從廢王立武到清洗後宮，從改立太子到外廷換血，唐高宗始終關注着事件的進程，併發揮着主導作用。簡而言之，唐高宗是統帥，而武則天只是他的親密戰友，是積極的推動者。唐高宗早就想洗牌了。
我們先來看看在武則天和唐高宗對反對派進行大清洗的時候，長孫無忌在幹什麼呢?他在著書立說。中國古代政治家的傳統是“達則兼濟天下，窮則獨善其身”。被重用的時候就胸懷天下，幹一番轟轟烈烈的事業;不被任用的時候，就退回書齋之中，加強自我修養，著書立說。這叫進可攻，退可守。自從武昭儀被立爲皇后以後，長孫無忌感覺自己在政治上難有作爲了，因此心灰意懶，只想退到書卷中去，享受一點心靈的安寧。顯慶四年(659年)以前，他先後領銜完成了武德和貞觀兩朝的國史共八十卷，樑、陳、北周、北齊、隋五代的志三十卷，也就是現在隋書中的志，還有《顯慶新禮》一百三十卷，可以說是著作等身。有一句話叫盛世修史，一個興盛的王朝，就會有條件、有餘力去總結前朝的經驗教訓。唐朝建立了史館，開創了宰相領銜修史的傳統。有唐一朝一共修了八部正史，佔二十四史的三分之一，這其中就有長孫無忌的功勞。
長孫無忌想遠離政治，政治卻不會遠離他。武則天和唐高宗決心要建立一個屬於自己的朝廷，長孫無忌就是最大的障礙。但是，長孫無忌畢竟是皇帝的舅舅，又做了三十年的宰相，權傾朝野，威震天下。要扳倒他，需要慎之又慎。武則天是一個果斷的人，但是她並不急躁。在需要耐心的時候，她非常有耐心。在重拳出擊長孫無忌之前，她還需要先剪除他的羽翼。出於這種考慮，長孫無忌的老戰友褚遂良、韓瑗、來濟先行被掃出朝廷;與此同時，長孫無忌的親戚也難逃噩運。他的表弟太常卿高履行首先被貶出京，出任益州刺史。高履行是長孫無忌的舅舅高士廉的兒子，當年，長孫無忌的父親去世，年幼的無忌兄妹被同父異母的哥哥趕出家門，是舅舅高士廉收留了他們。因此，高履行和長孫無忌名分上雖然是表兄弟，但實際比親兄弟還親。緊接着，長孫無忌的堂兄、工部尚書長孫祥也被貶爲荊州刺史。長孫無忌在朝廷中可以援引的勢力逐漸被剪除，就剩下他孤家寡人了，該是對他開刀的時候了。
動手整治當朝宰相，這得需要一個充分的理由。以這個理由爲突破口，武則天的行動才名正言順，動起手來纔會又快又準又狠。那麼，突破口在哪裏呢?
顯慶四年四月，洛陽人李奉節向唐高宗告狀說，他發現一個朋黨案件，太子洗馬韋季方和監察御史李巢，他們結交權貴，共結朋黨。這本來是一個很小的案子，針對的是中下級官員。但是這個案子一出來，武則天的火眼金睛馬上看到它的利用價值。她覺得這個案子可以做大，爲什麼呢?因爲這個案子牽涉一個權貴。這個權貴是誰呢?武則天希望他是誰，他就會是誰。那麼派誰去審理呢?武則天的心腹愛將許敬宗剛剛晉位宰相，立刻就被派上了用場。派一個堂堂宰相來審這種小案子，明眼人都能覺出這件事異乎尋常。許敬宗是聰明人，他知道皇帝和皇后希望看到的結果。他不會讓他們失望的。
許敬宗怎麼審案子呢?他大搞逼供，嚴刑拷打韋季方和李巢，讓他們招供自己結交的權貴是誰。當然，另一方面，許敬宗也巧妙地暗示這兩個人，只要你們供出長孫無忌，事情就好辦了。可是韋季方是個老實人，他哪裏敢隨便誣陷當朝國舅啊。再說了，在他淳樸的心中，長孫無忌簡直就像一座巍巍高山，他哪裏有機會結交這樣的權貴啊。這罪名堅決不能承認!但是許敬宗不停地逼他。最後，韋季方被逼無奈，就去撞牆，想要自殺。但是，小人物的悲劇在於，他連死的權利都沒有。他又被救活了，而且自殺成爲他有罪的證據。沒有犯罪，幹嗎要尋死呢?許敬宗馬上向唐高宗彙報案情進展，他說，案子已經調查出眉目來了，韋季方的問題不是簡單的結黨營私，這裏面涉及一個陰謀，他是想和長孫無忌合謀，上下勾結，陷害忠臣和貴戚，試圖謀反。現在，韋季方看到陰謀敗露，只好畏罪自殺。
