戰爭初期北方實力大大超過南方，北方23個州有2234萬人口，南方7個州只有910萬，而且其中有380多萬是黑奴。北方有發達的工業，年產值15億美元，130萬工人，22000英里的鐵路網和豐富的糧食，而南方工業薄弱，年產值1550萬美元，工人僅11萬，鐵路也只有9000英里。
但南方有充分的軍事準備。得益於不久前結束的美墨戰爭，南方軍隊素質較高，指揮官經驗豐富，並得到了英法等國的援助。而且，內戰前夕J.布坎南總統(奴隸主的代理人)曾設法把大量武器和金錢輸送到南方去。南方想通過速戰速決打敗北方。
美國內戰大體分爲兩個階段和東西兩大戰場。
一、“有限戰爭”階段
1861年4月至1862年9月是“有限戰爭”階段。雙方都集中兵力於東戰場爲爭奪對方首都而展開激戰。南方軍隊統帥是傑出軍事家羅伯特·李，他根據雙方力量懸殊的狀況，制定了以攻爲守的戰略，集中兵力尋殲北軍主力，迫使北方簽訂城下之盟。而北方對戰爭準備不足，又採取了所謂的“大蛇計劃”，把兵力分散在8000英里長的戰線上，加上同情奴隸主的指揮官麥克萊蘭採取消極戰術，使北軍連連受挫。
林肯政府在內戰初期進行戰爭的目的是恢復南北的統一，擔心觸動奴隸制度會把一些邊境奴隸州推向南方叛亂者一方，從而失掉邊境諸州這個重要的戰略地區。由於北方政府不肯宣佈解放奴隸。因此，在內戰第一階段，北方在軍事上連遭失敗。
馬那薩斯會戰
1861年7月東戰場舉行馬那薩斯會戰。7月21日，北方發起向南方首都里士滿進軍的攻勢，3.5萬北方軍隊排着整齊隊形，在軍樂聲中向里士滿進軍。由於北方事先大張聲勢，認爲南軍不堪一擊，加上這一天是星期六，於是許多華盛頓市民、國會議員、記者等身着盛裝，攜妻帶子，提着裝有野餐的籃子，有的坐馬車，有的隨軍隊步行，像過節一樣，前來戰地觀光，看熱鬧。南方軍隊2.2萬在鐵路樞紐馬那薩斯列陣相迎。北方軍隊在觀衆的歡呼聲中向南軍發起攻擊，猛烈的炮火把南軍陣地籠罩在煙霧中。北軍繼而跨過布爾河向對岸發起衝擊。誰想南軍指揮官是名將托馬斯·傑克遜，他沉着指揮，擊退了北軍5次衝鋒，因此獲得“石牆”的美稱。戰鬥十分激烈，由於雙方軍服幾乎相同，一時敵我難辨，戰場一片混亂。不久，南軍9000援軍趕到，發起反攻。缺乏訓練的北軍一觸即潰，丟下大批槍支彈藥逃回華盛頓。這一仗，北軍損兵折將3000，南軍損失不到2000。
半島戰役
進入1862年，戰況更爲激烈。林肯2月22日下令50萬大軍發起總攻擊。北軍在西線節節勝利，幾乎打通了南北大動脈密西西比河。海軍也攻克了南方最大港口新奧爾良。但在東戰場，北軍又連遭慘敗。北軍司令麥克萊蘭擁有重兵10萬，卻幾個月按兵不動，因爲他把敵人的5萬人馬當成了15萬。後在林肯催促下，才發動“半島戰役”，企圖攻佔里士滿。
羅伯特·李急率南軍迎擊。6月25日至7月1日，李的9萬軍隊同北軍10萬人展開“七日會戰”，李以機動尋找戰機，調動北軍，然後尋找北軍薄弱環節發起進攻，把北軍逐出了里士滿附近的半島，使北軍損失1.65萬人，南軍也損失2萬人，但在戰略上卻取得了保衛首都的勝利。李乘勝北上，8月底，與北軍進行第二次馬那薩斯會戰。南軍有5.4萬人，北軍8萬人。李高超的指揮藝術發揮得淋漓盡致。他以小部隊把北軍主力吸引到陣地上，主力機動，從側翼和後方發起進攻，然後正面、側面夾擊，一舉擊潰了北軍。北軍傷亡1.4萬，被俘7000人。南軍兵臨華盛頓城下。北軍9月在安提塔姆會戰中才頂住了李軍攻勢。在海戰方面，雖然北方海軍佔壓倒優勢，但南方的裝甲戰艦也給北方帶來很大麻煩。
