弘光元年(1645年)，稱帝僅一年的福王朱由崧便感到了不安。雖然，朝廷上下全是歌功頌德之聲，南京城內也是一片歌舞昇平，但是，他從各地的塘報和下邊的部隊佈置中，卻隱隱約約的嗅到了山雨欲來風滿樓的味道。
一方面，佔據京城的清軍咄咄逼人，迫不及待地想要南下。要知道，八旗軍的戰鬥力之強，連向來以剽悍著稱的李自成都只能拱手將京城獻出，然後西逃以避其鋒芒。所以，弘光帝不敢妄想從清軍手中奪回京城，能夠偏安一隅便已經是最好的結果了。
另一方面，一直爲弘光朝駐守武昌一帶的大將軍左良玉，以“清君側”爲名竟起兵八十萬想要東擊南京。當時，李自成殘軍未除，清兵在北方虎視眈眈，南明的處境可謂是危機四伏。倘若，此時君臣一心同仇敵愾，尚能維持住這江南的半壁江山。
可是，若禦敵不成，反起內訌，那麼，就只能坐等其分崩離析了。
其實，左良玉的起兵並非一時興起。早在福王即位時，禍根便早已悄無聲息地種下了。崇禎十七年(1644年)，李自成一路高歌猛進，在攻陷了大同、居庸關、宣府等重鎮後，兵鋒直指京師。崇禎皇帝雖然有心守城，但手下的將士早已與他離心。
三月十九日，北京城門被人主動打開，李自成長驅直入，直抵皇宮。之後，崇禎皇帝見大勢已去，只得自縊而死。一時間，國君死，江山易主，史稱“甲申國難”。京城雖陷，國君雖薨，但江南一帶尚在明朝的掌控之中，此外，南京曾是明朝初年的都城。在明成祖朱棣遷都之後，南京作爲陪都，仍然保留着完整的六部等行政機構。所以，在此國難之際，在南京扶持新君登基，迅速安定人心，乃是重中之重。但是，崇禎皇帝的幾個兒子卻在戰亂中不知所終。形勢危急，並不能一味地等待。於是，南京的文武大臣們認爲，既然找不到崇禎皇帝的兒子，就要從朱氏皇族中尋找一位來繼承大統。而選擇皇位的依據，自然非血緣莫屬。
若論起血緣親疏，那號令江南的理應是福王朱由崧。因爲，他和崇禎皇帝同輩，是崇禎皇帝的親堂兄。同福王相比，另外的幾個藩王在當皇帝的可能性上就差了許多。桂王朱常瀛遠在廣西，且是崇禎皇帝的叔叔，選他當皇帝實在是難以服衆。而在杭州的潞王朱常淓雖然離南京近一點，但他不僅是崇禎皇帝的叔叔，還在血緣關係上比桂王和福王遠很多。如此看來，選擇福王是無可置疑的事，不論是從血緣關係上還是從地理位置上，福王都有着得天獨厚的條件。但是，東林黨的首腦錢謙益卻並不同意擁立福王。錢謙益在萬曆三十八年(1610年)高中探花，此後，他官至禮部侍郎，憑藉着自己滿腹的才華受到了朝野上下的一致稱讚。其實，像他這樣既有學識又有功名的重臣，進入大明王朝最高決策機構——內閣，只是早晚的事情。
大明朝雖然不設丞相，可內閣中的閣老早就有了丞相之實。按錢謙益的想法，先進內閣老老實實地混幾年，等到年歲漸長，再倚老賣老地登上首輔之位。最後，衣錦還鄉，榮歸故里，豈不美哉?但可惜的是，錢謙益的仕途之路並不平穩。他先是捲入了科場舞弊案，後在首輔之爭中落得慘敗。最後，只能以候補閣老的虛名迴歸家鄉。崇禎帝在位的時候，錢謙益費盡心機但始終無法步入政壇。
在崇禎帝自盡後，政治嗅覺極其敏銳的錢謙益立即擁護潞王，並拉攏了史可法、高弘圖、左良玉等人。但是，馬士英棋高一等，率先與江北四鎮的將領合作，把福王扶上了皇位。於是，錢謙益等人看看福王的儀仗隊，再看看站在馬士英後面的大軍，只能無奈地尊福王爲帝。所以，在福王即位後，對錢謙益一黨是處處爲難。他先是將史可法調往地方，使之遠離政治中心，後對左良玉的軍糧進行各種剋扣。於是，在忍無可忍下，左良玉於當年三月率兵東下，想要向福王要個說法。當時，福王見狀，趕忙令馬士英和史可法率兵抵抗。
清廷見南明陷入了內亂，於是，在四月趁機南下。而這次領軍的，正是鼎鼎大名的豫親王多鐸。因此，在清軍猛烈的攻勢下，南明軍隊只能抱頭鼠竄。很快，揚州陷落，史可法壯烈殉國。五月，多鐸率領清軍得意洋洋地進入了南京城。福王雖然趕在城破之前逃了出去，但很快就被清軍俘虜了。就這樣，建立僅一年的弘光政權宣告滅亡。到了隆武二年(1646年)四月九日，有人向攝政王多爾袞進言，稱：在京居住的故明衡王、荊王欲起兵反清。到了五月，弘光帝與潞王朱常淓、荊王朱慈煃、德王朱由櫟、衡王朱由棷和“太子”王之明等十七人被斬首於菜市口，年僅四十歲。
之後，朱由崧王妃黃氏之弟黃鹽梅購得棺木，將其與黃妃合葬於河南孟津縣東山頭村。其實，後世之人談論起短暫的弘光政權時，都對驕奢淫逸的福王唾罵不止。但說到底，弘光政權夭折的根本原因，在於內部的黨爭。在內部亂作一團的情況下，福王即使再英明，也難以力挽狂瀾。所以，弘光政權的滅亡是必然的結局。
