明太祖朱元璋自胡惟庸案後，廢除了歷時一千多年的丞相制度，將權力一分爲六歸於中央六部，同時朱元璋還定下家法，日後倘有奏議復立丞相者，殺無赦。但是，以宰相爲主的官僚體系是一個客觀的存在，它有着自己的發展運行軌道，客觀是來講是難以取代的。
朱元璋廢除相權後，發現自己並不能應付繁雜的政務，到了明成祖時，面對朝政時更是焦頭爛額，於是便選了七人入值文淵閣，幫助皇帝處理政務，內閣也就是在這個基礎上發展而來。
初期的內閣並沒有公開的身份，其成員不過五品銜，被當作是皇帝的顧問和機要祕書。內閣出現後，地位日益重要，皇帝的詔書諭旨，無不出於內閣之手，自成祖後，內閣的品秩不斷提高，內閣大學士也開始兼領各部尚書銜，權勢日重。
到了明中期後，內閣制度成熟定型，內閣首輔的地位也相當於宰相。朱元璋想盡辦法要除掉的相權再次出現，且權力日益增強，並在一定程度上分散了皇權。而內閣對皇權的分散，主要是它的“票擬權”。
明代制度規定，全國各級官員上報皇帝的公文，首先要送到內閣，由內閣先擬旨，然後貼在公文之上交給皇帝審定，一般而言，皇帝都是照準的。後來皇帝的審批權落到了宦官的手裏，這樣一來，只要是內閣首輔能擺平宦官，雙方合作，便能操控大明的一切政務，正是因爲這樣，纔出現了像嚴嵩、張居正這樣的權臣。
到了清代，先後出現了議政王大臣會議、內閣、南書房、軍機處等政治中樞機構，尤其是軍機處自雍正七年設立後一直到大清滅亡，持續了一百多年的時間，是掌握權力最久的中樞機構。
雍正設立軍機處的本意是爲解決軍需問題，但是後來慢慢取代了內閣成爲了權力中心。軍機處是一個非正式、不列編、無衙署的部門。也就是說，軍機大臣和軍機章京都是兼職，這種做法簡單來說就是皇帝爲了有效控制軍機大臣的權力，軍機大臣膽敢有異心，也便於隨時撤換，軍機大臣永遠只能充當高級祕書的角色，並不能興風作浪。
清代最有權勢的應該是宗室成員，但自乾隆開始，宗室成員不能入值軍機處，目的是爲了防止宗室勢力抱團結黨，從而對皇權構成威脅。而且挑選軍機大臣，只需看是否是皇帝的親信和是否能幹，至於資歷深淺，則屬其次。
在軍機處中，滿漢官員是相互牽制的，但一般情況下首席軍機大臣必須是滿人擔任，以此來保證滿人對軍機大臣的控制。我們都知道，雍正對張廷玉可謂寵愛有加，但是在這個問題上依然堅持原則，讓鄂爾泰來擔任首席軍機，張廷玉次之。
就軍機大臣而言，其主要職責是協助皇帝處理政務，在皇帝允許的情況下，可以部分參與議政，在任何情況下，軍機大臣都要謹守自己的職責，不得有絲毫的逾越。
雖然軍機大臣本質上是皇帝的祕書，但是軍機大臣由於是各個衙門和地方各級官員的消息匯聚之地，所以軍機大臣對政務非常瞭解，在這種情況下，軍機大臣也漸漸有了一些人事任免的建議權，但和明代內閣所不同的是，軍機大臣始終不能對皇權構成任何威脅。