這可真是天下奇聞啊，一個堂堂宰相竟然和五品文官勾結在一起謀反!唐高宗聽了彙報之後，他怎麼反應的呢?據《資治通鑑》記載，他說了這麼一句話，非常有意思：“舅爲小人所間，小生疑阻則有之，何至於反?”唐高宗並沒有質疑長孫無忌是否應該被牽扯進這個案子裏，甚至也沒有深究長孫無忌怎麼會腦子進水，和幾個小小的文官謀反。他只是說：舅舅被小人挑撥離間，心裏對我有猜疑是可能的，怎麼至於到謀反這一步呢?他用了一個疑問句。可是這個問句就把這個案子的性質給定下來了，這是謀反。唐高宗親口說出了這兩個字，但是呢，他用了一個疑問句，怎麼會謀反呢?許敬宗是一個聰明人，他當然知道怎麼樣處理皇帝這個疑問句，只要把它變成肯定句就可以了。據《資治通鑑》記載，許敬宗馬上就說：“臣始末推究，反狀已露，陛下猶以爲疑，恐非社稷之福。”他說陛下您怎麼可以再懷疑呢，這就是謀反啊!唐高宗聽了以後長嘆一聲，眼淚隨之滾滾而下，說：“我家不幸，親戚間屢有異志。往年高陽公主與房遺愛謀反，今元舅復然，使朕慚見天下之人。茲事若實，如之何?”他說，我們家真是家門不幸，怎麼親戚老謀反呢，過去高陽公主就謀反，現在我舅舅又謀反。如果這件事是真實的，我們該怎麼處理呢?定了調子之後，他要論罪責了。在這裏，唐高宗還給出一個先例，往年高陽公主也曾經謀反來着，這就成了長孫無忌案件處理的依據了。
高陽公主的謀反究竟是怎麼一回事呢?
高陽公主謀反案是永徽三年(652年)發生的一個大案，這個案子的處理者正是當時權傾朝野的太尉長孫無忌。高陽公主是唐太宗的女兒，人長得漂亮，又聰明活潑，也非常任性。小時候，她深得唐太宗的寵愛。唐太宗爲了籠絡大臣，把她嫁給了宰相房玄齡的小兒子房遺愛。在唐朝，娶公主可不是常人能夠消受得了的福氣。自從高陽公主嫁進房家，房家就一天也沒有消停過。受寵的高陽公主結婚之後，處處刁鑽好勝，調唆丈夫房遺愛和大哥房遺直分家。房遺直被逼無奈，告到唐太宗那裏。唐太宗主持公道，狠狠地責罵了高陽公主一番，才把這件事擺平。從此太宗就不大喜歡這個惹是生非的女兒了。可是沒過多久，高陽公主又出事了。她跟和尚辯機私通的事情敗露了。有一次，高陽公主打獵，巧遇和尚辯機，兩人一見鍾情。高陽公主從此就包養了這個清秀的和尚，給老公戴了綠帽子。爲了安慰老公房遺愛，她還送給他兩個絕色的婢女。房遺愛只能忍氣吞聲，不敢有什麼意見。可是紙包不住火，這個事情終究還是敗露了。貞觀年間，因爲追蹤一起盜竊案件，御史搜查了辯機所在的寺院，搜出了一個宮裏的金寶神枕。追問之下，辯機承認是公主所賜。唐太宗覺得很沒有面子，盛怒之下，腰斬了辯機。嬌縱的高陽公主也因此恨透了這個嚴厲的老爸。貞觀二十三年(649年)唐太宗去世，高陽公主一滴眼淚都沒有流。
沒有了父親的管束後，高陽公主更加肆無忌憚，無法無天，包養了更多的情人。也許因爲她的初戀是個和尚，所以她對這一類人總是情有獨鍾。和尚、道士這些方外之人士在她情人中佔了相當大的比重。但是，因爲李唐王朝有鮮卑族的血統，對於傳統禮教不大在乎，所以公主的這些出位之舉還算不了什麼。她一生中犯的最大錯誤不是給丈夫戴綠帽子，而是和他在政治上攪到一起了。
