清準戰爭，從康熙35年起到乾隆24年，歷經三個皇帝70多年的接力，最終勝利。
準噶爾汗國與中央政府的鬥爭追溯已久。準噶爾蒙古的前身是明朝的西蒙古部落“瓦剌”，1551年，瓦剌在首領也先的帶領下入侵明朝腹地，製造了著名的土木堡之變，俘虜明英宗，殲滅明朝精銳數十萬，如果不是于謙的果斷和勇武，說不定那時明朝皇帝就要遷都南京了。清朝建立後，這部分蒙古重新崛起，在首領葛爾丹的帶領下，在天山南北建立了準噶爾汗國。葛爾丹雄才大略，東征西討，統一了西蒙古各部，然後瞄準了東方的龐然大物。
乾隆十年，準噶爾汗國的首領葛爾丹策凌病逝，三個兒子爲了爭奪汗位大打出手，導致汗國四分五裂。乾隆洞曉這一切良久。
如果說乾隆是中國歷史上的偉大皇帝之一，那麼他在這一時刻做的決定絕對是最大加分項。分析局勢後，乾隆19年，他果斷決定次年出兵，剿滅準噶爾汗國。這一決定遭到了幾乎所有人的反對，因爲清準兩國已經20年無戰事，安享太平良久，大臣們紛紛在奏摺中寫“兵者不詳之器”，言行驚人一致。而且，清軍久無戰爭，軍力衰退，也無良將，沒有信心去打仗。
但是乾隆正值壯年，進取之心正盛，爲了完成爺爺和父親的囑託，他不顧朝堂反對，立刻動員國家機器。事後看來，乾隆二十年，確實是中原王朝掃平西部、統一中國的最好時機。因爲此時出戰，清準兩國國力差距巨大，沒有良將無所謂，軍隊怯懦也沒事，只要能夠動員出國家機器出兵，此戰必勝。就在這樣的形勢下，乾隆組織五萬人馬，出兵準噶爾。
這就是充滿鮮血的清滅準噶爾戰爭。消滅準噶爾後，天山南北終於盡入大清，乾隆欽賜這片原叫西域的地方爲‘新疆’，拼成了清朝最極盛的版圖。從那以後，新疆再也沒有分裂出去，即使在衰弱的清末和動盪的民國。新疆這片接近200萬平方公里的土地能夠納入中國版圖，要感謝乾隆皇帝的奮武。從康熙35年至今，兩國已經打了70年，準噶爾部屢敗屢戰，表現出了極其強悍的頑強精神。即使內亂，清朝也花費3年才得以平定，這支蒙古，相對於東部的喀爾喀蒙古簡直堅若磐石。如果加以時間，準噶爾汗國說不定又會死灰復燃，危機大清江山。
爲了徹底消除隱患，乾隆決定滅族，“總以嚴行剿殺爲要。”這一命令，不光針對戰爭征服的部落，連之前投降歸順的民衆都在其中。準噶爾汗國的和碩特部早在戰爭開始就歸順大清，首領沙克都爾曼吉帥本部4000多戶牧民投奔了清軍。清朝將軍雅兒哈善使用計策，屠滅了和碩特部。首領沙克都爾曼吉死的很慘，據說他喝醉之後脫光衣服呼呼大睡，清軍闖進來都沒醒，他的妻子從夢中驚醒，赤身裸體撲到丈夫身上爲他擋刀，兩人均被亂刀砍死。情況彙報給乾隆，乾隆不光沒有責怪，甚至嘉獎雅兒哈善“辦理甚屬奮往，着照軍功議敘。”
在乾隆的導演下，慘絕人寰的悲劇在天山南北拉開序幕。禍兮，福兮?
乾隆22年起，大清將軍城袞扎布、兆惠領兵7000，開始剿滅準噶爾諸部。沒有敵方軍事力量的阻礙，這支軍隊如打獵般，剿滅牧民和農民數萬。在滅絕平民的行動中，男丁一律處死，女人和孩子分給官兵爲奴，很多人在運回內地途中餓死病死。爲了從容滅絕準噶爾的人口，清軍頗費了一些心思。在地廣人稀之處，如果遇到蒙古人，當即就可殺掉;如果大批牧民來降，不要立刻剿殺，而是分批運往內地，再全部處死。直到乾隆23年以後，西蒙古諸部餘衆逃到山谷叢林之中，還是沒有逃脫屠殺，準噶爾汗國四部，除了杜爾伯特部投降的早，且一直沒有反叛，其餘三部幾乎全被殺掉。這次大屠殺的死亡總數字在估計百萬以上。
多年以後，龔自珍途徑準噶爾舊部，仍能看見“(廣闊區域)無一廬一帳，皆戰爭所滅”。這一殘酷的種族滅絕政策，給蒙古人帶來深重災難，卻讓中央政府牢牢把握住新疆這片廣大的區域。爲了填補空白的土地，從乾隆中期起，各地遷移人口到新疆，包括吉爾吉斯人，哈薩克人，柯爾克蒙古人甚至東北部的高麗人，從此新疆再無一支佔優勢的少數民族力量。
因此縱清一代，新疆再無強有力的反抗行爲，即使同治年間左宗棠平定新疆時，也不過是沙俄支持下的多股不同反抗勢力，因爲多民族之間並不融洽，比較輕易的就被中央政府各個擊破了。如果準噶爾蒙古沒有被滅族，在清後期衰落之際，新疆肯定會再次反叛，重建準噶爾帝國，而衰落的中央王朝能不能掌控這塊土地是個大大的未知數。而且對整個中華民族來說，這也是中國控制西域的最完美結局。從西漢開始，西域就是中央王朝的努力目標，但即便漢、唐、明三個大一統朝代，其中央政權也很難在西域立足，建立的都護府都沒有超過百年。直到乾隆滅絕了這片草原上最強悍的民族，才真正建立了穩定有力的統治。民國和新中國成立後，中央政府對新疆的掌握也非常牢固。這近200多萬平方公里的土地，能夠維持200多年的穩定控制，應該說很大部分歸功於乾隆時期對準噶爾蒙古的種族滅絕。
種族滅絕，是清(包括漢族)對一個民族的人類犯罪，但從現在的漢族統治角度來看，卻是萬年的功勳。
