叔寶應命，躍馬負槍而進，必刺之萬衆之中，人馬辟易，太宗以是益重之，叔寶亦以此頗自矜尚。——《舊唐書·列傳·卷十八》
這是《舊唐書》中秦瓊戰場勇猛表現的評價。
秦瓊和程咬金
在唐太宗冊立凌煙閣二十四功臣時，胡國公秦瓊位於末位，位於盧國公程咬金和鄂國公尉遲恭之後。對於這樣一個排位，很多人認爲是因爲秦瓊沒有參加玄武門之變。在玄武門之變時，確實不見秦瓊的身影，那麼他到底去做什麼了呢?
玄武門之變時，李世民身邊的猛將有尉遲恭，程咬金，侯君集，屈突通，張士貴等人。這些人各個都以一當十，而李建成和李元吉着急入宮，只有兩人兩騎，陷入秦王重重包圍之中。在凌晨天剛矇矇亮的時候，李建成和李元吉進入玄武門，才發現了背後的秦王等人。
李元吉搭弓就要射李世民，可惜沒有射中，李世民擡弓就是一箭，射死了太子李建成。李元吉倉皇逃走，被尉遲恭追上，用弓箭勒死了李元吉。李建成和李元吉一死，李世民鬆了一口氣，認爲天下已經穩入手中。
尉遲恭
從上面的記錄，確實沒有出現秦瓊的身影，那麼秦瓊真的沒有參加玄武門之變嗎?有人說秦瓊雖然是秦王的部將，但是在儲君之爭中，一直保持着中立。秦瓊最受李淵器重，比如美良川之戰後，李淵就親賜秦瓊金瓶，在李唐諸將中唯有他一位。
在平定天下後，李淵又加封了秦瓊上柱國，又是李唐將士中第一位。有人分析，秦瓊感念李淵的欣賞，因此不肯背棄李淵，謀害李淵的兒子們。秦瓊選擇中立，在許多人看來，是真實的歷史。
玄武門之變
其實不然，秦瓊這時的身份，讓他不得不支持秦王。秦瓊這時擔任了秦王府右三統軍，可謂和李世民綁在一起，一榮俱榮，一損俱損。玄武門不見秦瓊的身影，並不代表秦瓊沒有參加玄武門之變，而是他另有大用。
李建成和李元吉被殺後不久，消息傳回太子府內，太子府府兵在薛萬徹的帶領下，準備解救李建成。薛萬徹是隋唐猛將，曾經跟隨羅藝征戰南北，立下赫赫戰功。此後，薛萬徹投入太子李建成麾下，爲李建成效力。
薛萬徹
李建成被困玄武門的消息，傳回太子府後，薛萬徹當即帶領太子府兵，趕往玄武門，在記載中：
“建成被誅，萬徹率宮兵戰於玄武門，鼓譟欲入秦府，將士大懼。”
薛萬徹文武雙全，一方面派兵攻打玄武門，另一方面派兵進攻秦王府。面對薛萬徹這樣的猛將，程咬金和尉遲恭都佔不到便宜，只得派遣秦王府武力第一的秦瓊，前去迎戰。秦瓊率領天策府將士，同薛萬徹展開激戰，最終阻擋了薛萬徹的進攻。
秦瓊抵禦薛萬徹
薛萬徹這時還認爲李建成還活着，認爲只要救出太子，一切還能挽回。李世民命令尉遲恭，割下李建成和李元吉的頭顱，展示給薛萬徹看。太子府兵一看太子已經被殺，軍心渙散，薛萬徹率部逃走。
在《舊唐書》關於長孫順德的記載中：
“武德九年，與秦叔寶等討建成餘黨於玄武門。”
這番記載，就是秦瓊參加玄武門之變的有力佐證，秦瓊參加了玄武門之變，而且立下了大功。尉遲恭和程咬金等人，只是幫助李世民，處置了手無縛雞之力的李建成和李元吉。而秦瓊面對的則是身經百戰的薛萬徹，面對訓練有素的太子府兵的進攻，秦瓊浴血拼殺。
此後，李淵將秦王李世民立爲太子，把國家的軍政大事，全部託付給太子。幾個月後，李淵禪位給太子李世民，當太上皇去了。歷史正式進入唐太宗時期，唐太宗登基後第一件事，就是論功行賞。
那麼這時秦瓊被封賞了何等官職呢?在記載中：
“及平隱、巢，功拜左武衛大將軍，實封七百戶。”
李世民封秦瓊爲左武衛大將軍，而尉遲恭位於秦瓊之下，被封爲右武衛大將軍。後來，秦瓊在凌煙閣二十四功臣中位居末位，不是因爲他沒有參加玄武門之變，而是他英年早逝了。貞觀十二年，秦瓊因爲戰傷復發，因病離世。
秦瓊的後半生，幾乎都在休養中度過，晚年沒有參加過戰鬥。而這時尉遲恭和程咬金，還都在爲國奮戰，程咬金曾經跟隨李世民出征高句麗，討伐西突厥。尉遲恭這時在鎮守鄜州，抵禦突厥的進攻，不久後又鎮守夏州，浴血拼殺。
可以說，秦瓊能夠位列凌煙閣二十四功臣，已經是李世民的恩賜了。如果秦瓊沒有參加玄武門之變，他就不可能位列凌煙閣二十四功臣。李世民感念秦瓊在唐朝建立，以及玄武門之變中抵禦薛萬徹的貢獻，才最終將其列入凌煙閣中。
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