隋煬帝楊廣逝世後，各方勢力爭相奪權，但都打着隋朝的旗號。例如，李淵支持隋煬帝的兒子楊侑作爲新帝，而宇文化及則支持秦王楊浩。蕭皇后身爲皇室成員，也因此得以保全，被宇文化及軟禁。竇建德爲了爲隋煬帝報仇，攻打宇文化及，並將蕭皇后迎入自己的陣營。然而，正史中並沒有記錄蕭皇后曾經成爲楊侑或楊浩的妃子。
蕭皇后被指控與父子兩代突厥番王有關係的說法，也純屬造謠中傷。在蕭皇后前往竇建德處不久，她的堂妹義成公主說服她的丈夫突厥處羅可汗，向竇建德施壓，使蕭皇后和她的孫子楊政道被立爲隋王，同時將一萬多中原人交給楊政道管理。在東突厥境內，他們仍然實行隋朝的制度，這一時期被稱爲“後隋”。儘管蕭皇后在突厥期間長達10年，但《北史》和《舊唐書》中都找不到她被兩代突厥王立爲妃子的記載。
公元630年，唐朝滅掉了東突厥，蕭皇后和楊政道被恭恭敬敬地接回長安，受到了優待。當時蕭皇后已經63歲，而隋煬帝與她生的小女兒已被李世民立爲妃子。如果唐太宗真的將蕭皇后納爲昭容，然後在她去世後與隋煬帝合葬，那不是讓自己難堪嗎?
蕭皇后在長安度過了18年平靜的生活，公元647年去世。唐太宗按照皇后的禮儀將她與隋煬帝合葬在揚州，諡號爲“愍”。蕭皇后被視爲美貌賢德、受人敬重的女性，能夠活到80多歲也算是長壽有福之人。