高陽公主的丈夫房遺愛在貞觀朝屬於魏王李泰一黨。貞觀十七年，魏王李泰和太子李承乾因爲爭位雙雙被廢，不久李治被立爲太子。所以，到高宗時期，房遺愛在政治上屬於失勢派，被貶爲房州刺史。房遺愛是公子哥兒出身，宰相的兒子，公主的丈夫，本來也是嬌生慣養的，到了地方之後，他不大受得了艱苦的生活，就滿腹牢騷，和一羣跟他一樣失意的皇親攪在一起，整天講怪話。這一夥人除高陽公主夫婦外，還有輩分較高、野心勃勃的荊王李元景、當年同屬魏王陣營的巴陵公主駙馬柴令武，膽大腦小、因事貶官的丹陽公主駙馬薛萬徹等，整天在一塊兒發牢騷，其實倒也沒有什麼真正的舉動。儘管如此，他們還是被人告發了。告密者是什麼人呢?就是房遺愛的哥哥房遺直。高陽公主不是曾經張羅着和房遺直分家嗎，後來她又想要房玄齡的封爵了。可是爵位歸長子繼承，她的丈夫不是長子。於是，高陽公主一不做二不休，誣告房遺直非禮她，想借此搞倒他，讓自己的丈夫繼承爵位。房遺直終於忍無可忍了，另外，他也很擔心這小兩口鬧過了頭累及房氏一門，只好向唐高宗告發了房遺愛等人的政治陰謀。房遺愛組織反政府小團體，高陽公主又去結交和尚、道士，經常搞點什麼望氣、算命之類的不軌行爲，兩人的活動加起來，這不就是謀反嗎!
這可不得了，皇親國戚參與謀反，事關重大，唐高宗立刻委託宰相長孫無忌調查。長孫無忌一經覈實，反狀確鑿。國有常刑，這些人本來也是難免一死，但是，長孫無忌並不滿意這樣的結果。他還要藉此機會把謀反案擴大，將所有的政治反對派都羅織進來，一網打盡。於是，在他的威逼利誘之下，房遺愛又牽扯出了吳王李恪。吳王李恪也是唐太宗的兒子，他母親是隋煬帝的女兒，血統非常高貴，李恪本人也英武果敢，有乃父之風，當年深得唐太宗的喜愛，唐太宗曾經一度動念頭要立他爲太子，後來因爲長孫無忌的反對纔沒有實現。所以在長孫無忌的心中，一直把他視爲李治的潛在威脅。現在，吳王雖然沒有參與房遺愛的行動，但是，因爲這樣一段不愉快的往事，長孫無忌還是把他拉進來，以謀反罪將他處死。吳王一向人望很高，又小心謹慎，怎料會橫遭長孫陷害!據《資治通鑑》記載，李恪臨死前大罵：“長孫無忌竊弄威權，構害良善，宗社有靈，當族滅不久!”和他一起被殺的還有荊王元景，高陽、巴陵二公主以及房遺愛、柴令武、薛萬徹三位駙馬。接着，一大批對李治的統治形成威脅，或是跟長孫無忌不和的宰相、將領、宗室、駙馬，無論是否真的參與過陰謀，都被牽扯進高陽公主謀反案中，貶往地方。這就是永徽年間轟動一時的高陽公主謀反案。
長孫無忌當時把謀反案上綱上線地處理，本不乏爲李治考慮，幫他穩定政局，殺李恪的用心正在於此。但是他的這番殺戮，隱隱露出了震主之威。看到長孫無忌收拾勳貴就像碾死一隻螞蟻那麼容易，李治能不心驚嗎?裂痕就在那時候出現了。風水輪流轉，當年的翻雲覆雨，如今全成了請君入甕。高陽公主謀反案，現在變成處理長孫無忌一案的先例。
唐高宗既然自己先提出了高陽公主謀反案，許敬宗接下來的事情就好辦了。怎麼處理長孫無忌呢?前事不忘，後事之師，按既定方針辦就可以啦。於是，許敬宗說：“遺愛乳臭兒，與一女子謀反，勢何所成!無忌與先帝謀取天下，天下服其智;爲宰相三十年，天下畏其威。若一旦竊發，陛下遣誰當之?”他說，長孫無忌謀反的危險性遠遠大於當年的高陽公主謀反。高陽公主是一個女子，和乳臭未乾的房遺愛謀反，兩個人都沒什麼號召力，很難成事啊。但是長孫無忌和先帝一起謀取皇位，又當了三十年宰相，在朝廷裏威望很高。現在如果他狗急跳牆，振臂一呼，陛下怎麼辦呢?
