣遏必隆因爲長期勾結鰲拜，被削去太師、一等公。康熙帝由此完全奪回朝廷大權，開始真正親政的階段。
平定三藩
康熙十二年(1673年)三月，以平南王尚可喜請求歸老遼東，但請求留其子之信繼續鎮守廣東爲引線，引發了是否撤藩的激烈爭論。最後康熙帝認爲“藩鎮久握重兵，勢成尾大，非國家利”，決定下令“撤藩”。
同年十一月，吳三桂在雲南發動叛亂，提出反清復明，並於次年派將率軍進攻湖南，攻陷常德、長沙、嶽州、澧州、衡州等地。他又派人四出散佈檄文，聲討清朝。廣西將軍孫延齡、四川巡撫羅森等許多地方大員紛紛反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短數月之內，滇、黔、湘、桂、閩、川六省丟失，一時間清帝國危在旦夕。隨後，陝西提督王輔臣、廣東尚之信等也相繼反叛，叛亂擴大到廣東、江西和陝西、甘肅等省。
康熙帝對策是堅決打擊吳三桂，決不給予妥協講和的機會;而對其他的叛變者則大開招撫之門，以此來分化叛軍，削弱吳三桂的羽翼，從而孤立吳三桂。在這個方針之下，康熙帝把湖南作爲軍事進攻的重點，命勒爾錦等統領大軍至荊州、武昌，正面抵住吳三桂，並進擊湖南，又命嶽樂由江西赴長沙，以夾攻湖南。此外，康熙帝又放手重用漢將漢兵作戰。
康熙十五年(1676年)，陝西王輔臣和福建耿精忠在清軍進攻下，先後投降。廣東的尚之信也於康熙十六年(1677年)投降。陝、閩、粵以及江西都先後平定。吳三桂侷促於湖南一隅之地，外援日削，而清軍已由江西進圍長沙，其失敗之勢已成。
康熙十七年(1678年)三月，吳三桂在衡州稱帝，國號周，大封諸將。未幾即憂憤成疾，於八月病死。吳三桂死後，其部將迎立其孫吳世璠繼位，退居雲貴。此後，清軍先後收復湖南、廣西和四川。
康熙二十一年(1681年)冬，清軍攻破昆明，吳世璠自殺。
