邊沁最重要的理論研究成就，就是建立了功利主義哲學體系。在出版於1776年的《政府片論》中，邊沁初步探討功利主義原理並將其應用於政府理論(頗爲巧合的是，就在這一年，經濟學家斯密出版了他最重要的經濟學著作《國富論》而歷史學家吉本出版了他最重要的歷史著作《羅馬帝國衰亡史》);1789年，邊沁出版了《道德和立法原理引論》，進一步探究了效用原理及幸福和痛苦的計算問題，構建起完善的功利主義理論體系。1823年，邊沁和哲學家、經濟學家詹姆斯.穆勒一起創見了“威斯敏斯特評論”，着力宣揚功利主義哲學。這份刊物後來主要由詹姆斯.穆勒的兒子約翰.斯圖亞特.穆勒主編和執筆，在一定意義上，是這份刊物塑造了作爲哲學家和經濟學家的約翰.穆勒。邊沁的功利主義觀念影響了詹姆斯.穆勒，而詹姆斯.穆勒又影響了作爲著名經濟學家的大衛.李嘉圖，所以邊沁可以自吹自擂，“我是詹姆斯穆勒精神上的父親，而詹姆斯.穆勒是大衛.李嘉圖精神上的父親，所以，李嘉圖是我精神上的孫子。”
邊沁還有一項經濟學研究成就，那就是1787年的《爲高利貸辯解》。這是一封寫給亞當.斯密的長信，核心內容是對斯密提出的利率控制的思想進行批判。斯密在《國富論》中提出對利率加以限制，目的是防止逆向選擇帶來的風險以及保護借貸關係中處於弱勢一方的利益。邊沁則從鼓勵和保護創業投資的角度出發對限制高利貸利率的主張進行了批判。他認爲利率控制將會扼殺創業投資，進而抑制任何形式投資事業。斯密的觀念有些保守，尤其是其保護弱者利益的觀念，按照孟德斯鳩的解釋，試圖控制利率以保護弱者的實際後果反而是損害了弱者的利益。邊沁的觀點顯得有些激進，但可能比較務實;這種觀念甚至有二十世紀的熊彼特企業家及創新思想的某些意味。
二.功利主義原理
關於人的行爲動機的界定，邊沁之前最有影響的應該是約翰.洛克(1632—1704)的苦樂主義或者享樂主義。享樂主義認爲，人的行爲動機就是追求幸福和避免痛苦，就是追求幸福的最大化。一般來說，幸福或者痛苦都是主觀感受，而每一個個體是自身幸福或者痛苦唯一的感受者和評價者。因此，個體行爲動機上享樂主義的主張者同時也是自由主義者。就政治傾向而言，邊沁一方面表現爲一個個人主義者和自由主義者，但對其思想的深刻解讀，卻可能發現集權和專制的意味。
邊沁的功利主義是一種以理性爲依據的關於人的行爲評價的規範性學說。這一學說主張，人的行爲總是有目的的，對行爲的評價必須從結果來判斷;過程並不重要，重要的只是目的的實現，只是結果。總之，功利主義強調行爲的目的性，結果的重要性。邊沁認爲，自然將人置於幸福和痛苦的主宰之下，“善”就是幸福的增加，“惡”就是痛苦的增加。人的行爲總是趨利避害的，就是追求更多的善同時避免更多的惡。那麼，如何對行爲目的的實現進行評價呢?邊沁提出的評價工具就是效用。人們從某種事物或者行爲中獲得的利益、好處、歡樂、親善、幸福，就是效用;相反，如果得到的是傷害、痛苦、罪惡、不幸，那就是負效用。二者相加，就是總效用、淨效用或者總幸福。邊沁認爲，人們從事物或者行爲中得到的效用是可以計量，可以加總求和的。在《道德和立法原理引論》中，邊沁力圖建立一種衡量和計算快樂和痛苦的“幸福計算法”，他將經濟學理解爲“幸福和痛苦的微積分”。
在邊沁的觀念裏，社會不過是單個個體的總和。個體是真實的，社會是虛構的;個人利益是現實的，社會利益是虛擬的。邊沁關於效用的計算和評價的觀念，都是以個體爲基礎和對象的。不過，邊沁功利主義哲學研究的目的和歸宿，卻是要爲法律和政策制定提供評價依據，於是，以個人爲出發點的研究其最終的歸宿卻是社會。邊沁雖然強調個體評價的真實性和重要性，同時又將社會理解爲個體的總和，將社會利益理解爲個體利益的簡單相加。於是，關於立法和政策的評價標準，他得出了“最大多數人的最大幸福”的倫理標準。一項政策或者立法可能使某些人受益，也可能使某些人受損，按照“最大多數人的最大幸福”標準，只要這項政策或者法律實現了最大淨效用，就具有充分的合法性。
