從八旗制度誕生之初，其自身就掩藏着致命的弊病，而且這些弊病幾乎是無法克服的，隨着社會的發展逐漸顯現直至導致這一制度的最終崩潰。
弊病一
八旗制度的軍事效能僅依賴遊獵民族的風俗習性爲基礎，地方性強，而外部的軍事適應能力極差。
八旗制度畢竟產生於簡單的自然經濟階段，其戰鬥力必須依賴滿洲人遊獵尚武習俗的保持。在清朝建立之初，滿族剛剛從長期的混戰與遊獵生產方式中走出，在那個時代對於白山黑水間的北方民族而言，弓弩戰刀就是個人的謀生工具，騎射征戰就是他們平素生活手段，強健的體魄與剽悍的民族性格都是在日常生活中逐漸養成，成年男子往往就是天生的職業軍人。八旗制度只須將他們有效的進行組織調派通過非常簡單的方式即可以創造軍事上的奇蹟。從這一角度看八旗制度本身的建制實際是十分簡陋原始的，它缺乏更高層次社會經濟的支撐，也無法適應高層次的社會經濟環境。
清朝入關以後，駐防關內的八旗軍面對的是純粹的農業社會以及繁華的市井生活，他們與遊獵馴牧生產逐漸疏遠。因此旗人失去了平素維持訓練的生活模式，在平淡的農業田園與五花八門的城市喧鬧環境中長大的年輕旗人自幼就無法接受艱苦環境的磨練，而簡陋的八旗軍事組織又無理長久維持有效的軍事訓練，久而久之八旗子弟的軍事素質急劇下降。清中期以後關內八旗軍的訓練廢弛，尤其是生活在城市內的旗人由於沒有分配田地耕種，旗內任職又有限額，造成大量八旗子弟閒散終日，無所事事。於是他們就以養鳥逛街，唱曲聽戲打發時光。朝廷發放的月餉經常被拿去賭博，有的甚至人還未到家餉銀就全部花光。
後來更有甚者竟然出入煙館吸食鴉片，不但個人身心殘廢，家庭也因此破產無以度日。乾隆帝第四次南尋於南通檢閱當地駐防八旗訓練，結果是“射箭箭虛發，騎馬人墜地”，皇帝主持的檢閱尚且如此，那麼一般的軍備鬆懈到何種程度也就不難推測了。到了晚清時期，關內的八旗軍隊已徹底喪失了戰鬥力，鴉片戰爭時清廷調派前線的部隊尚未遇見英軍就已混亂一團，以至將找不到兵，兵找不到將。定海一戰由各省抽調的三萬‘八旗勁旅’居然一觸即潰，戰死者不到千人，逃跑的卻有萬人以上。光緒年間平定阿古伯叛亂時由於西北各省旗兵‘皆不能戰’，清政府不得不捨近求遠從滿洲留守八旗中調撥尚存戰鬥力的部隊前往新疆前線。正是由於八旗制度本身並不是一個以高階段經濟模式爲基礎的制度，其軍事建制缺乏適應近代社會環境的能力，故而無法保持軍隊的持久性建設。在八旗子弟長期脫離艱苦環境軍事素質與精神鬥志均已消磨以後，戰鬥力無法再恢復，逐漸變成老爺兵、公子兵，八旗制度也隨之成了戰場上的花架子。
弊病二
八旗制度自身缺乏長期維持軍事財政的功能，經濟支出不能有效用於軍事建設，軍隊喪失財政基礎。
八旗制度在入關以前實行兵民一體有機結合，這個前提是必須有旗人從事經濟生產的土地。東北地區是滿族故地，這裏的土地分配個各旗的“旗產”沒有任何爭議。旗產平時分配由旗人耕種交納產品後又由八旗組織進行分配供養軍隊，入關初期清朝八旗部隊僅有10餘萬，生產一定的農副產品再用於並不龐大的軍隊，作到自給自足以耕養戰，當時的清政府是有能力進行這種財政運作的。旗人們有穩定的經濟來源養家餬口，即分擔相應的軍事任務無後顧之憂。但，八旗部隊入關之後關內土地原本屬於漢族小農，遠離滿洲故鄉的八旗軍失去了供養的來源。起初清政府以圈佔土地的方式來保證軍隊的補給，但很快引發漢族農民的不滿社會矛盾尖銳。無奈之下清政府只得撤消了對關內土地的圈佔，改以直接由朝廷財政供養所有旗人的方式進行維持，這便嚴重增加了中央政府的軍費負擔。駐防關內的旗人佔八旗人口的一半以上，其中絕大多數沒有土地，而清政府規定所有旗人不得經商、不得做手工業、不得私營土地、不得出賣勞動力、不得從藝爲伶，這些規定嚴重限制了旗人自謀生路的途徑，使他們幾乎完全依靠朝廷的救濟過活。
清代的軍備制度又是複合形的，軍隊裏除一般兵器：槍、炮、軍刀、火藥、旗幟、口糧是朝廷分發以外，其餘的軍備如：馬匹、軍裝、盔甲、箭支、子彈等則完全由旗人們各自自行籌備。到清中期以後隨着人口增長八旗軍隊增加至30萬以上，除此之外還有大量的閒散旗人，而此時清政府的財力卻日漸枯竭，這便造成軍費的入不彌出。旗人們的唯一生活來源必須出自軍費，當時清政府發放餉銀已經捉襟見肘，日常訓練即無法保證就更無力強化八旗軍備了。而旗人本身的貧困也使他們無力購買軍需必備品，部隊的裝備不但沒有進步反而大不如前。清朝中期以後這樣的現象且越來越嚴重，試想一支連武器都裝備不起的軍隊又怎能作戰呢。
到了清晚期，清政府的財政常年虧空，軍隊上層嚴重腐敗貪污軍餉成風，加之西方列強屢屢對清政府進行鉅額戰爭勒索，用於八旗部隊的軍事財政徹底枯竭。據清咸豐11年(1861年)兵部檔案統計，當年全國有20個省首府的八旗部隊欠發軍餉，其中山東一省首府拖欠駐地八旗軍餉就有銀16200餘兩，米30500多石 ，這個數字是當時山東省府所有旗人三年靜收入的總合，而這還不是拖欠最嚴重的。清同治初年北京香山駐防八旗2000餘戶竟長達六年分文未發。不許從事營生，軍餉又長期的拖欠，這使得晚清時期的絕大多數旗人限於貧困，有的甚至在生死線上掙扎。清光緒年間北京周邊宛平通州等地駐防旗營一片蕭條，十室無六七，大量的旗人或餓死或逃散，留在城裏的只能靠典當家產賒帳度日。這樣連飯都吃不飽的部隊在西方列強頻繁入侵的時代又要承擔作戰衛土的任務，其結果必然是一敗塗地。