到此爲止，案子的結論和處理意見基本都已經出來了。按照許敬宗的意思，在參考高陽公主案的基礎上，還要加重處理。但是唐高宗並沒有同意許敬宗的處理意見，他說這事別急於定論，你再審審看。許敬宗就納悶了，這案子還有什麼油水呢?回家苦苦琢磨了一夜，終於恍然大悟了。
第二天，許敬宗又上奏了。他說，我昨天又審了審這個案子，發現比我想的還要嚴重。原來以爲只涉及長孫無忌一個人，現在才發現，這是一個牽連若干大臣的大陰謀。我昨天回去提審韋季方，我問他，說長孫無忌是當朝國舅，皇帝與先皇都對他那麼信任，他爲什麼要謀反呢?韋季方說，這事開始也不是長孫無忌的意思，是韓瑗在挑撥他。韓瑗曾經對長孫無忌說，當年您和王皇后的舅舅柳奭以及褚遂良三人合謀立李忠做太子，現在李忠已經被廢，皇上也不信任您了，您還不早做打算啊?長孫無忌一聽，有道理啊，於是就日夜和這些大臣策劃謀反。都和誰策劃呢?韓瑗、褚遂良、來濟、柳奭，還有于志寧。看來，這不是長孫無忌一個人的事情，幾乎所有的元老大臣都和這個案子有牽連。
到了這一步，唐高宗終於覺得這個案子的利用價值被挖掘得差不多了，他再也無話可說，於是，長嘆一聲，又一次潸然淚下。他說：“舅若果爾，朕決不忍殺之。若殺之，天下將謂朕何!後世將謂朕何!”我舅舅就算謀反，我也絕對不能殺他。我要是殺了他，天下人會怎麼議論我?子孫萬代將怎麼議論我啊?這等於皇帝完全認可了長孫無忌的謀反，但同時他還要作一番仁慈的表演，他要法外開恩，免去長孫無忌的死刑，以免被天下人恥笑。注意，這句話他可不是第一次說了。當年處理高陽公主謀反案的時候，他也曾經說過：“荊王，朕之叔父;吳王，朕兄，欲丐其死，可乎?”當時，長孫無忌不答應他的請求;現在，許敬宗同樣勸他大義滅親。許敬宗說了：“古人有言：‘當斷不斷，反受其亂。’安危之機，間不容髮。無忌今之奸雄，王莽、司馬懿之流也;陛下少更遷延，臣恐變生肘腋，悔無及矣!”就是說皇帝應該天下爲公，大義滅親，不能存婦人之仁。話說到這一步，唐高宗覺得該解決的問題都解決了，案情現在看起來脈絡清晰，處罰的理由充分，足可以讓天下人心服口服了。於是下令削去長孫無忌的太尉頭銜和封地，給他一個揚州都督的頭銜，把他押解到黔州安置。黔州是現在重慶的彭水縣，當時是挺偏僻的一個地方。不過，唐高宗說了，長孫無忌畢竟是他的親舅舅，不忍心看着他受苦，因此仍按一品大臣的待遇供給飲食。
可是事情到此並未徹底結束。前面說過，武則天要鞏固皇后的位置，必須對外廷重新進行優化組合。把反對她的人清除出去，把擁護她的人請進來。而在打擊反對派這個問題上，她是分兩步走的。第一步，清除反對派中勢力相對小的褚遂良、韓瑗、來濟，把他們貶往地方。第二步，在外圍組織已經被清理之後，再清除反對派的核心力量長孫無忌。這樣做是爲了慎重起見，避免一下子打擊面過大，造成政局不穩。換句話說，就是讓反對派心存幻想，逐步喪失鬥志，最後坐以待斃。現在，長孫無忌已經倒臺，唐高宗和武則天再沒什麼顧忌了。他們終於可以施展手腳，把反對派一網打盡。
於是，長孫無忌謀反案的基調剛剛確定，許敬宗又奏：
無忌謀逆，由褚遂良、柳奭、韓瑗構扇而成;奭仍潛通宮掖，謀行鴆毒，于志寧亦黨附無忌。
這樣一來，所有當年未曾追隨武則天的元老重臣無一漏網，連一言不發、唯恐惹禍上身的于志寧也未能倖免。至此，這些人全部被免去了所有官爵。