三.邊沁功利主義思想的若干評價
在倫理學、政治學及經濟學中，邊沁都有着重要的影響;這種影響不僅表現在邊沁的功利主義原理對這些學科的構建和發展發揮過重要的基礎性的影響，更表現在後代人對功利主義原理的討論和爭辯，拓展了對相關問題研究的深度和廣度。
在經濟學的意義上，近現代對邊沁功利主義原理較爲積極和正面的評價主要在以下兩個方面。一是承認和強調功利主義假設作爲經濟學哲學基礎和邏輯前提的意義。經濟學被認爲是一門關於人的經濟行爲的演繹科學，它需要簡單的假設或公理作爲邏輯演繹的前提。功利主義強調人的行爲的目的性，爲經濟學對人的行爲的認識和研究提供了一個簡單而有力的假設。經過邊沁及其弟子們的研究推廣，這一假設已經成爲經濟學的重要公理。近現代的研究者不需要再在人的行爲評價方面爭論不休，功利主義作爲隱含的前提進入研究進程使研究者取得了基本的共識從而提高了研究的效率。
與此相關的是邊沁對幸福和痛苦的效用計算對“經濟人”假設的理性構建所具有的意義。邊沁之前，對於“經濟人”假設的構建，主要集中於其兩個要素——自利和理性——的前一個方面即“自利”因素的論證和發展。斯密之前的思想家們從個人利益與社會利益的一致性方面對個人利益合法性的論證，實質上是在構建“經濟人”假設的“自利”要素。這個工作到了斯密那裏——當他提出並論證“一隻看不見的手”原理之後——應該已經基本完成。斯密之後，尤其是從邊沁開始，構建“經濟人”兩要素中的“理性”要素成爲工作的重點。邊沁關於效用計算的觀念，關於幸福和痛苦比較的觀念，是經濟學“理性”構建的重要起點和關鍵環節。在《道德和立法原理引論》中，邊沁對幸福和痛苦進行了周密細緻的計算。現代經濟學中，邊沁所主張的基數效用的觀念已經被拋棄，取而代之的是序數效用論。由此，邊沁效用計算的方法和程序可能顯得幼稚甚至荒唐，但可以進行效用比較以及可以對幸福和痛苦進行類似成本收益計算的觀念卻影響深遠，對於經濟學的體系構建意義重大。邊沁之後的約翰.穆勒提出“經濟人”的概念就受到邊沁的直接影響，而邊際革命之後經濟學家們提出的關於利潤最大化及效用最大化的等邊際原則等等，不過是邊沁“幸福和痛苦的微積分”的形式化表現;現代經濟學關於“經濟人”理性能力的形式化規定，實質上也是對邊沁觀念的發展。
一個影響深遠的思想將面臨更多的質疑和批判，邊沁的功利主義原理也是這樣。近現代經濟學對邊沁功利主義及相關思想的較爲消極和負面的評價主要表現在以下幾個方面。
1.關於人的行爲動機：幸福或滿足是否是唯一的追求
在邊沁的功利主義觀念中，人們的行爲的目的就是追求幸福或滿足;目的是實現纔是重要的，過程本身沒有什麼意義。這樣的認識可能顯得偏頗而且很不實際。人類行爲可能包含着比幸福和滿足廣泛得多，豐富得多，深刻得多的意義。約翰.穆勒在十幾歲的時候成爲邊沁的弟子，接受功利主義的理論和觀念。到了二十歲的時候，他的思想正在走向成熟，心靈卻陷入危機。二十歲的約翰.穆勒相信，他的未來就是成爲一個一流的思想家，他對此深信不疑。不過，他深深懷疑的是，當未來的一切都已經明瞭，他的人生還有什麼意義。因爲在這樣一種已經可以確認人生目的的人生中，他感受不到任何快樂。於是，他開始懷疑人生的意義，並因此而陷入憂鬱和精神分裂之中。數年之後小穆勒才從這種失落逐漸走出，他開始了對邊沁的功利主義的懷疑和批判。他說：“做一個並不滿足的人要比做一頭滿足的豬好得多;做一個並不滿足的蘇格拉底要比做一個滿足的蠢人好得多。”小穆勒最後也沒有完全放棄功利主義，但他不再相信邊沁對人生意義的認識。關於人生的意義，也許著名劇作家喬治.蕭伯納(1856—1950)的表述是可信的：“幸福並不是生活的目的;生活並沒有目的;生活本身就是目的。”對人的行爲動機的認識，需要的是一個更加廣闊的視野，功利主義簡單假設確實有些偏狹了。
