明末三大奇案是指發生在明朝萬曆末年的、彼此相關的三個宮廷案件，即“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三案。這三起事件本身並不是很重要，但是其背後牽扯的勢力錯綜複雜，各方心懷鬼胎，這標誌着明末紛亂和衰亡的開始。
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1.梃擊案 萬曆四十三年(公元1615年)五月初四晚間，有個手持棗木棒(在皇宮行刺也不帶個像樣的武器，真懷疑指使者的動機)的漢子，悄悄闖進了皇太子居住的慈慶宮，並用木棍將守衛宮門的人打傷，又闖入前殿的屋檐下，被擒獲。這就是所謂梃擊案。謀殺者張差據說是名瘋子，受人指使，欲加害皇太子。在審理過程中，案情幾次反覆。實際情形是，謀殺者張差不瘋不傻，是受宮內太監的引誘，並被接應到宮內行兇。由於皇家內部的矛盾和朝官的派系之爭，受牽連的人很多，甚至有說是戚繼光部隊的逃兵，在當時造成了很大的影響。
2.紅丸案 公元1620年八、九月之交，剛當皇帝不過30天的朱常洛一命嗚呼了。據說他的死，與他病中所服的紅色藥丸(鴻臚寺丞李可灼所獻)有關。紅色藥丸究竟是壽藥、道家丹丸還是別的什麼毒藥?一時間朝野紛沸，連宰相、皇貴妃都被牽連到此案之中。這就是“紅丸”案。
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東林於是開展攻擊，稱鄭家有意謀害皇帝。繼泰昌帝而後新登極的天啓皇帝朱由校迫於輿論壓力，准許內閣首輔方從哲退休，將崔文升發配南京，李可灼充軍，此案草草收場。“紅丸案”成爲明宮疑案之一。轉年，東林孫慎行等復官，又曾發此案以攻擊方從哲。次輔韓廣等出面調解。最後調查結果稱在場“衆臣皆有罪”。直到天啓五年(1625年)，魏忠賢上《三朝要典》，遂免可灼遣戍。李可灼這個案子，一直爭吵了八年，成爲天啓朝黨爭的題目之一。
移宮案，爲明末三大案之一。明萬曆四十八年(1620年)七月，明光宗朱常洛即位，爲泰昌元年，寵妃李選侍照顧皇長子朱由校遷入幹清宮。不到一個月後，光宗死於紅丸案，立熹宗爲帝。李選侍又想繼續侍奉熹宗。當時，鄭貴妃、李選侍、魏忠賢來往甚密。魏忠賢想利用熹宗年幼之機，把持朝政大權，堅持讓李選侍居住在熹宗所在的幹清宮內;都給事中楊漣、御史左光斗等，爲防其干預朝事，逼迫李選侍移到仁壽殿噦鸞宮。此事件史稱“移宮案”。 此案議論頗多，後來成爲派系鬥爭的代名詞。
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魏忠賢此時尚未形成自己的閹黨派系，被楊漣等東林黨人壓制，所以日後才加倍報復，這是後話。
這三大案集中在明朝末期，且都與泰昌皇帝朱常洛有關。朱常洛是明代傳奇色彩最濃的一位皇帝，明宮三大疑案都與他有關，皇位也僅坐了一個月就駕崩了，死後陵寢也是採用當年景泰帝的廢陵，命運對帝王竟也如此捉弄。
