衛所制度所管理都指揮使司大抵5600名軍人爲一衛，1120人爲一所，一般每衛設左、右、中、前、後5個
千戶所;120人爲一個百戶所，百戶所設總旗2個(每總旗轄50人)、小旗10個(每小旗轄10人)。此外，還有一種單獨駐紮一個地方，直接歸都指揮使司管轄指揮的千戶所，叫做守禦千戶所;還有一種稱爲“御”(設置數量不多)的軍事機構，管2到3個千戶所。洪武二十三年(公元1390年)時，全國共有內、外衛547個，所2563個。
衛所軍隊都有固定的戍所。衛所由朝廷根據各地的防衛、戰略需要而設置，或數府一衛，或一府數衛，或一府、一州一個千戶所，視各地戰略地位之重要與否而定，固定駐屯戍守。從雲南來說，明代雲南都司所統領的衛所數量，各個時期有所不同，最多時有20衛、3御、18(守禦)所，共有133個千戶所，衛軍約148960人。這些衛所遍佈全省各地，指揮和鎮撫大都駐在城裏。如雲南府爲都司城，曲靖、臨安、楚雄、蒙化爲衛城，陸涼、平夷、越州也是衛城，宜良、安寧、易門、楊林、武定、馬隆、木密、鳳梧爲千戶所城，通海爲御城。其餘瀓江、廣西(今瀘西)等府、州、縣的城裏亦有衛所兵分駐，負責城防，所謂的“以武衛文”。近城的壩區分千戶、百戶、總旗、小旗，屯戍墾殖，散爲村落。交通沿線也有軍戶屯田，在驛站衝要之地，設堡軍屯田。而哨戍大都在山區，撥軍駐守。