解放宣言
北軍雖然在西線取得一系列輝煌戰果，從南軍手中奪取了幾個重要戰略據點，但是這些戰果都被東線的慘敗所抵消。在北方軍事上屢次失敗的情況下，共和黨內部的激進派及社會上的廢權主義者提出解放奴隸和武裝黑人的主張。林肯也意識到解放奴隸的必要性。
1862年，北軍發動進攻，西線由格蘭特指揮，進展順利，2月攻克亨利堡和多納爾森堡，1862年4月在夏洛戰役中擊敗南軍，1862年5月攻克科林斯和孟菲斯，解放了肯塔基和田那西。東線北軍則進展遲緩，1862年7月被羅伯特.李指揮的南軍擊潰，李乘勝北進，1862年8月在布爾河再次擊敗北軍，兵臨華盛頓，1862年9月兩軍進行安提塔姆會戰，李被擊退。12月北軍在弗雷德里斯克堡戰役中再次被李擊敗。
1862年9月22日，林肯發表預備性的解放宣言。宣佈：假如在1863年1月1日以前南方叛亂者不放下武器，叛亂諸州的奴隸將從那一天起獲得自由。消息傳到南方後，成千上萬的奴隸逃往北方。英國工人階級也展開了支持北方的運動，迫使英國政府放棄了原來的干涉計劃。
二、“革命戰爭“階段
戰爭從1862年9月進入了“革命戰爭階段”。
林肯政府還實行一系列革命措施和政策：1862~1863年實行武裝黑人的政策。因此，成千上萬黑人報名參加北方軍隊，其中主要是南方逃亡奴隸;1862年5月頒佈的《宅地法》規定：一切忠於聯邦的 成年人，只要交付10美元的登記費，就可以在西部領取64.74公頃土地，在土地上耕種5年後就可以成爲這塊土地的所有者。林肯政府嚴厲鎮壓反革命分子，清洗軍隊中南方代理人。1863年開始實行徵兵法，以代替募兵制，增強了北方的兵力。同時，林肯調整了軍事領導機構，實行統一指揮，任命有卓越軍事才能的格蘭特爲全軍統帥。
1863年元旦林肯頒佈《解放宣言》宣佈解放黑奴，允許黑人蔘加北方軍隊，之後又頒佈“宅地法”，允許所有美國人得到西部的土地。同年5月，北軍再次進攻里士滿，在切斯羅維爾被李擊退。5月22日北軍發動總攻，進行了長達47天的炮擊，6月李再次北進。
1863年7月1日兩軍在葛底斯堡展開決戰，7月3日南軍被擊敗。南軍損失2.8萬人，成爲內戰的轉折點，戰場上的主動權轉到北方軍隊手中。
在李北進的同時，格蘭特在西線包圍了南軍防守密西西比河的要塞維克斯堡，7月4日南軍投降。7月8日北軍佔領哈得遜港，南軍被分割成東西兩部分。9月北軍攻克查塔努加，11月擊退南軍的反擊。
1864年，北方最高統帥採用新的戰略方針，在東、西兩線同時展開強大攻勢 。在東線以消耗敵人力量爲主要目標;在西線用強大兵力深入敵方腹地，切斷“南部同盟”的東北部與西南部的聯繫。
1864年9月，謝爾曼將軍摩下的北軍一舉攻下亞特蘭大，兩個月後開始著名的“向海洋進軍”，在進軍中徹底摧毀了敵人的各種軍事設施，沉重地打擊了敵人的經濟力量，使南方經濟陷於癱瘓。在東線，格蘭特將軍統率北軍把敵軍驅逼到叛亂“首都”里士滿附近。
1865年初，奴隸紛紛逃亡，種植場經濟瀕於瓦解。北方海軍實行的海上封鎖，幾乎斷絕了南方與歐洲的貿易。同時，南方內部也出現反對派，許多小農加入“聯邦派”從事反戰活動。南方逃兵與日俱增。糧食及日用品匱乏。
1865年4月9日，李的部隊陷入北方軍隊的重圍之中，被迫向格蘭特請降。南北戰爭終止。美國恢復統一。