這還不夠。三個月之後，唐高宗下令讓李勣、許敬宗等宰相進一步追查長孫無忌謀反案。許敬宗接旨後，派中書舍人袁公瑜到黔州去錄長孫無忌的口供。袁公瑜可是當初第一批擁護武則天當皇后的人，裴行儉和長孫無忌議論武昭儀就是他告的密。當時他還僅僅是一個大理丞，八品官，現在他已經做到五品的中書舍人了。那麼，袁公瑜是怎樣錄口供的呢?其實他根本不需要錄，他直接對長孫無忌說，你還是自我了斷吧，省得我再費一把力氣。長孫無忌見大勢已去，長嘆一聲，就地自殺了。
隨後，唐高宗又下詔將王皇后的舅舅柳奭和韓瑗斬首。古人云：覆巢之下，焉有完卵!隨着這批老臣的死去，他們的家族也遭受了滅頂之災。成年的兒子都被處死，其他近親皆流嶺南爲奴婢，遠親受株連貶官的就更多了。長孫無忌的兩個兒子長孫沖和長孫詮，都是駙馬;一個尚長樂公主，一個尚新城公主，兩個公主都是唐太宗與長孫皇后的女兒。他們此時即使貴爲駙馬也未能倖免於難，被一同杖殺。長孫無忌謀反既然是因爲前太子李忠被廢引起的，樑王李忠也就順帶着被牽連進來。顯慶四年七月，李忠被廢爲庶人，安置在黔州原來廢太子李承乾的故宅裏。
從永徽六年到顯慶四年，人們逐步認識了新皇后的厲害。現在，不僅僅後宮是她的天下，外廷也在她的匕首前面戰慄。長孫無忌、褚遂良、于志寧，一個個曾經氣焰熏天的大臣不過就是當年的獅子驄。這個時代真切地讓人們見識了什麼是順我者昌、逆我者亡。無論是處理後宮還是對付外廷，如果不是武皇后從中出謀劃策，推波助瀾，事情肯定不會解決得那麼完滿。先易後難，由內而外，武則天表現出了超一流的政治手腕和鬥爭能力，一陣雷霆過後，武皇后的威風樹立起來了。
但是事情並不是這麼簡單。顯慶年間全部事情的癥結並不在武則天。從廢王立武到清洗後宮，從改立太子到外廷換血，唐高宗始終關注着事件的進程，併發揮着主導作用。簡而言之，唐高宗是統帥，而武則天只是他的親密戰友，是積極的推動者。唐高宗早就想洗牌了。他的前半生一直是受人控制的。當太子時，他生活在父親的陰影之中，好不容易當上了皇帝，還要受制於父親任命的元老重臣。一個皇帝如果沒有權力會是何等鬱悶啊，他要重樹皇權。他的這種突破限制、伸張皇權的慾望纔是左右整個事情的關鍵。
就在血腥的清洗之中，一種全新的政治格局誕生了。什麼新格局呢?首先，貴族官僚逐步喪失了權力，甚至喪失了生命，受到了巨大的不可逆轉的打擊。關隴集團是一個地方武力集團，人員本來有限。長孫無忌等人以及他們的親屬，死的死，貶的貶，使得這個集團受到了重創。朝廷的很多位置空了出來，新興的勢力就可以補充進去了。原來的一般官僚實力和地位有所提高。許敬宗、李義府、袁公瑜這些新提拔起來的中下層官員在廢王立武事件中嶄露頭角，在清除長孫無忌集團的過程中大顯身手，此後，他們還會發揮更大的作用。
再從皇權的角度來考慮，經由這樣一番變化，皇權得到了空前的提高。自魏晉南北朝以來，皇帝一直和貴族官僚聯合治理天下，正因爲如此，皇帝才需要在廢立皇后的問題上徵求大臣的意見，處處受制於大臣。但是隨着元老大臣的下臺和新生力量的補充，皇帝面對的將再不是貴族，而是一般官僚，皇帝和大臣之間的距離拉大了，皇權的伸張有了充分的餘地。所以說，由廢王立武引起的變化是一次深刻的社會變革。它不僅僅意味着支持武則天的人上臺，反對武則天的人下臺，它還意味着整個社會勢力的重新洗牌，而這次洗牌對於唐朝乃至整個中國社會的歷史進程都產生了深遠的影響。
經過四年的內外整肅，此時的武則天，上有唐高宗的專寵和信任，中有太子李弘作爲依託，外有李義府、許敬宗作爲心腹，皇后的地位，可以說是堅如磐石。
