馮跋，字文起，小名乞直伐，出生於長樂信都(今河北冀州)，他的祖先來自畢萬家族。畢萬的後代中有人獲得馮鄉作爲食邑，於是以馮爲姓氏。永嘉之亂期間，馮跋的祖父馮和爲了避亂，逃到了上黨(今陝西長子)。他的父親馮安勇猛有膽識，在西燕武桓帝慕容永時期擔任將軍。西燕滅亡後，馮跋東遷到和龍(今遼寧朝陽)，在長谷安定下來。
馮跋從小就舉止穩重寡言，寬容仁厚，喝一石酒也不會醉倒。他的三個弟弟都非常義氣，不務正業，唯獨馮跋恭敬謹慎，專心致志於家族事業，因此深受父母的器重。後燕惠愍帝慕容寶繼位後，任命馮跋爲中衛將軍。
馮跋和他的弟弟馮素弗之前因爲一些事情得罪了後燕昭文帝慕容熙，因此慕容熙懷有殺害馮跋兄弟的意圖，於是馮跋兄弟逃到了深山中藏身。當時賦稅繁重，百姓無法承受。建始元年(407年)，馮跋兄弟商議說：“如今慕容熙昏庸暴虐，又忌恨我們兄弟，既然沒有退路，就不能袖手旁觀等待死亡。我們應該及時行動，建立自己的公侯之業。如果事情不成功，那就寧死不悔。”於是他們與堂兄馮萬泥等二十二人共同策劃起義。馮跋和兩個弟弟乘車，讓婦女們駕車，潛入龍城，躲藏在北部司馬孫護的住處裏。然後他們殺死了慕容熙，擁立高雲爲帝。高雲任命馮跋爲使持節、侍中、都督中外諸軍事、徵北大將軍、開府儀同三司、錄尚書事、武邑公。