2.邊際效用遞減規律的政策含義
與功利主義原理中的效用度量和計算相關，邊沁表述過邊際效用遞減規律。在《經濟科學的哲學》中有這樣一段話：“如果兩個人所擁有的財富的數量不相等，立法者肯定會認爲財富數量最大的人擁有最大的幸福。但是幸福的數量不會隨着財富的數量以任何相近的比例一直增長：一萬倍的財富不會帶來一萬倍數量的幸福。……一個人財富的數量超過另一個人並且繼續增長的話，其財富在產生幸福方面的效果將不斷遞減;換言之，每一特定的財富所產生的幸福的數量是不斷遞減的;第二部分所產生的幸福比第一部分少，第三部分比第二部分少，依此類推。”儘管邊際效用遞減規律已經成爲現代經濟學消費者行爲理論的重要基礎，但邊沁的主張還是受到自由主義經濟學家們的質疑。因爲既然邊際效用是遞減的，那麼貧富不均的收入分配結構就是缺乏效率的。因爲收入差距越大，總收入帶來的總效用就越小。這樣，收入再分配就取得了合法性——在收入分配不均的背景下，將高收入者的部分收入通過再分配轉移給低收入者，社會總福利將會得到提升。——邊際效用遞減規律及“最大多數人的最大幸福”原理的結合就成爲收入再分配的理由。邊沁似乎在主張革命有理。
3.“最大多數人的最大幸福”可能導致的危險結論
“最大多數人的最大幸福”所追求的實際上是社會總福利的最大化。一項政策可能促進某些人的利益，同時可能損害某些人的利益，但只要這項政策實現了社會福利最大化，就具有實施的合法性。進一步的推論可能會很危險。在政策和法律的效用評價中，只要符合多數人的利益，少數人就可以被忽視，被冷落，被排除甚至被犧牲。在這樣的政策或者法律背景下，少數人將失去表達自己意願的權力，甚至失去人權，從而將形成多數人對少數人的暴政，形成集權主義或者法西斯主義。與邊沁同時代的卡萊爾和狄更斯，批評邊沁的觀念“強硬、無情、機械、低俗、不敬神並且低級”;而二十世紀的凱恩斯也說，邊沁是十九世紀國家社會主義的淵源。
邊沁可能確實有着專制或者控制的觀念，就如同“精英主義”的柏拉圖那樣。他1785年設計的“圓形監獄”，就體現着專制或控制的觀念。圓形監獄由一箇中央塔樓和四周環形的囚室組成，環形監獄的中心，是一個瞭望塔，所有囚室對着中央監視塔，每一個囚室有一前一後兩扇窗戶，一扇朝着中央塔樓，一扇背對着中央塔樓，作爲通光之用。這樣的設計使得處在中央塔樓的監視者可以便利地觀察到囚室裏的罪犯的一舉一動，對犯人瞭如指掌。囚徒不知是否被監視以及何時被監視，因此不敢輕舉妄動，從心理上感覺到自己始終處在被監視的狀態，時時刻刻迫使自己循規蹈矩。這就實現了“自我監禁”——監禁無所不在地潛藏進了他們的內心。由於始終感覺有一雙監視的眼睛，犯人們會變得相當的守紀律，相當的自覺。英國作家喬治.奧威爾的政治諷刺小說《1984》中，人們就處在這樣無所不在的監視之中。奧威爾所嘲諷的那個黑暗世界就是邊沁的烏托邦。
作爲政治哲學家的邊沁的功利主義觀念，已經成爲經濟學的基本哲學和邏輯基礎。如果將經濟學理解爲某種有機體，邊沁的功利主義哲學觀念的影響有着基因的性質。經濟學發展中所呈現出的那些特質，不論是積極的還是消極的，不論是健康的還是病態的，都可以從這一基因中得到部分解釋。
