明朝的歷史上，萬曆皇帝三十年不上朝，是一個備受爭議的時期。一方面，這段時間裏國家沒有出現大的內亂，社會也沒有發生劇變，但是，另一方面，這段時間裏卻埋下了許多禍根，使得明朝在隨後的幾十年裏面步入了衰落。
萬曆皇帝三十年不上朝的最大影響，就是造成了弱臣權。在萬曆皇帝掌權之初，他曾經進行了兩件重要的事情，一是對張居正進行了嚴厲打擊，二是打擊了馮保，這兩件事情都顯示出了他對權力的強勢態度。而三十年不上朝，則更是讓他的權力更加集中於自己手中，大臣們的作用幾乎發揮不出來。因爲萬曆皇帝不批閱奏章，不見大臣，不做任何判斷，實際上大臣的作用幾乎發揮不出來。因此，整個朝廷的運轉只能靠一小部分人的掌控。
除了造成了弱臣權之外，萬曆皇帝三十年不上朝還帶來了強皇權的後果。萬曆皇帝掌握了皇權，而大臣們的作用卻被削弱。因此，皇帝的決策和命令往往不經過大臣的審查和討論，這就導致了皇帝所作的決策往往是錯誤的，而大臣們卻不能對此進行有效的糾正。
此外，萬曆皇帝三十年不上朝，雖然沒有讓朝廷發生內亂，但是也在控制着兵權。萬曆皇帝掌握了軍隊的最高指揮權，因此他可以隨意調動軍隊，這就給他造成了很大的影響力。在萬曆皇帝的掌控下，明朝進行了一系列的戰爭，其中包括了“萬曆三大徵”等。雖然這些戰爭最終取得了勝利，但是，對於朝廷的財政、軍事力量以及國家實力的消耗卻是不可估量的。
