有關建文帝蹤跡的探尋從來沒有停止過。600多年前，朱棣的軍隊攻入宮中，建文帝從此下落不明。同時明朝的史書中，對這段歷史的記載也是模模糊糊的。自此以後，有關他蹤跡的傳說就不斷出現，單單明末清初一本很著名的歷史書《罪惟錄》中就開列了23種說法。建文帝下落之謎一直是600多年來的一個歷史懸案。
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據有學者考證，朱允炆晚年化名詹碧雲，隱蹤在江西上饒玉山三清山任三清宮住持道士，在三清福地借修建道教宮觀爲掩護，巧妙修築了“明治山詹碧雲藏竹之所“的陵墓和其他相關石雕、楹聯、三清山石刻260餘處，留下了“風流建水翁承贊，樽酒論文千載同“、“方豪上“、“都俞脫生“、“壺市安井“等一系列可供考研的石刻隱逸文化密碼。
此外，在《明史·姚廣孝傳》和《胡濙傳》裏記載：明成祖朱棣當了皇帝后，對朱允炆自焚而死，也產生過懷疑，也有人告訴他那具燒焦的屍體是馬皇后的，朱允炆削髮爲僧外逃了。他就把朱允炆的主錄僧溥洽抓了起來關進監獄長達十餘年，逼他供出朱允炆下落。
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並派鄭和下西洋“欲尋蹤跡“，派戶科都給事中胡濙遍行郡、鄉、邑長達16年，搜尋朱允炆下落，一直到朱棣死前一年的一個晚上，他已睡下了，但聽說胡濙回來了，急忙穿上衣服，在臥室單獨召見。胡濙訪得朱允炆離開紫禁宮後，削髮爲僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南周遊避難，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江蘇吳縣普洛寺內，此後一心爲僧，無復國之意。近年徐作生也通過查閱大量文獻和實地考察後，指出：永樂二十一年(1423年)，朱允炆死於江蘇吳縣穹窿山，終年46歲，葬於皇駕庵後的小山坡上。
也有人指出，朱允炆自焚身亡是歷史真實，因爲當時燕軍兵臨城下，把紫禁宮團團圍住，朱允炆想逃也來不及了，更何況經考查也無鬼門、御溝逃路。朱允炆也深知他的四叔是個貪權無厭、殘暴無情的武夫，落在他手裏決無好下場，不如以死了之爲上策。燕王朱棣也絕不會讓朱允炆活下去，否則，他就不能當皇帝。朱棣爲了不留下“殺侄奪位“之臭名，苦心尋找朱允炆下落，留下了歷史疑案。
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綜上，朱棣在即位後，下令搜尋朱允炆，這是歷史事實。朱允炆的真正下落，至今仍是一個未揭開的歷史之謎。
有的學者認爲，朱允炆並沒有死，而是走了後門，到了山中去做了和尚，紅崖天書就是他寫下的。
